事已至此，他也隻得帶領兩路軍馬返回一乘穀本城。隨後，信長舉大兵逼近了木目隘口。如能衝破這道天險，朝倉家的大本營已近在咫尺。
然而，一則探報卻震動了整個北伐軍。原來，朝倉家的鐵杆盟友——江州的淺井長政帶領湖北兵，斬斷了織田軍的退路。
此外，之前被信長打敗的佐佐木六角也從甲賀山地起兵，與朝倉家遙相呼應。
佐佐木六角偷襲了織田軍的側翼。據探報回稟，他還會繼續派兵支援朝倉家。
北伐軍陷入了腹背受敵的境地。前麵的朝倉軍也許知道了援軍的消息，士氣陡然一振，似乎會隨時衝出一乘穀給織田軍致命一擊。
“吾已入死地也。”信長已有此預感。這時他才發現，此次引兵北伐完全違背了兵法上“一擊製勝”的戰場規則，以致陷入到敵國的包圍圈裏。
他所擔心的不僅是從後路包抄過來的佐佐木六角和淺井長政，最讓他忌憚的還有隱藏在本願寺的僧兵。
信長聽說，這些僧兵已舉旗討伐自己。突然，天氣也發生了變化。整個北伐軍就像一艘飄搖在海中的小船。“全軍撤退！”信長立即做出決定。可是，這十萬大軍撤退起來又談何容易。就連兵法上也說過“舉眾兵進易而退難”。稍有疏忽，就會導致全軍覆沒。“請主公讓我殿後。我無須帶領太多人馬，會趁著夜色從朽木穀的小路衝出去，以讓大軍順利突圍。拂曉時，其餘部隊即可一路返回京師。”藤吉郎說道。
大軍在此多耽誤一刻鍾，危險就增加一分。當天傍晚，信長從森、佐佐、前田等將官的營中挑選了三百名士兵，離開熊川順著崎嶇的山路和溪穀朝著朽木穀方向連夜逃去。
信長的隊伍在途中多次遭到僧兵和土匪的襲擊，他們整整兩天沒吃沒喝，也沒睡過覺。在第四天的傍晚，這支隊伍終於回到了京都，大部分人已累得隻剩下半條命。
不過，這些先行撤回的人還算幸運。最悲壯的還要數藤吉郎，他承擔了為大軍殿後的任務。此時他手上僅有少數兵馬，獨自留守在如同孤島般的金崎城中。
直到此時，那些平日裏對藤吉郎心懷嫉妒，說他是“詭辯之士”、“暴發戶”的同僚也紛紛趕來跟他訣別。
“一切拜托你了！”“公堪稱織田家的中流砥柱，是一位真正的武士！”而且，將官們將自己的武器、彈藥、糧食等物資都送給了藤吉郎。這些祭拜者留下自己的貢品後，就匆匆離開了墳場。“他已是必死無疑！”無論離開的人還是留下的人，都這麼想。從信長離開朽木穀的晚上直到次日白天，柴田勝家、阪井右近、蜂屋兵庫、池田勝三郎等將官率領的九萬大軍也陸續撤出了戰場。一旦朝倉家派兵追擊，藤吉郎就會從側翼偷襲，給敵軍後方造成威脅。
此時，織田軍終於安全撤出了，留守在金崎城的藤吉郎也做好了必死的準備。他緊閉城門，盡情地吃喝、睡覺，以享受人世間最後的時光。
前來攻城的是朝倉家的猛將——毛屋七左衛門。他認為，與其跟城內的藤吉郎拚死一戰，不如來個圍而不攻。
就在圍城的第二天半夜。
“敵人來偷襲了！”七左衛門聽到喊聲，卻並不驚慌，因為他早有防範。他率兵朝夜色中的木下軍衝去，由於兵力太過懸殊，木下軍慘敗，不得不重新逃回金崎城。
“看來敵軍瀕臨死境，要做困獸之鬥了。我們就利用這個機會，在天亮前發起總攻！”於是，這幾千名士兵開始靠近護城河，他們紮木筏渡河，很快就來到了城牆下。
天將破曉之時，隨著七左衛門一聲號令，大軍一鼓作氣攻下了金崎城。可是，一切卻出乎他們的意料。城中未見一個敵軍士兵。隻見城內旌旗飄揚、硝煙嫋嫋、馬匹嘶鳴。然而，到處都沒有藤吉郎的影子。其實，藤吉郎昨晚行動的目的並非偷襲朝倉軍，而是要讓對方相信自己又跑回了城中。當晚，藤吉郎在一隊人馬的掩護下，如疾風般逃出了絕境，此時他正朝國境邊的群山跑去。