全麵深化改革是一項複雜的係統工程，需要加強頂層設計和整體謀劃，加強各項改革關聯性、係統性、可行性研究。需要在基本確定主要改革舉措的基礎上，深入研究各領域改革的關聯性和各項改革舉措的耦合性，深入論證改革舉措的可行性，把握好全麵深化改革的重大關係，使各項改革舉措在政策取向上相互配合、在實施過程中相互促進、在實際成效上相得益彰。這都需要很好的“頂層設計”才能實現。
黨的十八大之後，中央即著手考慮黨的十八屆三中全會的議題。1992年，鄧小平同誌在南方談話中說：“不堅持社會主義，不改革開放，不發展經濟，不改善人民生活，隻能是死路一條。”回過頭來看，我們對鄧小平同誌這番話就有更深的理解了。
中央政治局認為，麵對新形勢新任務新要求，全麵深化改革，關鍵是要進一步形成公平競爭的發展環境，進一步增強經濟社會發展活力，進一步提高政府效率和效能，進一步實現社會公平正義，進一步促進社會和諧穩定，進一步提高黨的領導水平和執政能力。
圍繞這些重大課題，要有強烈的問題意識，以重大問題為導向，抓住關鍵問題進一步研究思考，著力推動解決我國發展麵臨的一係列突出矛盾和問題。中國共產黨人幹革命、搞建設、抓改革，從來都是為了解決中國的現實問題。可以說，改革是由問題倒逼而產生，又在不斷解決問題中得以深化。
黨的十八屆三中全會《決定》突出了中央五個方麵的考慮。一是適應黨和國家事業發展新要求，落實黨的十八大提出的全麵深化改革開放的戰略任務。二是以改革為主線，突出全麵深化改革新舉措，一般性舉措不寫，重複性舉措不寫，純屬發展性舉措不寫。三是抓住重點，圍繞解決好人民群眾反映強烈的問題，回應人民群眾呼聲和期待，突出重要領域和關鍵環節，突出經濟體製改革牽引作用。四是堅持積極穩妥，設計改革措施膽子要大、步子要穩。五是時間設計到2020年，按這個時間段提出改革任務，到2020年在重要領域和關鍵環節改革上取得決定性成果。
全麵深化改革是一個複雜的係統工程，單靠某一個或某幾個部門往往力不從心，這就需要建立更高層麵的領導機製。為此，全會決定提出，中央成立全麵深化改革領導小組，負責改革總體設計、統籌協調、整體推進、督促落實。這是為了更好發揮黨總攬全局、協調各方的領導核心作用，保證改革順利推進和各項改革任務落實。領導小組的主要職責是：統一部署全國性重大改革，統籌推進各領域改革，協調各方力量形成推進改革合力，加強督促檢查，推動全麵落實改革目標任務。同時，決定設立國家安全委員會，加強對國家安全工作的集中統一領導。國家安全委員會主要職責是製定和實施國家安全戰略，推進國家安全法治建設，製定國家安全工作方針政策，研究解決國家安全工作中的重大問題。這些都是中央更加注重改革的頂層設計和統籌規劃的體現，為全麵深化改革提供了組織保障。