起初，神羅公司的科技也達到了很高的水平，它已經找到了將這個星球的生命之泉當作資源來利用的方法。正是因為這樣，這個星球的人們的生活變得十分的富有。但是，這同時也是在消減星球的生命，很多人都抱著這種想法，所以越來越多的人開始起來反對神羅公司。但是神羅公司對這些反對它的人們用武力，進行了鎮壓。在這期間，神戰士發揮了重要的作用。但是傑諾娃所帶來的問題也逐漸顯現了出來，傑諾娃的細胞在不斷的侵蝕著神戰士的身體，神戰士們也都注意到了這一點。其中一個最優秀的神戰士薩菲羅斯，當他得知自己是誕生於一個可怕的實驗時，漸漸地他變得開始憎恨神羅，最後他變得憎恨一切。因為過度的憎恨，以至於他想要毀滅一切。神羅與曾經反對過神羅的人們，為了阻止薩菲羅斯進行了數次的戰鬥。戰鬥的次數越多留下的悲傷也就越多，為此那些曾經真愛過這個星球的人們，也不得不返回了生命之河。然後有一天，也就是改變命運的一天，使所有的戰鬥都告終的是星球自身的力量，星球把生命之泉當作了武器。
從地麵噴射而出的生命之泉吞噬了戰爭！野心！悲傷，這所有的一切以無盡的悲傷作為交換，一切都結束了。而對於那些為保護這個世界而努力戰鬥的人們也得到了回報。薩菲羅斯最後終於被打敗了。世界回歸了和平，一場可怕的噩夢終於得到了終結。
正當人們為期盼而來的和平而歡呼的時候另一場噩夢，正在醞釀當中。在上一場噩夢結束之前，也就是薩菲羅斯消失之前，他向整個星球便撒了傑諾娃遺傳思念，或者叫做薩菲羅斯因子，不論你怎麼稱呼都可以。被薩菲羅斯因子侵蝕的人都得了一種奇怪的疾病星痕症侯群。那些被傑諾娃侵蝕的人都將成為薩菲羅斯的幼蟲思念體。當幼蟲與傑諾娃細胞再次結合的時候，薩菲羅斯將會重新來到這個世界。那些曾經追隨過薩菲羅斯的人，當得知這個消息的時候，就開始四處尋找傑諾娃的生命細胞，然而傑諾娃的本體早以被神羅公司封印，曾經為這個世界帶來災難的神羅公司，極力的想要彌補自己以前的過失，他將傑諾娃的本體封印在了地底之城，直到能夠找到正確的方法來毀滅它。
正當世界歸於平靜的時候，一場為爭奪傑諾娃的戰爭悄悄的到來了。
在迎來盼望已久的和平以後，幸存下來的人正在期盼著新生活的開始，有些人甚至認為他們已經進入了永久的和平，沒有了薩菲羅斯的世界，充滿了歡樂！幸福，人們對過去的悲傷漸漸的淡忘。但是，在平靜的背後新危機的萌芽正在慢慢的生長。
在曾經被稱為地球上最繁榮的城市裏，也就是薩菲羅斯曾經在那裏挑起戰爭的亞特蘭迪斯城裏，有一些人正在謀劃著挑起新的世界大戰。他們都曾經是薩菲羅斯的追隨者，不甘心失敗的他們對這個星球，有著更深的仇恨。在這些人當中，有一個叫做亞求卡斯的神戰士，他對薩菲羅斯有著深刻的思念，在他和他的兩個同伴體內都寄生著傑諾娃遺傳思念，他們不斷的召集那些曾經追隨過薩菲羅斯的人，然後在一起向這個星球報複。
在傑諾娃遺傳思念的驅使下，亞求卡斯和他的同伴菲盧斯，格力目焦對傑諾娃細胞有著很強的思念，因為隻要能夠得到傑諾娃的本體細胞，他們隨時都可以重造一個強大的薩菲羅斯。在上次大戰以後神羅公司的高層們，對過去所做的一切深感不滿，他們撤換了以前的社長，把前任社長的勢力驅逐出神羅，並且神羅的著名科學家？寶條，找到了一種可以將傑諾娃暫時封印的方法。神羅的新任社長？斯特萊夫也極力主張將傑諾娃細胞封印，直到他們找到可以將它毀滅的方法。