施琅原本是鄭成功的部將，但是因為鄭氏集團內部的矛盾使他成為無辜的受害者。他無奈之際向清朝投降，但因為他的身份很長時間他都沒有受到重用。是康熙發現了他，並且對他給予支持，在他處境比較艱難的時候康熙幾次施以援手。在康熙的謀劃下，他才能夠施展才華，建立赫赫的戰功。
施琅被康熙重用之後，本來打算馬上發兵攻打台灣。正當施琅雄心勃勃地籌備此事時，康熙卻下令撤水師，召施琅入京任內大臣，不再議武力征台。康熙這樣做主要是迫於形勢，而不是對施琅一意罷貶。因為主撫派在當時占了上風，而且部分大臣對施琅不信任。當時對施琅的不利因素比較多：他不僅是鄭成功的舊部，而且曾經前後兩次率兵征台未果，還損兵折將。當時清統治集團對明鄭降將多不信任，曾下令把這些降清士兵官員遷往內地各省安插，對施琅當然也不可能例外。
當時清政府的主要精力，放在解決其他的國內大事上，所以康熙也隻好下令撤兵。施琅一再表示應該出兵，他的觀點引起了反對派的注意。出於對他的保護，康熙召施琅入京。施琅到北京後，康熙任命他為內大臣，並撤福建水師，不再議征台之事。表麵上看，停議征台對施琅是貶，但實際上施琅從福建水師提督調任內大臣，則貶中有褒。康熙通過這次人事調動，把施琅從爭議的風口浪尖上調離，準備在適當時機再委以重任，更是對他的保護。
在幫助他躲過非議之後，康熙再次起用施琅，表現出了對他的器重。1681年，清朝、鄭氏集團雙方都發生了曆史性的轉折事件。這一年鄭經去世，鄭克塽繼位，鄭氏集團內部矛盾激化。而清方在這一年最後平定了“三藩之亂”，能夠騰出手來考慮平台的問題。這是施琅複出的契機。康熙深知平台不是一件易事，早在康熙十七年他就要姚啟聖等遴選福建水師提督，條件“非才略優長，諳練軍事不可”。
據此，姚啟聖就力薦施琅。但此次重新起用施琅卻與施琅的同鄉大學士李光地很有關係。據《清史稿》所記，康熙曾先後兩次就福建水師提督人選事征求過李光地的意見。第一次李答以施琅“海上路熟，海上事他亦知得詳細，海賊甚畏之”。第二次康熙就“命將”問題又一次征求他的意見，他認為“計量起來還是施琅”。理由是施琅是“海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人還有謀略，為海上所畏”。在李光地的力薦下，幾乎沒有經過太多周折，康熙便諭命施琅為福建水師提督，加太子少保。他讚揚施琅熟悉彼處地形、海寇情形，要“克期統領舟師進取澎湖、台灣”，並認為如果不派遣施琅去，“台灣所不能定”。施琅離京赴任前，康熙又語重心長地說：“爾至地方當與文武各官同心協力，以靖海疆。海氛一日，則民生一日不寧。爾當相機進取，以副朕委任至意。”
為了保證施琅能夠順利用兵，康熙對他表現出了最大程度的信任，同意讓施琅一人負責對台軍事。曆史上許多失敗的戰例，不是在敵強我弱的情況下發生，而是在將領之間互相掣肘，貽誤戰機的情況下發生的。因此施琅一到廈門，立即上疏要求專征台灣，即軍事指揮由他獨自決策。康熙對此比較認可，但是出於對施琅的保護，他第一次沒有同意。在施琅再次上疏之後，康熙為了杜絕大臣們的反對意見，有意地把施琅的意見交大臣討論。大學士明珠明白康熙的心意，表示讚成施琅的意見。有明珠的附和，康熙帝立即表示同意明珠意見，下令“施琅相機自行進剿”。
康熙批準“專征”之後，施琅大受鼓舞。由於康熙的支持，施琅在攻占澎湖、招撫台灣時，進展便比較順利。施琅不但軍事指揮得當，而且招撫鄭氏集團，采取的策略也十分高明，沒有摻雜半點報私仇的雜念。當一些部眾勸他對鄭部“急撲滅之，以雪前仇”時，他說：“吾此行上為國下歸民耳，若其銜璧來歸，當即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之為有？”施琅此舉，盡可能地團結了鄭氏集團。可以說正是康熙對他的信任與厚待，才讓一個原本懷著血海深仇的施琅，變成了一個不計個人私怨、以大局為重的施琅。