86。與組織的終結篇—名偵探VS莫比
87。愛的殺意—夕月VS月島仙子
88。死亡安眠曲—李平VS阿進
89。離別的兄弟之約
90。OVA10。偵探的春天
4月新主線：基德的繼承人飛盜與偵探對決的開始。以及出現的神秘女子所策劃的陰謀。中國名偵探的回歸。
91。第二彈劇場版鮮血競技場
92。OVA11。沉默的犯人—罪名不成立
93。OVA12。女性的華麗推理秀
94。OVA13。飛天俠盜的開場戲
95。月夜無破綻殺人事件（上)
96。月夜無破綻殺人事件（下）
97。奇怪的行李
98。東京美術館—飛盜VS偵探
99。神秘的邀請函
100。少年偵探突破100章紀念—吸血鬼傳說—名古屋血祭
101。吸血鬼傳說—劄幌噩夢之始
102。吸血鬼傳說—香港危險之旅
103。吸血鬼傳說—偵探之命
104。吸血鬼傳說—名偵探金田一登場
105。吸血鬼傳說—金田一的指引
106。吸血鬼傳說—最後一位犧牲者
107。香港偵探劇—金田一VS高明
108。綠惡魔殺人事件（上）109。綠惡魔殺人事件（下）
110。OVA14。不祥的征兆—Black
111。OVA15。神秘女子的陰謀
112。黑的陰影
113。組織複仇者的威脅
114。組織殺手紅兔的證詞
115。OVA16。神秘女子的身份
116。OVA17。飛盜的約會大作戰
117。黑蝴蝶雙重身份之謎
118。魏炎明VS黑蝴蝶—兄妹之戰
119。黑蝴蝶竟是若言的母親
120。逼迫的壓力—若顏消失
121。殺手比特VS李飛—生死決鬥
122。若言的警示—野心巨大
123。四月特別篇死神契約推理戲
124。OVA18。黑白記憶—若顏VS黑蝴蝶
125。告白的真實測量
126。驚險飛車對決
127。愛的魔法—飛盜表演（上）
128。愛的魔法—飛盜表演（下）
129。人偶世家的詛咒（上）
130。人偶世家的詛咒（下）
131。Z事件再現—危機之始
132。品酒樓對決—修女VS女偵探（女偵探指的是林依，她在火燒島事件中與修明他們相識）
133。封印之書—可怕魅影出現
134。死亡預告信—偵探的危機
135。白色迷霧綁架事件
136。小惠留下的信息（小惠，即圓穀惠）
137。東京鐵塔
修女與女偵探的再次對決
138。生死決鬥
銀狼VS修明
139。暗處的殺機
140。櫻花樹下
水靈VS夕月
141。臨近死亡邊境的修明
142。契約之鬥
銀狼VS李飛
143。可怕的神秘組織
144。北鬥號危機
阿進VS修
145。舊事重提
柯南VS劍146。林依的調查
147。紅月組織的巨大陰謀
148。再探Z事件—開端
149。矢修的預言
150。圓穀惠神秘解救之謎
151。雪山之約
銀狼VS兩位名偵探
152。紅月組織所設的天羅地網
153。靜岡來的朋友
154。女性對決
紫言VS水靈155。女偵探隊的誓言
156。修女的逆襲
157。紅月組織月飛盜
紅水晶爭奪戰158。魅影重現—修明的不安
159。痛苦的往事
五月新主線：神秘的紅月組織與偵探的對決，若顏的歸來。以及紅月組織的覆滅。
160。OVA19。零號文件的喪失—紅月組織的憂慮
161。修女的真實身份
母女之間對決
秋葉雨VS秋葉露
162。秋葉露的加入
163。露所提供的情報
164。姐妹對決
露VS水靈
165。OVA20。北冥寂的歸來