經過多方調查，柯南和平次終於掌握了黑衣組織的全部信息。在東京警視廳和FBI的配合下一舉殲滅了這個隱藏了半個多世紀的神秘組織。原來組織的BOSS就是GIN，他是第二代BOSS，第一代是他老爸，組織最初的目的在於開發令人長生不老的秘藥。而這項活動需要大量資金，所以組織以暗殺來維持運營。本來一個單純的暗殺組織在經過半個世紀的發展後竟然變成了一個足以與政府對抗的強大組織。
在**搗毀組織總部的時候高木警官發現了一張刻有APTX-4869資料的磁片，高木警官當作普通的證物帶回了警局。在黑衣組織的地下室中警方發現了已經失蹤多年的魔術師黑羽盜一。原來當年黑衣組織要黑羽盜一加入組織遭到拒絕，組織就將他囚禁在地下室。說來也很奇怪，GIN竟然沒有殺了他，也許GIN也不是很清楚自己為什麼會留他一條命。
在與警方的對戰中，組織的成員不是槍而亡就是開槍自殺，GIN身中多槍而亡。Vermouth則是自殺而死。在她開槍的那刻柯南看到她竟然笑了，也許死亡對她來說算是解脫了。
“再見了，墜入黑暗地獄的天使。”看著倒在自己麵前的Vermouth，柯南喃喃自語。突然，頭頂一陣劇痛，一個碩大的拳頭重重的打在柯南的頭頂。“啊...”柯南立刻痛的跳了起來。
“你這個臭小子，怎麼可以做這麼危險的事！你要是出了什麼事我怎麼像你父母交代！”毛利小五郎火大的不行，這小子也太不消停了。
“好了，爸爸，不要這樣嗎。柯南會痛的。”小蘭抱起柯南。原來圍剿結束後目暮警官就通知了小五郎來接柯南。
“不過，服部你怎麼可以和柯南來怎麼危險的地方啊！”小蘭對平次發起脾氣。
“啊...哈哈...對不起嘛。”服部不好意思的擾擾頭。沒辦法，誰讓新一現在是小孩子呢。挨罵的隻能是他了。
一切似乎終於平靜下來了，柯南打算在案子結束結束後找機會把那張刻有APTX-4869資料的磁片複製一份，這樣也許灰原就能做出解藥了。誰曾想，一個星期後竟然接到基德的電話，要他到工藤新一家見麵。不過基德竟然以黑羽快鬥的身份出現在柯南麵前，雖然柯南已經知道了基德的真實身份，不過還是嚇了一跳。
“怎麼這身打扮就來了？”柯南調侃快鬥。
“嗬嗬，我要找的東西已經找到了，已經不在需要基德了。”快鬥變成基德的目的就是追查父親的下落，現在父親已經平安歸來。基德自然沒有了存在的需要。
“那你這次來是要幹什麼？”柯南很奇怪。
“送你個禮物。”快鬥將一張磁片扔給柯南。
“這個是！！！”看著手中的磁片柯南瞳孔放大。
“有些事還是不讓警方知道的比較好，放心，我已經將一張刻有政府要員名單的磁片放到了原來的位置，警方不會懷疑什麼。我想這張磁片對你應該很有幫助吧。”快鬥一臉真誠的笑了。
“你...為什麼要幫我？”看著手中刻有APTX-4869字樣的磁片柯南有些不解。
“這都不明白，你這個大偵探功力是不是退步了。你和我長的一模一樣，要是你變回以前的樣子我們肯定會發生很多有趣的事情，說不定你可愛的女朋友還會把我當成你...”快鬥壞壞的想。
“你這家夥！”柯南徹底無語。這家夥總是這麼不正經。
快鬥送來的這張磁片還真是有用，小哀很快製作出了終極解藥，不過這次她沒有讓柯南先吃，而是自己先服用了。結果很令人欣慰，小哀在服用一個月後沒有出現任何副作用。於是柯南也準備服用解藥。
在服用解藥前要做很多準備工作，首先新一媽媽便裝成江戶川文代帶走柯南，說要帶柯南去國外定居。小蘭很舍不得柯南，不過沒辦法。在離開毛利偵探事務所的時候柯南神秘的對小蘭說，“小蘭姐姐，新一哥哥很快就會回來了哦。”
“是嗎。柯南，以後要好好照顧自己哦。”看著柯南可愛的臉龐，小蘭心中充滿了不舍。
“嗯，再見了，小蘭姐姐、”柯南乘坐的車子開離了毛利偵探事務所，小蘭的身影越來越遠了。這是最後一次叫她小蘭姐姐了吧。
少年偵探隊的成員在經曆小哀突然轉學後又要麵對柯南的離開，大家都很受打擊，特別是步美。不過大家相信，隻要有緣大家就還會見麵的。是朋友，不論身在何處心都會在一起。
兩個月後，在確認解藥已經徹底發揮效力，並且沒有任何副作用之後，工藤新一終於出現。小哀接受了FBI的證人保護計劃，改名宮原誌美以阿笠博士養女的身份出現在大家麵前。阿笠博士幫她轉學到帝丹高中和新一小蘭成了同班同學。小蘭總覺得在哪裏見過誌美，不過，根據誌美新的資料，她一直生活在國外，父母是阿笠博士的好友，因為父母意外身亡，被阿笠博士收為養女。
一切的一切終於歸於平靜，一年後，新一，小蘭，平次，還有快鬥考上同一所大學，誌美，和葉還有青子考上同一所學校。小泉紅子則是放棄大考，環球旅行去了。新的生活開始了！
周末，東京大學男生宿舍。新一，平次，快鬥還有同宿舍的藍賀千裏睡的正香。一陣手機鈴聲突然響起，新一迷迷糊糊的接起手機，“哪位？”
“新一，你們在搞什麼！！！不是說好今天一起去和葉她們的學校嗎！！”手機中傳出小蘭的咆哮。
“啊！！！”新一被震醒。
“搞什麼！工藤！”其他三人被新一的哀呼吵醒。
“對不起，小蘭，我們昨天晚上一起討論最近大阪發生的一個案件所以睡晚了。”新一在這頭跟小蘭道歉。
“不要找借口，你們快點，去晚了和葉她們生氣了我可不管！”說完，小蘭就掛掉了電話。
“真是麻煩。”沒辦法，新一叫起大家趕緊洗漱。這幾個女人要是生氣了可不是鬧著玩的。
小蘭一個人在校門口等新一他們，大考過後，園子出國留學，比較貼心的朋友隻剩和葉，盡管和誌美的關係也很好，不過誌美總是給人一種淡淡的表情，看不出什麼喜好，小蘭覺得誌美跟以前阿笠博士家的小哀好像。說起來小哀在柯南出國定居前就轉學走了。想起柯南，小蘭心中有點酸酸的，也不知道他怎麼樣了。離開後似乎就沒怎麼聯係過了。那小子一定長高了，變帥了吧。“HELLO！小蘭，早啊！”快鬥笑著跟小蘭打招呼。
“已經不早了吧！”小蘭黑著臉看四人。
“呃...”四個人知道自己理虧，都不爭辯。
“我說...可以走了吧。”藍賀千裏插話。
“是啊是啊，快走吧，我還想早點看到我可愛的青子。服部也很想和葉了吧。”快鬥壞笑著看平次。
“我哪有想那個笨蛋了！”平次紅著臉衝快鬥大喊。
“喂，服部，你的臉那麼黑還能看出來臉紅了，不容易啊！說起來工藤，這裏就你最幸福，每天都可以看到心愛的女朋友。”快鬥調侃新一。
“什麼啊！！！誰是他女朋友！”
“什麼啊！！！誰是她男朋友！”新一和小蘭同時發飆。
“喂，你們兩個...”眾人無語，都是公開的現實了，他們兩個有什麼不好意思的。
“別鬧了，大家走吧。”藍賀千裏招呼眾人上車。藍賀千裏在昨天晚上就打電話讓司機一大早在學校門口待命。藍賀家是和鈴木家財力相當的大家族，兩家關係很不錯，千裏和園子一樣，沒什麼大家族的架子。又碰巧和新一他們在一個宿舍，大家很快成了朋友。上車後千裏就當起了司機，讓自家司機自己打車回去。國立大學門口，和葉，青子和誌美早已等候多時了。和葉和青子都很想快點看到自己的心上人，倒是誌美一臉平淡的靠在牆上。
“我說，你們。”誌美開口。
“嗯？”和葉和青子轉身，“怎麼了，誌美。”
“你們是不是有點太明顯了。”誌美抬起頭。
“明顯？”和葉和青子不解。
“你們想見他們的心情表現的太明顯了。”誌美直接點破。
“這個...”和葉和青子的臉刷的一下全紅了。
“我說，那兩個人說過他們喜歡你們的話嗎？”誌美問。
“呃...好像沒有。”平次和快鬥好像沒有表白過。
“那你們喜歡他們嗎？”誌美接著問。
“我們...”和葉和青子不知道該怎麼回答。
“所以說，大家還是停留在青梅竹馬的那個階段。因為是青梅竹馬，關係一直很好，自然而然的被認為是情侶關係，不過，本人卻從未表白過什麼。你們有沒有想過，有時候愛一個人是需要表達出來的。你們一直這樣下去關係會有進展嗎？”誌美的話中有些淡淡的哀傷。
“這個...”和葉和青子似乎沒有想的那麼多。
“所以說，你們想不想知道那兩個男生對你們的感情？”誌美壞壞的笑了笑。
“啊...”和葉和青子似乎看到平次和快鬥被誌美整的畫麵。誌美會有這樣的表情就表示她會有所行動。
經過半小時的車程，新一一行人終於到達國立大學的門口。和葉三人仍在原地等他們。
“小蘭...”
“和葉...”一下車小蘭就與和葉來了個大大的擁抱。
“HI...青子，有沒有想我啊。”快鬥跑到青子麵前眨著眼睛問青子。
“我...是啊是啊，想死你了。”青子一臉無所謂的說。青子本來想像以前一樣反駁快鬥，可是想起之前誌美為她和和葉設定的計劃，青子決定這次聽誌美的了。
“啊...青子，你怎麼了。”快鬥感到青子今天很反常。
“沒有啊，我很好啊。”青子故意裝傻。快鬥則被青子弄的莫名其妙不知所措。
“最近好嗎？”新一跟誌美打招呼。
“嗯，挺不錯的。過了兩年沒有組織追殺的日子已經上天的恩賜了。”誌美還是一種淡淡的語氣。
“以後也不會有組織的追殺了。你是不是有些太警覺了”
“或許吧，可能是我不適合過這樣平靜的日子吧。也許是我沒那份福氣呢。”誌美淡淡的自嘲。
喂喂...這女人。新一無語。
“那個，和葉，青子，我們帶小蘭去參觀校園吧。你們幾位男生就自己逛吧。”不理會幾個男生的驚訝表情，誌美拉起幾個女孩走進校園。
“這算什麼？？”國立大學校園內的花園中，四個女孩正興致勃勃的賞花。
“哇，你們學校的花園真漂亮，好大的紫藤花啊。”小蘭被一顆紫藤花樹所吸引。“不過，我們這樣撇下他們四個好嗎？和葉，青子你們不想平次跟快鬥嗎？”小蘭對和葉她們的反常舉動也很疑惑。
“我們...”
“喂...”誌美打斷她們的話，“我們還是去宿舍吧，小蘭，去我們的宿舍參觀一下吧。那幾位應該不會跟到女生宿舍去的。”從餘光中誌美已經注意到新一他們一直在後麵跟著她們。
“可惡，灰原這家夥！”看著三個女孩被誌美帶走，新一氣的不行。這家夥今天是怎麼了？
“喂，工藤，我怎麼覺得她們幾個有些不對勁啊。”平次劍眉緊皺。
“傻子都看出她們不對勁了。”快鬥調侃平次。
“現在是什麼情況啊。”跟來湊熱鬧的藍賀千裏被他們幾個都要搞蒙了。
“我哪知道！”新一，平次和快鬥同時說到。他們三個今天算是栽在那幾個女人手裏了。
誌美等人的宿舍中，小蘭好奇的看著各種東西。
“哇，好羨慕你們可以住宿舍啊。”小蘭家離學校很近，再說毛利小五郎和妃英裏現在正是複合的關鍵時刻，所以小蘭一直住在家裏。
“我們還羨慕你可以住在家裏呢。”和葉說。
“你們還真幸運啊，四個人的宿舍三個人住。”和葉的宿舍有一個床位一直空著。
“是啊，真是幸運呢。正好空著一個床位。”誌美遞給小蘭一瓶飲料。
“誌美，今天本來要介紹一個朋友給你認識的，是新一他們宿舍的，叫藍賀千裏，人很好哦。”小蘭笑著說。
“是嗎？你們不是想單純介紹他給我認識的吧。”誌美斜著眼看小蘭。
“這個這個...嗬嗬...”小蘭有些尷尬。
“對了，小蘭，誌美幫我們製定一套計劃哦。”青子眨著眼睛對小蘭說。“計劃？”
“嗯，就是...”青子把誌美的計劃跟小蘭說了一遍。
“哦，我懂了，所以你們今天才會那樣對他們幾個的吧。”聽完青子所說的計劃小蘭明白了她們幾個今天的反常舉動。
“是啊，太順其自然的感情未必會有好結果哦。怎麼樣，小蘭，要一起加入嗎？”誌美問。
“這個...”
“工藤對你的感情我們都知道，可是必要是時候也要他們吃點苦頭啊。要是他肯主動一點，姐姐就不會有那樣的遺憾了...”後麵的話誌美說的很輕，隻有她知道自己說了什麼。
“誌美，你在說什麼啊？什麼遺憾啊？”小蘭幾個人沒聽清誌美的話。
“哦，沒事。小蘭，回去以後不可以告訴服部跟黑羽實情哦。”誌美轉開話題。
“放心，我不會出賣你們的。對了，明天我們一起去公園吧。”小蘭提議。
“好啊。”和葉青子欣然答應。
“那個，你們去吧。我明天有事。記得不可以跟那幾個男生去。就算不實行計劃你們也該有自己的生活圈啊。”誌美說到。
“誌美，你有什麼事嗎？”青子問。
“沒什麼。去看幾個老朋友。”說道“老朋友”誌美笑了。
“嗯？？”
和葉幾人一直陪小蘭逛到傍晚才打電話給新一他們來接小蘭。把他們幾個送到校門口，和葉和青子也沒怎麼跟平次和快鬥說幾句話。看著他們的車漸行漸遠。和葉和青子都有點失落。