殷仲堪聞恭已舉兵，也即勒兵出發，但平時素無將略，所有軍事，盡委南郡相楊佺期兄弟，使佺期率舟師五千，充作前鋒。桓玄繼進，自督兵二萬為後應。佺期到了湓口，王愉尚全然無備，惶遽奔臨川。桓玄遣偏將追愉，愉不及逃避，竟被擒去。建康聞報，很是震動，內外戒嚴，當即加會稽王道子黃鉞，命元顯為征討都督，遣衛將軍王珣，右將軍謝琰，率兵討王恭。譙王尚之率兵討庾楷。楷方出兵至牛渚，突遇尚之統眾殺來，一時驚惶失措，立致潰散，楷單騎奔投桓玄。會稽王道子，遂授尚之為豫州刺史。尚之有弟三人，除上文所敘的休之外，尚有恢之允之，此時均授要職。休之為襄城太守，恢之為驃騎司馬丹陽尹，允之為吳國內史，各擁兵馬，為道子聲援。不意桓玄乘銳殺入，所向無前，連破江東各戍，由白石直進橫江。尚之驅軍與戰，竟為所敗，倉皇遁走。恢之所領各舟軍，又被玄搗破，悉數覆沒，於是都城大震。道子自屯中堂，令王珣守北郊，謝琰屯宣陽門，嚴兵守備。元顯獨出守石頭城，英氣直達，毫不畏縮。當時會稽府中，多半諛媚元顯，說他聰明英毅，有明帝風。他亦自命不凡，居然以安危為己任，因見敵勢甚銳，遂多方探刺敵情，果被察出破綻，想就一條反間計來。
自王恭不用劉牢之言，貿然出兵，牢之雖尚隨著，卻不願為恭效死。恭又淡漠相待，越使牢之灰心。正在懊悵的時候，忽有廬江太守高素，借入報軍機為名，得與牢之密語，啗以厚利，大略勸牢之背恭，事成後即將恭位轉授。牢之自然心動，躊躇不答。素見牢之情狀，樂得和盤托出，便從懷中取出一書，交與牢之，作為憑信。牢之啟視，乃是會稽王道子署名，書中所說，也與素言相符，這封書是元顯手筆，托名乃父，牢之未嚐不知，但已聞元顯握有全權，足為道子代表，便深信不疑，因即遣素返報，願如所約。一麵語子敬宣道：“王恭曾受先帝大恩，今為帝舅，不能翼戴王室，反屢發兵寇逼京師，我想恭蓄誌不軌，事果得捷，尚肯為天子相王所製麼？我今欲奉國威靈，助順討逆，汝以為可行否？”敬宣答道：“朝廷近政，雖不能媲美成康，究竟沒有幽厲的殘暴，恭乃自恃兵威，陵蔑王室，大人與恭，親非骨肉，義非君臣，不過共事有年，略聯情好，但彼既營私負國，大人原不宜黨逆叛君，今欲助順討逆，理應如此，何必多疑。”敬宣此言，原是正論。牢之乃與敬宣密謀，將乘間圖恭。
恭參軍何澹之，素與牢之不協，至是偵知機密，急入白恭。恭尚疑澹之挾嫌進讒，不肯遽信，且特置盛宴，邀請牢之，就在席間拜他為兄，所有精兵堅甲，悉歸牢之統領，使率帳下督顏延為先鋒，進攻建康。一誤再誤，且送死一個顏廷。牢之謝過了宴，立即登程。行至竹裏，即將顏延一刀兩段，送首入石頭城。並遣子敬宣，及女婿東莞太守高雅之，還軍襲恭。恭方出城閱兵，擬為牢之後繼，不防敬宣麾騎突至，縱橫馳驟，亂殺亂剁，霎時間將恭兵驅散。恭匹馬回城，城門已閉，城上立著一員大將，便是東莞太守高雅之。他已混入城中，據城拒恭。恭知不可入，忙縱馬奔往曲阿。他平時本不善騎，急跑了數十裏，髀肉潰裂，流血涔涔，不得已下馬覓舟。適有曲阿人殷確，為恭故吏，乃用舟載恭，送往桓玄軍營；行至長塘湖，偏被邏吏截住，將恭擒送建康。恭至此還有什麼希望，眼見是引首就刑。唯臨死時，尚自理發鬢，顏色自若，顧語刑吏道：“我誤信匪人，致遭此禍，但原我本心，豈真不忠？使百世以下，知有王恭，我死已值得了。”以此為忠，何人不忠？恭既受誅，所有子弟黨與，當然駢戮無遺。晉廷遂命劉牢之為輔國將軍，都督兗青冀幽並徐揚各州軍事，代恭鎮守京口。
俄而楊佺期桓玄至石頭，殷仲堪至蕪湖，俱上表為恭伸冤，請誅劉牢之。元顯見他勢盛，卻也生畏，遂悄悄的馳還京師，令丹陽尹王愷等發京邑士民數萬人，共往石頭。佺期與玄，方在石頭城下，耀武揚威，猖獗得很。忽見建康兵士，如蜂擁，如蟻攢，漫山遍野，踴躍前來。兩人不禁失色，當即麾軍倒退，回屯蔡州。唯仲堪尚在蕪湖，擁眾數萬，氣焰未消。晉廷不知虛實，尚以為憂。左衛將軍桓修，入白道子道：“西軍情實，修已了如指掌了，彼糾眾為逆，殷桓以下，單靠王恭，恭既破滅，西軍氣沮，今若以重利啗玄，並及佺期，二人必然心喜，桓玄已足製仲堪，再加一佺期，便可使倒戈取仲堪了。”道子乃令玄為江州刺史，召還雍州刺史郗恢，使為中書，即命佺期代刺雍州，並都督梁雍秦三州軍事。任修為荊州刺史，權領左衛文武，即日赴鎮。遣劉牢之帶領千人，護修前行。黜仲堪為廣州刺史，使仲堪叔父太常殷茂，齎詔敕仲堪回軍。
仲堪接詔，憤怒的了不得，便一再遣使，催促桓玄佺期進軍。玄等得著朝命，頗為所動，猶豫未決。仲堪防他生貳，急從蕪湖南歸，又著人傳諭蔡州軍士道：“汝輩若不早散歸，我至江陵，當盡誅汝等家屬了。”蔡州軍士，聽到此言，當然恟懼。佺期部將劉係，潛率二千人先歸，一軍已去，餘眾皆動。玄與佺期，不能禁遏，也隻好隨眾西還。眾懼家屬被誅，倍道還趨，行至尋陽，得與仲堪相值。仲堪已經失職，不能不倚玄等為援，玄等見仲堪眾盛，一時也不便相離，雖是兩下猜嫌，表麵上隻好聯絡，所以彼此敘麵，各無異言，且比前日較為親昵，你指天，我誓日，儼然有瀝肝披膽的情形，甚至各出子弟，互相抵質，就在尋陽築台，歃血為盟，仍皆不受朝命，並連名上疏，提出三大條件：一是請申理王恭；二是求誅劉牢之，及譙王尚之；三是訴仲堪無罪，不應獨被降黜。明明興兵犯闕，如何說得無罪？不過玄與佺期同罪異罰，仲堪應也呼冤。這篇奏牘呈將進去，又令道子以下，無法抗辯，莫展一籌，統是酒囊飯袋。結果是召還桓修，仍將荊州給與仲堪，還要優詔慰諭，明示和解。成何體統！禦史中丞江績，且劾桓修專為身計，貽誤朝廷，於是修被褫官爵，放歸田裏。冤哉枉也！