劉毅等聞乘輿反正，總道江陵已平，不必速進，且連日為逆風所阻，未便行舟，所以沿途逗留。哪知死灰複燃，餘孽再熾。玄從子桓振，自華容浦糾眾出來，掩襲江陵城。桓謙本避匿沮中，也聚黨應振，眾又逾千。江陵空虛，隻有王康產王騰之守著，驀被桓振等陷入，慌忙抵敵，已是不及，兩人相繼戰死。桓振躍馬操戈，直入行宮，向安帝追索桓昇，張目奮須道：“臣門戶何負國家，乃屠滅至此？”安帝麵如土色，連一句話都說不出來。還是琅琊王德文，從旁代答道：“這豈我兄弟本意麼！”語亦可憐。振尚不肯斂手，奮戈指帝。可巧桓謙馳入，斥振無禮，苦加禁阻。振乃斂容下馬，再拜而出。越宿為玄發喪，偽諡武悼皇帝。又過一宵，桓謙等率領群臣，奉還璽綬，且上言道：“主上法堯禪舜，德媲唐虞，今楚祚不終，民心仍還向晉室，謹將璽綬奉繳，借副眾望。”琅琊王德文，接了璽綬，交與安帝，又不得不婉言羈縻，令他退候詔旨，謙等奉命退出。未幾，即有詔命頒發，授德文為徐州刺史，桓振為荊州刺史，都督八郡軍事，桓謙複為侍中衛將軍，加江豫二州刺史。於是桓氏又得專政，侍禦左右，皆振爪牙。振少時無賴，為玄所嫉，至是振歎息道：“我叔父不早用我，遂致敗亡；若使叔父尚在，我為前鋒，天下已早定了。今局居此地，果將何歸？看來是不能久持呢。”頗有自知之明。謙勸振引兵東下，自守江陵。振方縱情酒色，肆行殺戮，欲安享幾日的威福，怎肯再行赴敵？謙隻得招募徒眾，出堵馬頭，使桓蔚往戍龍泉。
劉毅何無忌劉道規等，接得江陵警耗，方鼓行西進，擊破桓謙，又分兵再破桓蔚，兵勢大振。無忌欲乘勝直趨江陵，道規諫阻道：“兵法屈伸有時，不可輕進。諸桓世居西楚，群小皆為竭力，振又勇冠三軍，難與交鋒，今且息兵養銳，佯為示弱，待他驕怠，不患不勝。”無忌不從，引軍直進。桓振果傾眾出戰。馮該卞範之等，又先後趨集，與無忌交戰靈溪。無忌抵擋不住，前隊多死，沒奈何退保尋陽，與劉毅等上箋請罪。劉裕仍命毅節度諸軍，唯奪去青州刺史官職。毅整署兵甲，修繕船械，再圖西進。劉敬宣豫儲糧食，撥給各軍，所以無忌等雖然敗退，不致大挫。休養數日，複從尋陽出發，前往複口。桓振遣馮該守東岸，孟山圖據魯山城，桓仙客守偃月壘。共計萬人，水陸互援。劉毅攻孟山圖，道規攻偃月壘，無忌遏住中流，抵禦馮該，自辰至午，晉軍大勝，擒住山圖仙客，獨馮該走往石城。毅等進拔巴陵，軍令嚴整，不準侵掠，百姓安堵如常。
劉裕複命毅為兗州刺史，規複江陵。時益州刺史毛璩，從白帝城引兵出發，襲破漢中，得誅桓希。桓氏勢力日蹙，唯荊襄尚為所據。桓振令桓蔚駐守襄陽，勉強過了殘年。一交正月，南陽太守魯宗之，起兵討逆，掩入襄陽城。桓蔚走還江陵，劉毅並集各軍，再攻馬頭。桓振挾安帝出屯江津，遣使求割江荊二州，然後送還天子。劉毅不許。振正欲拒戰，不防魯宗之殺入柞溪，擊破振將桓楷，進駐紀南。振不得不還防宗之，留桓謙馮該卞範之守住江陵，監視安帝兄弟。謙令馮該堵截豫章口，為劉毅等所擊敗，再奔石城。毅等直至江陵城下，縱火焚門，謙等棄城西遁。唯卞範之遲走一步，被晉軍攔住，拿下處斬。隨即撲滅餘火，麾軍入城。卞範之到此才死，總算桓氏的異姓忠臣。桓振到了紀南，殺退魯宗之軍，返救江陵，途中望見火起，料知城已被陷，部眾潰散，振無路可歸，逃往溳川。安帝再得正位，改元義熙，複下赦詔，唯桓氏仍不得赦。前豐城公桓衝，有功王室，特赦免衝孫胤一人，徙居新安。進劉毅為冠軍將軍，所有行宮政令，悉歸毅主持。授魯宗之為雍州刺史，毛璩為征西將軍，都督益梁秦涼寧五州軍事。璩弟瑾為梁秦二州刺史，瑗為寧州刺史，遣建威將軍劉懷肅，追剿桓氏餘黨，陣斬馮該。桓謙桓蔚桓楷何澹之等，都西奔後秦。
會建康留台，備齊法駕，來迎安帝。何無忌奉帝東還，留劉毅劉道規居守夏口，江陵歸荊州刺史司馬休之入守，不意桓振再收遺眾，又從溳川進襲江陵。司馬休之未曾預備，倉皇出敵，吃了一個敗仗，奔往襄陽。振再入江陵，自稱荊州刺史。建威將軍劉懷肅，急引軍救江陵城，劉毅又遣廣武將軍唐興為助，夾攻桓振。振出戰沙橋，還靠著一把大刀，盤旋飛舞，亂劈晉軍。懷肅素知桓振厲害，早備著強弓硬箭，與他對敵，兵刃初交，便令軍士彎弓迭射，箭如驟雨一般。振眾死了一半，逃去一半，那時振亦沒法支持，拍馬欲逃，偏偏馬已中箭，掀倒地上，振亦墜馬。懷肅急搶前一步，手起刀落，把振剁作兩段。桓氏後起悍將，至此才盡。江陵城當然奪還。