海都之亂被平定
忽必烈采用漢法，引起蒙古守舊貴族的反對，他們抱住祖宗之法不放，極力反對忽必烈用漢法治理社會，並想奪取其政權，以便實施他們用蒙古法治理大蒙古國的計劃，因此，他們發動了一次次反對忽必烈統治的叛亂和鬥爭。
在這些鬥爭中，最主要的是海都、昔裏吉、乃顏、合丹、篤哇等人的叛亂。
海都是窩闊台之孫，他是一個很聰明能幹而又狡猾的人，對一切事情都安排得比較周密。
蒙哥奪取汗位以後，汗位從窩闊台係轉到拖雷係手中，窩闊台後裔一直心懷不滿。
當時，海都隻有十五六歲，卻表現出攫取汗位的強烈欲望，總以為自己是窩闊台後人，有權繼承汗位，因此反對蒙哥和忽必烈為汗。
蒙哥即位以後，看到了窩闊台係後王的威脅，為了削弱他們的勢力，便把海都遷到海押立（今哈薩克塔爾迪·庫爾幹爾）一帶，海都更加不滿。
忽必烈和阿裏不哥爭奪汗位時，海都支持堅守蒙古舊俗的阿裏不哥。阿裏不哥敗降後，海都便不斷積蓄力量，密謀奪取大汗之位。
海都以海押立為基地，團結窩闊台係諸王，勢力日益興盛，逐漸成為窩闊台汗國首領。海都要想奪取汗位，隻靠窩闊台一係的力量是不夠的，為此，他大力拉攏術赤係後王和察合台係後王。
海都通過花言巧語，編織一些忽必烈的壞話，極言忽必烈得勢必危及術赤係和查合台係的人身安全，並極有可能被其鏟除。
術赤後王和察合台後王都相信了海都的話。
特別是術赤後王、拔都之孫、欽察汗的忙哥帖木兒汗及察合台後王木八剌沙等表示積極支持海都，願意和他們一起爭奪汗位。
忽必烈即位之後，曾預感到海都將不會服從自己的統治，多次派遣使者征請海都入朝，都被海都“我們的牲畜瘦了，等養肥之後，我就遵命前來”等托辭所拒絕。
當時，忽必烈正忙於準備攻宋，無力西顧，為了穩住海都，每年繼續賞賜海都銀兩幣帛，並把蔡州（今河南汝南）分給海都作為食邑，表示優容。
同時，又派遣使者分赴欽察汗國和察合台汗國，盡量分化其勢力，把他們拉過來。這時，察合台汗國阿魯忽汗已死，其妻兀魯忽乃未得大汗忽必烈允許，就把自己的兒子木八剌沙立為察合台汗國之汗，木八剌沙很快倒向海都一邊。
忽必烈為控製察合台汗國，把在中原的察合台曾孫八剌派回本汗國，並授予繼承汗位詔書，讓他想方設法奪取察合台汗國的汗位，以牽製海都。
八剌回到察合台汗國以後，先不出示詔書，偽裝擁護木八剌沙，逐步奪取了汗國的兵權，然後將木八剌沙廢掉，自立為汗。
八剌奪取察合台汗國的汗位以後，曾遵照忽必烈的旨意，牽製海都，與海都發生了一係列摩擦。這時，海都積極擴展自己的勢力，侵奪了察合台汗國的部分領土，並把他的行營遷到阿力麻裏（今新疆伊犁哈薩克自治州霍城西）之地。
八剌率軍反擊，初戰勝利，但海都得到欽察汗國忙哥帖木兒的幫助，又把八剌打得大敗，八剌退走河中（今錫爾河與阿姆河之間）。
海都見八剌與自己為敵，分裂察合台後王，對自己奪取汗位大為不利，就在自己獲勝的基礎上，派遣乞卜察克（也是窩闊台的孫子）去拉攏八剌。乞卜察克向八剌轉達海都的話說：
“我的侄兒喲，你怎麼這麼傻呢，你以為幫助忽必烈會得到什麼好處嗎?那就錯了。你想想看，那忽必烈專門信任漢人，身邊的漢儒不離左右，親親熱熱，哪一個不超過對你的信任。將來忽必烈滅掉南宋，一統天下，得到好處的還不是那些漢人，哪兒會輪到你呢!”
本來八剌就對忽必烈采用漢法、親近漢人有意見，聽海都及其使者乞卜察克這麼一說，心就動了。乞卜察克見八剌有些動搖，接著說，“我們的首領海都聰明能幹，對您也非常賞識，不如和我們一起幹吧，把汗位奪過來，一定有你的好處。”
八剌認為很有道理，立即點頭答應了。從此，八剌正式背叛忽必烈而與海都結好，並為了爭奪忽必烈的屬地斡端（今新疆和田），正式與忽必烈開戰。
海都把八剌拉過來以後，於至元六年（1269年）糾集術赤後王忙哥帖木兒和察合台後王八剌等，在答剌速（今塔拉斯）河畔召開忽裏台，劃分了各自在中亞草原的勢力範圍及河中農耕區的財賦收入，將河中地區三分之二的土地劃歸八剌，其餘分隸於海都和忙哥帖木兒。
會上，海都被推選為盟主，發誓保持蒙古族遊牧生活及習俗，共同對抗忽必烈。但八剌覺得他分得的土地不足以供養所統領的遊牧部族，而垂涎於伊利汗國所屬的呼羅珊（今阿母河以南興都庫什山脈以北地區），想把其地奪取過來。
海都對忽必烈的弟弟旭烈兀建立伊利汗國不滿意，與伊利汗國阿八哈汗是夙敵，因此，積極支持八剌向伊利汗國擴張。這樣，會上便把鬥爭的目標擴大為忽必烈和阿八哈二個。
其後，他們遣使責問忽必烈說：“本朝舊俗與漢法不同，現在你留在漢地，建造都邑城郭，風俗禮儀及各種文化製度，都遵用漢法，忘記了自己的祖宗之法，這是為了什麼?”公開向忽必烈挑戰。
至元七年（1270年），八剌舉兵進攻伊利汗國，占據呼羅珊大部分地區，海都也派遣乞卜察克等人率兵往援，後因乞卜察克與八剌部將紮剌兒台失和，一怒之下，撤兵而走。
伊利汗國阿八哈汗聞訊，設計誘使八剌進至隻涅平原，伏兵四起，大敗八剌軍隊。八剌請求海都發兵為援。海都想乘機吞並八刺的軍隊，遂率兵前來，突然包圍八剌營帳。八剌見海都如此不講信義，又氣又恨，惱怒而死。八剌所屬軍隊遂轉而效忠海都，海都的勢力進一步壯大起來。
海都成為雄踞西北的一大勢力，發誓要與忽必烈爭個高低。
麵對海都的威脅，至元七年（1270年），忽必烈親自視師西北，並派遣太子真金駐兵稱海（今蒙古科布多東南），派遣萬戶伯八、斷事官劉好禮鎮守吉利吉思和謙謙州（兩處均在今葉尼塞河上遊流域）等處。
至元八年（1271年），又派皇子北平王那木罕出鎮西北，以加強對海都的防禦。同時，派遣使者出使欽察汗國，企圖把欽察汗國的術赤後王拉過來，以削弱海都的勢力。
海都在八剌死後，又援立八剌之子篤哇為察合台汗，此後，察合台汗國完全被海都所控製。於是，海都不顧忽必烈的防禦和警告，率領軍隊對忽必烈發動了聲勢浩大的征伐。
忽必烈聞訊，立即命令軍隊迎擊，在別失八裏（今新疆吉木薩爾）一帶，大敗海都叛軍，海都不得不率殘兵退去。忽必烈亦不追擊，隻是派遣皇子那木罕進據察合台汗國都城阿力麻裏，率重兵戍守。海都見狀，一時不敢輕舉妄動。
至元十一年（1274年），忽必烈派軍大舉攻宋，海都見有機可乘，又率大軍乘虛來襲。忽必烈非常生氣，於第二年正月正式下令迫繳頒發給海都與八刺的金銀符印，再一次派遣昔班為使，勸諭海都罷兵並前來朝見大汗。海都不但不聽，又策動諸王火忽背叛忽必烈，占領南疆一帶。
這時，正是伯顏伐宋大軍深入建康、準備一舉滅宋之時。忽必烈為了防禦海都，急忙將伯顏從軍前召回，意欲暫時停止攻宋，全力討伐海都。伯顏向忽必烈彙報了攻宋的軍事進展情況，認為滅宋之機決不可失。
忽必烈聽了伯顏的彙報，認為伯顏說的有理，同意伯顏立即返還軍前，對南宋發起最後總攻，以滅亡南宋。同時，派遣右丞相安童以行中書省、樞密院事銜，前往阿力麻裏，輔佐皇子那木罕率大軍北征。
在此次北征大軍中，有蒙哥之子昔裏吉、蒙哥之孫撒裏蠻、阿裏不哥之子玉木忽兒、歲哥都之子脫黑帖木兒等，他們對忽必烈奪取汗位都十分不滿。
至元十三年（1276年）夏，那木罕和安童大軍在伊犁河邊度夏，“出去打了幾天獵”，脫黑帖木兒和昔裏吉在打獵時相遇，脫黑帖木兒煽動昔裏吉說，大汗之位本來應該屬於你，忽必烈“使我們和我們的父親們受了多少侮辱”，不如“我們把那木罕和安童那顏抓起來交給敵方吧”，然後推舉你為帝，幹我們自己的事業吧。
昔裏吉深以為然，於是，他們串通撒裏蠻、玉木忽兒等人，在一天夜裏，突然襲擊，把那木罕抓起來送到欽察汗國忙哥帖木兒處，把右丞相安童抓起來，送到海都處，越過按台山占領吉利吉思等地。隨後，他們回師進攻蒙古在漠北的中心和林。
忽必烈聽說北征大軍出現了叛亂，感到情況萬分緊急。但這時，元軍已經攻破南宋首都臨安，大軍開始陸續返回。
至元十三年（1276年）七月，忽必烈聽說昔裏吉率兵準備進犯和林，急忙派遣從臨安護送所俘宋帝至大都的李庭率軍北上防堵，又令南征大將阿術西巡，驛召重臣相威北還，授予征西都元帥之職，總領汪惟正軍，以鎮西土。
至元十四年（1276年）初，應昌（今內蒙古克什克騰旗達裏諾爾西）的蒙古弘吉剌部貴族隻兒瓦歹又起兵響應叛軍，與昔裏吉南北呼應，大有不奪取帝位誓不罷休之勢。
麵對這種形勢，忽必烈火速把征宋主將伯顏、別吉裏迷失等人調回，讓他們率領大軍北征。伯顏等急速趕到漠北，前鋒別吉裏迷失在和林一帶追及隻兒瓦歹，把他們全部消滅。
隨後，與東犯的昔裏吉叛軍相持於鄂爾渾河，雙方夾水而陣，整整相持了一天。伯顏乘昔裏吉的軍隊懈怠之機，兵分兩隊，出其不意，突然奮擊，一舉打敗了昔裏吉的部隊，奪回了被擄的大帳，並將昔裏吉叛軍趕到阿爾泰山以外，穩定了漠南漠北的局勢。
昔裏吉失敗以後，內部出現了矛盾和鬥爭。至元十六年（1279年），複犯和林的脫黑帖木兒被元將劉國傑打敗，求助於昔裏吉。昔裏吉未能發兵相助，脫黑帖木兒大為不滿，於是，又去煽動撒裏蠻自立為汗。
昔裏吉聽說脫黑帖木兒與撤裏蠻攪在一起，並擁立撒裏蠻為汗，大為惱怒，急忙與明理帖木兒及其他諸王聚軍為備，並派遣使者責問脫黑帖木兒，為什麼要在內部“造成紛擾與動亂”?
脫黑帖木兒回答說：“昔裏吉沒有勇氣和膽量，因此我們想讓能夠勝任的撒裏蠻作君主。”昔裏吉沒有辦法，又派人去對撒裏蠻說：“如果你要取得帝位，可以向我要，何必去求脫黑帖木兒呢?”脫黑帖木兒代替撒裏蠻回答說：“為什麼我們要向你請求帝位，並且到你那裏去呢?你自己到我們這裏來吧”。
昔裏吉知道自己無力對抗撒裏蠻和脫黑帖木兒，隻好屈從，親往脫黑帖木兒處，共同商議擁立撒裏蠻為汗之事。脫黑帖木兒又對昔裏吉說：“如果你是誠心誠意地來的，那你現在就派遣急使去通知拔都的兒子們和海都說：‘我們自願尊奉撒裏蠻為自己的君主’”。昔裏吉沒有辦法，隻好去通知。
玉木忽兒得報後，拒絕前來擁立撒裏蠻。脫黑帖木兒便率師去攻打玉木忽兒。由於脫黑帖木兒平時對士兵殘暴，頗多怨恨，還未接戰，皆紛紛倒戈，盡降玉木忽兒。脫黑帖木兒僅率十二人逃走，中途被追獲處死。撒裏蠻失去脫黑帖木兒的支持，勢力大衰，沒有能力與昔裏吉對抗，隻好投降昔裏吉。部眾不願意歸順昔裏吉，三三兩兩結夥投降元朝。
昔裏吉害怕撒裏蠻為亂，又把他押送欽察汗國的火你赤處。途中為撒裏蠻部眾救獲。撒裏蠻於是重整軍隊，奪取昔裏吉的輜重，於至元十九年（1282年）正月，遣使於忽必烈，表示願意歸順。
昔裏吉得到這一消息，率軍來戰。但部眾已不願意繼續與忽必烈為敵，又出現前徙倒戈事件，全軍盡降於撒裏蠻，昔裏吉也為撒裏蠻擒獲。
玉木忽兒聞聽昔裏吉被擒，急忙率軍來救，結果，士兵也臨陣倒戈，玉木忽兒也成了撒裏蠻的俘虜。撒裏蠻決定押解昔裏吉和玉木忽兒投奔忽必烈。玉木忽兒假裝有病，請求停留二三日，暗中賄賂附近的答裏台斡赤斤（成吉思汗弟）後王，請求援救。
撒裏蠻毫無戒備，被其突然襲擊打敗，撒裏蠻僅與一妻逃脫，投奔忽必烈，忽必烈非常高興，優禮有加。
昔裏吉和玉木忽兒雖然逃脫，但元氣大傷，後來走投無路，也分別投降了元朝。明理帖木兒則投降了海都。
昔裏吉叛亂，由於他自己想稱王，引起海都忌諱，因此，沒有很好地得到海都的幫助，終於被忽必烈所戰勝。
在忽必烈全力鎮壓昔裏吉叛亂時，海都取得了喘息之機，秣馬厲兵，勢力重新發展起來。
至元二十四年（1287年），海都一麵策動察合台汗國篤哇汗與他聯合犯邊，一麵串通東北鐵木哥斡赤斤後王乃顏、哈撒兒後王勢都兒、合赤溫後王勝納哈、合丹等．發動了聲勢更加浩大的叛亂。
乃顏是成吉思汗幼弟鐵木哥斡赤斤的玄孫。在成吉思汗分封時，與其母月倫所得封地最多，以哈喇哈河（今哈爾哈河）流域為中心，後來不斷向哈刺溫山（今大興安嶺）以東擴展，占據了東北大部分地區。
乃顏的祖父塔察兒曾以東道諸王之長率先擁戴忽必烈為汗，因而特受尊崇，勢力又有新的發展。乃顏繼承了鐵木哥斡赤斤、成吉思汗母月倫及其祖父塔察兒的財產和封地，兵馬繁盛，勢力強大。他自恃“國土甚大，幼年驕傲”，“不欲為大汗之臣，反欲奪取其國”，一心想要專擅稱王。
乃顏聽說海都在西北反元，曾密謀起兵相應，以便對忽必烈進行東西夾擊。但還沒等他起兵，忽必烈就得到了遼東宣慰使關於乃顏“有異誌，必反”的報告，忽必烈為了防禦乃顏，立即在遼陽設立東京等處行中書省，鎮攝東北。乃顏見忽必烈在東北設置行省，心裏有些不安。