淺井手下磯野丹波的兵力正據守在佐和山城。“這下可以清除禍患了。”信長說完之後，便返回岐阜城了。他和手下人馬都還沒有來得及徹底休息一個月，來緩解入秋後的疲勞。駐守攝津的中之島城的細川藤孝發來速報。與此同時，位於京都的明智光秀也快馬來報。“攝津野田、福島、中之島一帶，阿波、三好黨一萬餘人，築壘而守，糾集遊民，發動暴亂，另有門徒數千人亦加入其中，因背後主謀為本願寺住持，故其勢猖獗，情勢危急，刻不容緩，望速予指示……”攝津的石山本願寺，位於難波的杜岡，日後成為大阪城的主城，又被稱為大阪禦坊或石山禦堂。這裏是蓮如的法孫——證如時代建立的道場，因為發足於室町幕府時期的無政府、無秩序的環境中，所以其結構和武裝都足以對抗社會動亂。深挖城壕，建設城橋，高築石牆，雖然美名其曰寺院，其實已是一座雄偉的城郭了。
當然，僧即兵。這裏也遍是僧兵，數量絕不少於南都和比睿山的兵力。住在這些古老寺廟裏的僧人，幾乎沒有人不對信長懷有敵意：信長算什麼？豎子何人！這句話的語氣可以說表現了他們所有的感情。如果要列舉他們對信長有意見的原因，那麼其一便是“無視傳統，以佛為敵”。如果讓他們再說的話，肯定會這樣罵道：“文化的破壞者，無法無天的大魔頭，唆使獸群大肆踐踏社會，如入無人之境。”
當然，石山的寺院裏的人，之所以如此憤怒，也是有緣由的。其實，信長因為太急於表現自己的意圖，結果招來了不必要的大敵，就算不致如此，也導致他遇到了很多麻煩，這可以說是信長自食其果。
最早的時候，信長名為談判，其實是對石山本願寺下達了高壓式的命令：“離開此處，交出地盤！”這是事情的開端。
寺院的自尊心很強，他們擁有的特權由來已久，當然對信長的命令不屑一顧。並且，他們從西部地區等地購入了兩千挺火槍，山上的僧兵，轉瞬之間便增加數倍，他們深挖戰壕。諸如此類寺院武裝化的傳聞，時有流傳。
信長也料想到他們可能會和隔海相望的阿波、四國的三好派相互勾結，並巧妙地利用將軍義昭的弱點，或在近畿以及堺市的居民中進行負麵宣傳，或煽動暴動，所以，他雖然收到京都和難波的友軍發來的急報，但是並不感到意外，倒不如說他正好有意借此機會大展拳腳。於是，他自率大軍前來攝津陣前。
途中，他順道來到京都，對義昭說道：“願您隨在下一同出陣，將士們如得知將軍大人親征，定會士氣振奮，暴亂也會馬上平息吧。”
義昭雖百般不情願，也沒有辦法推辭。對信長而言，義昭雖然是個不但派不上什麼用場，反倒要帶來麻煩的人物，但他可以充當出征的大義名分，同時也可以用來施行反間計。
難波的神崎川、中津川一帶，還是一片蒼茫的原野，到處是蘆葦遍地的耕地以及鹹水灘。中島分南中島和北中島，三好黨據守在北邊的城寨，細川藤孝則守在南邊的小城中。
戰鬥圍繞著這一帶展開，從九月上旬到中旬，兩軍反複進行著猛烈的拉鋸戰，雙方互有勝負。戰鬥的形式為野戰，大量使用了新式步槍和大炮。
九月十五日之後，十六天的時候，局麵被打破了。之前一直躲在深山，或者緊閉城門不出，一直回味失敗滋味的淺井和朝倉軍，見信長軍兵力空虛，於是改換裝備，渡過琵琶湖，來到大津和唐崎的湖岸，在那裏安營紮寨，其中一部分兵力連續不斷地登上比睿山。
僧侶團體雖然派別各有不同，但麵臨“反信長”的行動，大家立場完全一致，都號稱要“打倒佛敵”。
“他肆意減少比睿山的領地。自傳教大師以來的山規，比睿山便是不可侵犯的聖域，而他則絲毫不把這些規定放在眼裏，也全然不顧我們的體麵！”比睿山和淺井、朝倉兩家的關係很是親密。他們之間的盟約當然也是有效用的。
三者的意見達成一致：切斷信長的退路！朝倉軍從琵琶湖北麵的山地出動，淺井軍渡過大湖上岸。軍力扼住大津的咽喉，深入京都，埋伏在澱川，與大阪石山本願寺等勢力遙相呼應，意圖一舉擊潰信長。
與此同時，連日來，在難波的神崎川、中津川周邊的沼澤地帶，和石山本願寺的僧兵以及中島城寨的三好黨大軍對峙的信長，也聽到了一些警報：“後方將有大患。”當時是九月二十二日。詳細情報尚未獲得，但信長感覺到有些不妙。