雖然不知道秀吉是否有說過這樣的話，但毋庸置疑的是他對長秀是懷著很深的感情的。
也就是說，長秀的領地在若狹、近江之上又增加了越前全州和加賀兩郡。
“如今我作為北陸探題，一定會好好扶持築前的。”他語氣相當謙遜，贈送的地方很大，而且也給他的兒子鍋丸送了一把來自柴田的名為“莞爾”的名刀。
此外，在後來的幾日，秀吉對丹羽長秀直屬的諸侯都進行了大規模的論功行賞。
對於北陸的將來一切都計劃妥當了，秀吉的戰勝軍也於五月五日端午節回到了長浜。
將士們都領到了菖蒲太刀和節供食物，並允許在城裏滯留兩天。秀吉在這期間，聽取了有關岐阜方麵的情況。其後，在岐阜城主要是稻葉一鐵的軍隊還在進攻，但是當他們聽到柴田大敗的消息，神戶信孝以下以及守城兵的士氣都極其低落。雖然在城中還有一鐵的外甥齊藤利堯和稻葉刑部等，但還是有很多所謂的美濃同族都出了城，投靠了羽柴軍。
結果，城裏陷入了隻剩下二十七人的慘狀，最終三七信孝也逃出了城，從長良川坐船到了木曾川，投奔到了尾張知多那邊。
根據《豐鑒》《武家軍紀》等的記載：
“三七信孝和柴田最後都被斬草除根了，就連隨從家臣都難逃一死，隻有平日行善積德的人被留了下來。”
信雄跟隨著尾張的勢力，把城包圍了起來。信孝派遣使者到尾張去，然後出了城，乘船到了知多的宇津美。在那兒，信孝想要命令中川勘右衛門殺死自己，但覺得還未到時候，於是當他把所有的事情都處理完畢以後，悄悄地拿起刀自殺了。
後來，信孝的屍體由他的兄弟織田信雄巧妙地運了出來，為他處理了身後事。
當然指示信雄這麼做的無疑就是秀吉。因為如果直接由自己的軍隊對擁有主公血統的信孝下手的話一定會惹人非議，所以秀吉就借信雄的手來做此事。
對於這件事，後世指責秀吉的曆史評論也不少，比如山鹿素行的《武家事紀》就說道：
“秀吉和毛利和談，在山崎討伐光秀，以及在出席清洲會議的時候，絕對沒有想要奪取天下的誌向。但是，在信義前麵的雖然是一條沒有終點的路，但等天下的大事暫且結束之後，以勝家為首的信雄、信孝的家族長公們還有一益等以前的重臣們的策略，全都不如信義，而且智謀不足，反而將吞並天下的希望及根基素養全都寄托給秀吉。”
還有，在素行的同一本書中，關於這個問題還做了如下結論：
“……這並不是說秀吉喪失了正義。這一切都是信雄、信孝強加於他的。”
雖然大多數的評論對於這個結論都沒有什麼異議，但對於從中國地區到山崎之戰這段時間，說他還沒有奪取天下的野心，果真如此嗎？
不管怎麼說，毫無爭議的就是不管是信雄還是信孝，這兄弟倆都隻是凡庸之輩。假如，兄弟倆能齊心協力的話，又或者，其中能有一人具備果斷的性格，並有辨別時勢的慧眼，那麼肯定不會淪落到今天這樣的下場。
與信雄的資質平庸相比，信孝還算有一點點骨氣。他雖然隻是一個毫無才略、固執的人，但在逃到尾張野間的時候，他最後在一間寺廟裏切腹自殺的樣子真的是有“怎麼會淪落到這種地步”這種覺悟的樣子，還是有點骨氣的。以前，在野間的安養院裏，寺廟收藏了一幅墨梅的古畫，說是織田信孝在自殺的時候，掛在屋裏床上的一幅畫。這是一幅能看見血跡，緬懷往昔，看著都覺得哀傷的畫。後來，狩野衲永在畫上麵題了一首詩：
夜窗如夢到西湖，月下見花思老逋，忽有鍾聲來呼醒，舉頭半幅墨梅圖。
信孝，終年二十六歲。
自殺的時候據說是五月七日。七日當天，秀吉踏入安土，十一日駐紮在阪本。
在伊勢潼川的一益最終也投降了。秀吉給他斟了茶，還在近江給了他五千石俸祿，並沒有深究他以前的罪行。