卻說徐總統迭接呈文，也知輿情憤激，罪有攸歸，但曹宅被毀，章氏受傷，似覺學生所為，未免過甚，一時不便為左右袒，獨想出一條絕妙的通令來，便即頒發出去。令雲：
北京大學等校學生，糾眾集會，縱火傷人一事，方事之始，曾傳令京師警察廳調派警隊，妥為防護，乃未能即時製止，以致釀成縱火傷人情事。迨經警察總監吳炳湘，親往指揮，始行逮捕解散。該總監事前調度失宜，殊屬疏誤，所派出之警察人員，防範無方，有負職守，著即由該總監查取職名，呈候懲戒。首都重地，中外具瞻，秩序安寧，至關重要。該總監職責所在，務當督率所屬，切實防弭，以保公安。倘再有借名糾眾，擾亂秩序，不服彈壓者，著即依法逮捕懲辦，勿稍疏弛！此令。
這道命令，既不為曹、章伸冤，又不向學生加責，反把那警察總監吳炳湘，訓斥數語，更要懲戒幾個警察人員。徐總統實是使乖，故意下此命令，諉過到警察身上，免得雙方更增惡感。哪知吳炳湘不肯任咎，又將學生如何滋擾，不服警察攔阻，明明是咎在學生，不在警察，申請內務部轉達總統，嚴辦學生雲雲。再經曹、章等一班好友，也替曹、章瀝陳冤情，請政府依法懲辦學生，逼得徐總統無乖可使，隻得再下一令道：
據內務總長錢能訓，轉據京師警察廳總監吳炳湘呈稱：“本月四日，有北京大學等十三校學生，約三千餘名，手持白旗，陸續到天安門前齊集，議定列隊遊行，先至東交民巷西口，經使館巡捕攔阻，遂至交通總長曹汝霖住宅，持磚擲瓦，執木毆人。兵警攔阻，均置不理。嗣將臨街後窗擊破，蜂擁而入，砸毀什物，燃燒房屋，駐日公使章宗祥，被其攢毆，傷勢甚重；並毆擊保安隊兵，亦受有重傷。經當場拿獲滋事學生多名，由廳豫審，送交法庭訊辦”等語。學校之設，所以培養人才，為國家異日之用。在校各生，方在青年，質性未定，自當專心學業，豈宜幹涉政治，擾及公安？所有當場逮捕滋事之學生，即由該廳送交法庭，依法辦理。至京師為首善之區，各校學風，亟應力求整飭，著該部查明此次滋事確情，呈候核辦。並隨時認真督察，切實牖導，務使各率訓誡，勉為成才，毋負國家作育英髦之意！此令。
為這一令，又惹起學界風潮，不肯就此罷休。先是北京大學校長蔡元培，自往警察廳中，保釋學生。總監吳炳湘出見，卻是婉言相告：“決不虐待學生，俟章公使病有起色，便當釋出，盡請放心”雲雲。蔡校長因即辭歸，慰諭學生，寬心待著。及炳湘受責，情有未甘，乃不得不加罪學生，為自己卸責地步。既而通令頒下，著將逮捕學生，送交法庭懲辦。北京大學諸學生，當然要求蔡校長，再向警察廳交涉。蔡校長又親赴警察廳，往複數次，俱由吳總監擋駕。於是蔡校長亦發起憤來，即提出辭職書，離校出京。教育總長傅增湘，亦因職任關係，呈請辭職。曹汝霖得知消息，還道是傅、蔡兩人袒護學生，也憤然提出辭呈，自願去職。彙業銀行經理陸宗輿，時正受任幣製局總裁，與曹、章等通同一氣，學生概目為賣國賊，所以彼亦連帶辭職。各呈文俱遞入總統府，徐總統不得不著人慰留。曹汝霖尚一再做作，欲提出二次辭呈，就是章宗祥傷勢略痊，也願辭歸。甚至錢內閣俱被動搖，相繼提出總辭職呈文。徐總統倒也失驚，盡把呈文卻還，教他勉持大局。國務員始全體留住，姑作緩圖。且住且住，莫使權位失去。
當時交通次長曾毓雋等，本屬段派範圍，與曹、章共同攜手，一聞學生鬧事，即與陸宗輿聯名，電邀徐樹錚入京，商量嚴懲的方法。小徐應召入都，察看政府及各方麵形勢，多半主張緩辦，並親見章氏傷勢，已經漸痊，所以不願出頭，免拂輿情。內閣總理錢能訓，恐得罪段氏，獨去拜訪段祺瑞，請他出來組閣，段亦當麵謝絕。他見徐東海主張和平，樂得讓他去演做一台，看他能否達到目的，再作計較，因此置身局外，做一個冷眼旁觀罷了。卻是聰明。
五月七日，為民國四年日本強索二十一款的紀念日，國民或稱五九紀念，便是此事。五七係日使遞交最後通牒之日，五九乃袁政府簽字之期。海內誌士，吞聲飲恨，此次青島問題，又將被日人占據過去，再經北京學界風潮，相激相蕩，傳達各省，各省國民，越加動憤，或開大會，或布傳單，口講筆書，無非說是外交失敗情形，應該由國民一致奮興，爭回青島。就中要算上海灘上，尤為熱鬧，各團體各學校各商幫，借上海縣西門外公共體育場，作為會址，特開國民大會。下午一時，但見赴會諸人，奔集如，會場可容萬人，還是不夠站立。場外南至斜橋，北至西門肇周路民國路，統皆摩肩擊轂，擁擠不堪。當場人數，約有二萬以上，學生最多，次為各團體，次為各商幫。會中幹事員，各手執白布旗一麵，上書大字，字跡不同，意皆痛切。大約以“爭還青島”“挽回國權”“國民自決”“討賣國賊”“誓死力爭”諸語為最多。江蘇省立第二師範學校本科學生錢翰柱，年甫十九，也仿北京學生謝紹敏成例，截破右手兩指，瀝血成書，就布旗上寫明“還我青島”四字，揭示會場。又有某校學生近百人，自成一隊，人各一旗，旗上寫著，統用成語，如：“時日曷喪”及“國人皆曰可殺”等類。又有一人，胸前懸一白布，自頸至踵，大書“我是中國人”五字，手中高持國恥一冊，種種形色，不能盡舉。可惜中國人專務外觀。開會時，眾推江蘇教育會副會長黃炎培為主席，登台演說，最緊要的數語，乃是：