故事初始約十幾年前
威廉·奧維爾在俄羅斯西部支援了被俄羅斯成教部隊追殺的魔法結社“占星施術旅團”並一人擊潰了俄羅斯成教的精銳部隊。
同一段時期也在法國中部阻止並殲滅了將無辜少女作為“貞德神諭”試驗品的法國最大魔法結社奧爾良騎士團。
故事初始約十年前
威廉·奧維爾在多佛爾海峽法國側解救了被西班牙星教派襲擊的英國三公主薇莉安。此後，拒絕了成為“騎士”的邀請離開了英國，為了從外部保護英國而加入了“神之右席”，後以“後方之水”稱呼。
英國清教所屬十三騎士團之一的先槍騎士團（1stLancer）前往日本的一個小山村內找到了站在灰燼之海中的少女:姬神秋沙。
故事初始幾年前（禦阪美琴童年時代）
童年的禦阪美琴出於好心將自己的“DNA樣本”提供給了不知名的研究所，引發“量產型能力者計劃”啟動。
故事初始幾年前（食蜂操祈少年時代）
“量產型能力者計劃”第一個實驗體“妹妹”0號（多莉）誕生，由於出生時的缺陷，“妹妹”0號身體中不得不植入特殊的機械來維持自己的生命。
在研究員的安排下，同在一間研究所的食蜂操祈與孤獨的多莉成為朋友，熟悉後的多莉親昵的稱呼食蜂為“小咪”。（很可能是食蜂利用心理掌握的能力將自己偽裝成多莉過去的友人，不過多莉似乎早已發現了這個謊言）
與食蜂一同玩耍的多莉因克隆人的壽命到達臨界點而開始倒下，昏迷前的多莉希望食蜂操祈能夠告知她的真名，看到唯一好友被帶走的食蜂消沉下來，不知何時，前來的女研究員告知她多莉已經死亡的消息。
依靠自身能力獨自調查的食蜂從研究員團體“才人工房”口中得知了“Exterior實驗計劃”的完成需要依靠食蜂以及多莉，而且該實驗完成時自己也會被無情的處理掉。
為了自己目的的食蜂開始反擊，將“Exterior實驗計劃”有關聯的人全部洗腦並置於自己的暗中支配下（而且無論用何種手段被洗腦者也不會說出有關於實驗的任何情報），做好以上計劃的食蜂操祈進入常盤台學院就讀。
故事初始約三年前（禁書目錄動畫劇場版《恩底彌翁的奇跡》）
已經活了1000年的不死者魔女雷蒂麗·唐格羅德為了獲得死亡的解脫在學院都市企業“星軌之門社（OrbitPortal）”開發的試驗性航天客機“獵戶座號”上動手腳，實驗自己能不能自殺成功，引發航天飛機降落時的墜機事故。
墜機事故發生時機長代達羅斯·賽昆齊亞之女莎特奧拉·賽昆齊亞以自己的“願望”創造出了一個“願望”的集合體女孩鳴護·艾麗莎，艾麗莎歌唱所引發的“奇跡”讓機上的88名乘客與機組成員全都安然無恙，但其代價是莎特奧拉失去了自己的父親以及音感，事故後為了紀念此次“奇跡”而被稱為“88人的奇跡”。（莎特奧拉之父的死亡因為報道的錯誤的而被抹去了記錄）
引發“獵戶座號事件”的雷蒂麗·唐格羅德雖然覺得自己的實驗失敗，但卻對誕生的非人類鳴護·艾麗莎產生濃厚的興趣，之後將瀕臨破產的“星軌之門社（OrbitPortal）”收購，開始建造世界第一座宇宙電梯“恩底彌翁”，希望借此發動可以讓整個北半球毀滅的魔法陣，借此實驗自己能不能死去，而其魔法的核心則準備利用鳴護·艾麗莎來擔任。
故事初始約一年前秋季至冬季
超能力者（LV5）中排名第一位的一方通行受邀參加了“絕對能力實驗計劃”，在研究所的初次實驗中將妹妹（1號）殺害。
超電磁炮漫畫番外篇《兩個新人的研習》
白井黑子與初春飾利在風紀委員訓練所初次相識，之後兩人與固法美偉前輩在郵局辦事時卷入搶劫案，由於白井在對峙劫犯時過於魯莽導致為了保護她的固法前輩受傷。
在某位路過的超能力者（美琴）暗中幫助下，白井製服擁有“絕對等速”能力的搶劫犯，案件告破，而白井的“空間移動”能力也在這次事件中得以顯現。
1月、第三個星期五
無能力武裝集團“SkillOut”三笨蛋（駒場利德、濱麵仕上、半藏）半夜盜竊ATM機被警備員黃泉川愛穗逮捕，三人關押後半藏透露自己對黃泉川一見鍾情。
2月、第一個星期五
英國·倫敦
神裂與牛仔褲店店長遇見了剪牛仔褲魔:自稱瓦爾基裏的少女，由於被少女和店長的色情言論所挑釁，憤怒的神裂將店長和少女一同討伐。
2月、第四個星期五
意大利·米蘭
在外國出差歸途中的上條刀夜想在魔草調配師芭爾比娜處購買奇怪的土特產送給兒子當麻，與追捕芭比娜的上司：羅馬正教修女麗多薇雅·羅倫婕蒂相識。
有些擔心自己兒子的刀夜向修女吐露出了心中的煩惱，太過熱心的麗多薇雅聽完後將芭爾比娜的靈裝”黑色軟泥“作為幸運附身符贈送給他。（魔法“天使墜落”形成原因之一）
3月、第三個星期五（3月15日）
削板軍霸（能力：念動炮彈，排名第七位的超能力者）在小巷內將遭到搶劫的原穀矢文救出，隨後隻用三拳就將不良頭目：自稱對能力者戰鬥專家的橫須賀打倒。
4月、第一個星期五
巴西·裏約熱內盧
貧窮的巴西少女伊捏絲想對作惡多端的**進行複仇時被自稱綜合顧問的禦阪旅掛所阻止。
聽從旅掛建議，伊捏絲日後以回收廢舊家電事業為基礎白手起家成為了成功商人，開始向記者講述這一段趣聞。
4月、第四個星期五
白井黑子在自己學校專屬的美容院內理發，並和理發師阪島道端閑談一些關於"原石"以及冷戰時**發超能力者等等傳聞。
5月11日（8月11日的三個月前）
妹妹（9982號）在某研究所內誕生，後聽從女研究員的命令，妹妹（9982號）著手處理數十位“妹妹”的屍體。