第一站，寧州（今雲南寧縣）。寧州現由毛璩（毛穆之之子）主事，此人是一位忠臣，對亂臣賊子桓玄很不待見，還曾起兵反對他。因此，毛璩對桓玄下了必殺令。而且桓玄來的很不是時候，正趕上前寧州刺史毛璠去世。
人要是倒黴，喝口水都塞牙縫。桓玄一大家子正好遇到了毛璠的送葬隊伍。這下沒的說了，開打吧！可不要小瞧這支送葬隊伍，他們個個都是身穿盔甲、手持利刃的士兵，一次齊射就“箭如雨下”。（送殯還搞這麼大排場，真心搞不懂）
桓玄手頭沒兵，大呼事情不妙，寵妃丁仙期和萬蓋以身遮蔽桓玄，雙雙香消玉殞。桓玄來不及悲痛，趕緊尋求突圍。正在此時，益州都護馮遷氣勢洶洶地趕到，舉刀便砍，桓玄怒喝道：“你是什麼人，居然敢殺天子！”馮遷回敬道：“我殺的是天子的賊人！”
隨著馮遷手起刀落，一代權臣桓玄走到了生命的終點。但桓家的故事還沒完，桓氏家族久居荊州，已經根深蒂固，快刀斬亂麻顯然不適用。桓玄一死，侄子桓振掌握荊州大權，繼續同劉裕對抗。恭帝司馬德文更是時刻被死亡的陰影籠罩著，好在桓謙苦苦支撐，才保住天子一命。（桓謙忠於天子，卻也支持桓玄作亂，真是一個矛盾的人）
後來，劉裕調兵遣將，把劉毅等一幹親信全派往荊州，經過數次拉鋸戰，桓振最終兵敗被殺，恭帝被迎往建業，這才為桓玄之亂畫上了句點。
隨著桓氏集團的覆滅，劉裕終於走到了前台，得以施展抱負。劉裕接管的可不是什麼秀美山河，而是千瘡百孔的東晉土地，浩大的孫恩之亂尚未完全平息，緊接著又出來個“大楚皇帝”，經過十數年的動亂，東晉政權早已搖搖欲墜。
這都是明擺著的，暗地裏的波瀾更是大得驚人，經過這次叛亂，東晉分裂為若幹股勢力：以劉敬宣為首的殘餘北府軍；蜀地的毛氏家族；“水仙”的接班人盧循。這三股勢力各自為戰，都不歸劉裕管轄。毛氏還好些，畢竟名義上忠於晉政府，盤踞廣州的盧循則是徹徹底底的“反革命”，時刻準備著為五鬥米事業獻身。
除此之外，劉裕內部也不團結，之前因為有共同的利益（反桓玄），矛盾並不突出，自從桓玄死後，各種矛盾紛紛浮出水麵，比如劉毅。這小子總瞧不起劉裕，做夢都想著踢開老大單幹。劉敬宣曾預言：“劉毅此人隻可同貧賤，不可共富貴！”
不過，劉裕對這一切都采取睜隻眼閉隻眼的態度，同時警告他們：不聽話可以，找麻煩就得拍屁股！四分八裂的東晉這才稍稍安定下來。
經過數年的努力，東晉元氣得以恢複。為了檢驗一下成果，同時也為警告內外諸敵，劉裕決定拿經常紮刺的南燕開刀。於是，劉裕第一次大規模北伐拉開了序幕。
這一年，定格在公元409。劉裕親率水陸兩軍，自建業出發，從淮水進入泗水，一路來到琅琊，眾將都勸諫道：“萬一燕國堅守沂蒙山等戰略要地，抑或堅壁清野該怎麼辦？”劉裕信心滿滿地說：“鮮卑人貪婪成性，進則貪圖俘虜戰利品，退則愛惜禾苗，所以絕不會固守戰略要地或者堅壁清野，我猜他們會進軍臨朐（今山東濰坊西南）或者退守廣固。”
然後，劉裕帶著將士們出征南燕。
南燕什麼國情，我們之前提到過。當戰報傳來時，慕容超正在看美女跳舞，大煞風景的戰報把慕容超旌德不輕，於是趕緊召開軍事會議。