概述：SPI（Schistosoma Protect Institute，血吸蟲保護協會）是一個以“保護被忽視的珍稀生物”為綱領的環保恐怖組織。該組織主張異常生物與非異常生物都是地球生態係統的一部分。根據目前的情報，該組織可能是某幾個鬆散組織的結合體，這些組織包括“聖·血石園”、裏克皮生物養殖中心、RICPI（Rare Ignore Creature Protect Institute，珍稀被忽視生物保護協會）、郯廬大學和SPI。其中RICPI為該組織最活躍的一支，基金會收容的大量異常生物均與RICPI有關。基金會對已知屬於該組織成員的屍體解剖證明體內均攜帶有██種左右的寄生蟲，其中有百分之三十為記錄極少的稀有種，另外百分之七十則為此前從未報道過的新物種。此特征將作為基金會鑒別SPI間諜的可能方法。
目前回收自SPI手中的異常物品多為由SPI收容的“異常生物”或由SPI建立的“生物保護區”，部分異常物品則由SPI通過未知途徑送至基金會前台公司或收容站點。應當警惕基金會內部可能存在的SPI間諜。
已知SPI與基金會的衝突全部發生於基金會在異常物體未造成不良影響時試圖主動收容物體時，當異常物體造成了不良影響時，SPI成員會協助基金會成員進行收容。
有情報顯示，過去被認為是組成SPI的不同組織可能是SPI的不同部門，但SPI內部特殊的管理製度與情報管理能力使得這一猜想至今未得到證實。 The Doctor
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概述：The Doctor為一以異常醫學為主要研究方向的相關組織\/個人，由現有資料分析，其存在更有可能為一固定目標\/信仰。所有已收集到的相關信息均顯示出其成員對於“行醫一生，救人萬世”這一教條的高度熱情。其主要目標是通過異常手段創造出永久適用於人類，不會被時代所摒棄的醫學技術，對人類進行永久的幫助。其產物展現出高度專業的技術手段，因此推測其成員可能主要分布於醫療工作者及醫療研究者之中，同時不排除其在上流社會中存在一定數量成員這一可能。
截至目前基金會仍未掌握其團體性所在地或者成員間的互動方式，但可以確定的是，其成員內部存在交流網絡，甚至會進行成果交流，但並未幹涉彼此研究，同時其成員會扶持有意向加入的新人，並對其研究提供經濟及技術上的支持。
The Doctor成員對任何以The Doctor為名義發布的成果保有極高的自尊心和嚴肅態度。其拒絕接受未能實現其追求的失敗成果並自主的對其進行內部處理。為了保證組織的隱蔽性，The Doctor成員不會將其成果公開進行發表，但樂於向感興趣的個人展示其成果。
The Doctor並未對絕大多數相關組織展現出興趣，但值得一提的是，其成員對欲肉教派表現出強烈的厭惡情緒，甚至願意以將其毀滅為交易為基金會提供醫療技術支持。
目前仍然不知道The Doctor的起源時間，但其似乎在各地域的神話傳說中均有過登場，同時可能包含諸如威廉哈維，安德烈維薩裏等著名成員。基於SCP-CN-214的存在，目前中國境內與醫學相關的神話產物都在進行嚴格排查。 Gp快遞
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概述：Gp快遞全名Gp快遞物流有限公司，主要經營異常物品快遞物流運輸業務，是原同行組織MCu0026D公司旗下所屬“MCu0026D物流部”。後經分離，於2014年6月獨立經營，總部位於美國 俄勒岡州 波特蘭市，並在全球設立有分部以及網點。已知該組織的領導人為Scaven·Ideal。
該組織擅長研究奇術科技、異常科技以及超科技，並招募擁有奇術以及異常能力的員工，進行異常物品運輸以及收容。已知的該組織的收容措施足以媲美基金會。
一般來說該組織在戰鬥方麵較為薄弱，但單兵作戰力較強，安保以及部分員工對“保護貨物”存在極大的執念，所有員工遵循“以生命換取貨物安全”的理念，員工福利優於一般軍人。
基金會一般不會幹涉運輸過程，因該組織擁有足夠的實力在短期和可控的情況下長期收容異常物品，部分員工無視基金會的追蹤行為，可以在簽收貨物後進行隱秘收容。該組織也存在研究失敗的異常物品以及相關測試不合格的異常人類，為SCP基金會主要收容對象。
基金會曾有記錄表明存在過一場與GOC有關的Gp快遞網點突襲行動，並導致該網點被摧毀的同時造成了小範圍的收容失效，因此而導致其與GOC的關係急劇惡化，並演變成短期持續的小型戰爭（包括但不限於城市內小規模槍戰、空域作戰以及地麵載具作戰）。一般與Gp快遞相關的的GOC合作項目都將被立即拒絕並進行跟蹤監控，時刻留意GOC的對該組織的任何行動。
目前與多個同行組織存在合作關係，已知最大的三位合作客戶為MCu0026D公司、工廠以及OB傳媒。還有存在招募聖克裏斯汀娜書院(St. Christina College)實習生的行為。 綠麻雀基金會
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概述：綠麻雀基金會於2014年開始在東亞地區進行各式生物性恐怖活動，並且不斷騷擾本基金會與GOC等常態保護組織之站點，造成大量人命損失。
據稱該組織極度崇尚達爾文主義與環保主義，歧視大多數有色人種與遺傳缺陷者，並且希望透過減少這些“害蟲人口”達成其“永續”目標。
2017年12月，基金會攻破了該組織於四川建立的一處大型實驗室，造成其重大打擊，使得該組織於2018年的活動頻率大幅降低，然而此期間該組織開始大量掠奪其他異常組織的資源，用以壯大自身的勢力，並於2019年迅速回複以往之規模。
據調查，綠麻雀基金會內部存在著一支政治性武裝邪教組織，“混沌諸神教”，該組織提供了綠麻雀基金會極大的武裝力量與各樣資源支援，使其得以迅速複原。
目前基金會已將綠麻雀基金會與混沌諸神教列入高危關注組織列表中，並投入一定資源對其進行壓製。