第三條，叫“情意宜恰”。曾國藩說，現在練軍士兵雖然離開他原綠營的隊伍，但是是否挑入練軍是由其原綠營的營官主持的，不是練軍的營官挑選的。主持練軍的營官，沒有對士兵的提拔和黜革之權，上下隔閡，情意全不相連，當有緊急事變時就不可靠。還有，各營練軍有冒名頂替之弊，防不勝防。因為從前綠營軍餉較少，士兵常常要做小販或手藝謀生。練軍士兵調到別處訓練的練餉二兩四錢，在練營領取；而原綠營的底餉，仍在綠營本營領取。士兵便常常在練營附近雇人頂替，將練軍軍餉給冒名頂替的人。但是一有遠征，受雇的人不肯隨著遠征，於是再雇乞丐、貧民前往。這樣兵額一個，但人已三變，怎麼能打仗？今後將實行兩個辦法：一是一旦一個士兵挑入練軍，即將其原在綠營的名額裁去。練軍增一兵，綠營底營即少一兵；二是無論綠營底餉還是練餉，都在練軍發放，從根本上杜絕冒名頂替。這樣做實際上是逐漸取消綠營。將來還要仿效湘軍的辦法，統領選營官，營宮選哨官，哨官選什長，什長選勇丁。
按照曾國藩擬訂的這三條，練軍的體製更接近湘淮軍了。
半年以後，八月二十七日（1869年10月2日），曾國藩又奏定按照湘軍的製度，為練軍設立長夫之製。每營練軍設長夫150人，這150人實際上就是輜重和後勤兵。每月拔營一次，實際就是我們今天說的軍事演習。拔營要行二三百裏，命士兵像實戰那樣修壘挖壕，不準像以前綠營那樣出行坐車。第二年四月（1870年5月），曾國藩又擬訂了《直隸練軍步隊營製》和《直隸練軍馬隊營製》，其中馬隊完全拋開綠營，從直隸省農民中選募。
由於經費並不充足，曾國藩最初隻能練三千餘人，三個統領，兩個用當地軍官，一個用以前湘軍的軍官彭楚漢。
直隸練軍人數不多，但影響卻很大。在曾國藩的組織領導和籌劃之下，練軍的製度基本成型了，而其本質就是采用湘淮軍的製度。當時各省的綠營已不能再作為作戰部隊，這已是人所共見的事實，但是各省督撫苦於綠營是國家的“經製”之兵，不好裁撤，也不知如何改造。直隸編練練軍之後，各省紛紛仿效。於是同治朝以後，綠營逐漸消亡。另一方麵，鎮壓太平天國和撚軍的戰爭結束以後，湘淮軍及各省招募的勇營，除部分裁撤外，都駐防全國各要地，改稱為“防軍”。於是有清一代的八旗和綠營軍製，實際上已經消亡，這也許是曾國藩所始料不及的。曾國藩去世以後，防軍、練軍曾參加過兩次較大規模的反侵略戰爭，即中法戰爭和中日甲午戰爭。
中國留學事業的開創人
雖然曾國藩訓練出了有名的直隸練軍，但他在直隸總督的位上並沒有待很久。
同治九年六月（1870年），天津爆發了震驚中外的天津教案，天津民眾攻擊了天主教教會機構，先後打死外國人二十人。事件發生後，法國聯合英、俄、美等七國向清政府提出抗議，並調派軍艦到華北沿海進行武力威脅。怯懦無能的清政府在外國侵略者的恫嚇下，立刻派崇洋媚外，厚顏無恥的崇厚充任出使法國的欽差大臣，賠禮道歉，同時命曾國藩以直隸總督的身份處理此案。
7月8日，曾國藩抵達天津。當時天津市民正在怨恨崇厚袒護教會，都希望曾國藩來到之後能一反崇厚的媚外政策，公平辦理此案。
但曾國藩早已打定主意與洋人議和，隻要能不引起戰爭，什麼條件都答應。
所以曾國藩到了天津之後，立刻下令將罪犯武蘭珍和王三釋放，接著又將天津道員周家勳、知府張光藻、知縣劉傑三人革職。他雖然明知這樣做事後必然遭到萬民唾罵，輿論譴責，但仍不顧同僚親友的勸告，一意孤行，最後以快刀斬亂麻之勢將天津教案快速了結。其間搜捕群眾，嚴刑逼供，正法20人，充軍25人，賠償白銀49萬兩，又把張光藻、劉傑交刑部治罪，後判為革職流放黑龍江。
曾國藩對天津教案的處理方式，遭到了全國人民的反對，清政府迫於朝野上下反對投降的呼聲，也是為了推卸責任，於1870年8月29日中途換馬，改派李鴻章為直隸總督，命曾國藩回任兩江總督。李鴻章接辦此案後，仍基本維持原議，隻將判死刑的由20名減至10名，4名緩期，其他都全部未動。