在我們的YY向設定下，宇智波被滅門是一個相當複雜的多因一果事件。曆史還要從曉的設立淵源說起。放上當初我們的討論的一些關鍵點（歡迎挑BUG）。涉及劇透，慎入
1、忍者大戰後，木葉高層意識到，真正能在戰爭中起到關鍵作用的高級忍者不是可以通過一般的途徑培養起來的，神獸和血繼界限就是決定性的力量，其中的差別就好像冷兵器與核武器的差別。於是，他們開始秘密研究這兩樣東西，曉被建立了起來。大蛇丸作為擁有研究天賦與熱情，且沒什麼道德感的最好人選，被木葉表麵遺棄，實際委派的形勢，參加曉的構建，負責人為止水。
2、由於研究的規模擴大，內部人員的野心等等原因，曉漸漸脫離木葉官方的控製，並通過吸納各國叛忍增加實力。想通過擁有這兩種“技術優勢”，完成自己的目的。
3．木葉無法容忍這樣的背叛，同時，通過曉和自己的一些研究發現，寫輪眼的幻術帶來的控製特性是控製尾獸的唯一方式。但並非所有的寫輪眼都能夠產生控製性特性，至少必須先是萬花筒寫輪眼，萬花筒寫輪眼的開眼條件被認為是殺死自己最親密的朋友（光有萬花筒血輪眼也不足以控製尾獸，還牽涉很多機密的研究）；這樣一來，木葉感受到了嚴重的危機——木葉絕對不允許有那麼多控製尾獸的潛在力量的存在（強大的宇智波家族同居一隅），同時，止水帶領下的曉更如芒刺在背，於是密謀在保留研究成果的同時，將曉重新洗牌；
4．木葉想了個一箭三雕的辦法，和宇智波家族高層共同商議，暗殺當時號稱家族最強的忍者止水。於是家族新一代中的佼佼者鼬被選了出來（也考慮到了止水的因素）。一是施壓於寫輪眼家族並考驗其忠心；二是通過殺止水為剿滅曉作準備；三是為了達成萬花筒寫輪眼的開眼條件試驗尾獸控製力量；殺止水開眼不僅僅是木葉的要求，也是整個家族迫於政府的壓力達成的共識；
5、作為暗部的鼬知道曉的存在，但並不知道曉與木葉的淵源；在接受命令後，鼬由於和止水的密切交情，再加上不滿家族向木葉妥協的安排，私放了止水，並一起製造自殺假象。然而鼬並不知道，止水的智商與實力其實早已超越了家族裏的所有人，是個梟雄般的人物，不可能為他所殺，他的真正實力連木葉高層都不清楚。止水早已預先識破木葉高層的借刀殺人的計策，利用鼬，詐死離開，同時借機策動曉的全麵背叛。
6、曉的脫離和所有研究資料被轉移帶走，使木葉發現了止水的詐死，高層震怒，進而更加懷疑宇智波家族的野心與動機不純，在背後暗中操作。一場腥風血雨即將來臨。
7、首先是將曉重新洗牌，為己所用——指示大蛇以臥底身份去暗殺止水（因為大蛇在曉被集體策反前就是其中一員），但大蛇丸倒戈，蒙騙木葉說任務已經完成，又造成一次“止水已死”的假象，繼續留在曉內部。
8、止水一“死”，接下來該收拾宇智波家族。圓桌會議討論通過，盡出暗部暗殺部隊，用最快的速度將宇智波家族族滅，並將滅門真相轉嫁到“已死”的止水身上。讓鼬相信是因為止水發現整個家族背叛他之後，殺了所有族人。
PS：滅族這裏麵還牽涉到一層統治權控製的問題（聯係到終結穀的石像），也可以說木葉也是為了最快的剿滅這樣的“番邦割據勢力”而產生的動作；所以說宇智波家的族滅是一個多因一果的必然事件。寫輪眼的血繼界限家族本來就是個被詛咒的悲劇存在，由於對尾獸的控製，也注定不會被世人接納。
9、木葉與鼬約定，讓鼬承擔了滅族罪名，以此作為打入曉無間的重要證據，監視大蛇（大蛇也並不知道鼬是無間），同時試驗掌控尾獸力量，而鼬之所以答應下來，也是想通過曉探查止水真正所在，了解家族慘劇真相（他對木葉說法也存疑問）；
在這裏亂入說明木葉的保密製度。在我們的設定裏，木葉保密等級是相當森嚴的。滅族真相被高層絕密控製（這就是文中5號館的存在）。而木葉為滅族事件編造了3重保險：3號館裏為一般暗部所接觸；4號館為鹿丸的秘密調查小組以及一些很重要的暗部成員例如寧次所能夠接觸到：即文中所寫的“逃走的止水不滿家族要犧牲他的決定，心中不忿才痛下殺手滅了全族，而鼬隻是出於私放止水的自責才擔下所有的罪名，並以此打入曉”——但這仍是個偽真相。隻有5號館裏的才是真正的事實。另外，對當日參與滅族的暗殺部隊造成一種需要犧牲寫輪眼家族讓鼬借此打入曉（保護全村不得已而為之）的苦肉計策略。並且，暗殺部隊隻負責執行命令，原因在所不問。