我國新生代地層中尚有骨鰾目鯉科化石多種，其中最多的是魚，以產於山東臨朐山旺中新世地層中的最豐富，有臨朐、司氏等。另在周口店第十四地點，亦產豐富的魚化石群，當地恰在古河道的轉彎處，一旦發生漩渦，大量魚群埋葬於此，在1平方米的岩層上，可見數十條完整的化石相互擠壓在一起，包括雲南（現在尚生活於雲南）、短頭、四川（現在尚生活在四川）、刺等多種，時代屬上新世。目前的魚生活於長江流域，可見上新世早期的北京氣候與現在的長江流域相似，甚至是亞熱帶氣候區。
肉鰭魚類
肉鰭魚類是硬骨魚綱的一個重要類群（亞綱），包括總鰭魚類和肺魚類。由於具有被覆鱗片的肉質葉狀偶鰭等性狀而有別於硬骨魚類的主要類群——輻鰭魚類（亞綱）。由於曾認為肉鰭魚類具內鼻孔，又稱之為內鼻魚類或葉鰭魚類。化石記錄出現於泥盆紀早期（距今約39億年）。
早期肉鰭魚類一般具有兩個背鰭，體被菱形鱗片，尾鰭歪型，偶鰭、背鰭及臀鰭具有發育的肉質鰭基和其中的內骨骼支持。許多種類的鱗片及膜骨表麵有光亮的整列層，這種整列層由齒質層、釉質層及其中的孔—管係統組成，孔—管係統以小口開口於釉質層表麵，可能與側線感覺功能有關。顱頂骨片表麵的整列層有時連成一片，覆蓋住骨片間的縫隙。
總鰭魚和肺魚的顯著區別在於腦顱形式及牙齒結構，總鰭魚類腦顱被顱中關節分為前後兩部，口緣具有牙齒，肺魚腦顱無顱中關節，齶方骨與腦顱愈合，頜部與腦顱的關係為自接型；齶部及下頜舌側有齒板，口緣側無牙齒，可能與輾壓具硬殼食物的適應有關。
肉鰭魚類中不同類群的相互關係尚有爭議，不同類群的分類級別（如綱、超目、目等）亦視不同學者的處理方法而異。目前多認為肉鰭魚類中的總鰭魚和肺魚是硬骨魚綱中的兩個獨立亞綱。不同學者將四足動物起源問題或與總鰭魚類或與肺魚聯係起來，因此，對於肉鰭魚類中化石與現生代表的研究是古生物學和進化生物學中頗引人關注的研究領域之一。
本類魚主要見於泥盆紀，此後很少見，延續至今者更少，因而成了著名的活化石。
肉鰭魚類基本上分為肺魚目和總鰭目兩大類。
肺魚目，現生的肺魚僅分布在南美洲、非洲和澳大利亞昆士蘭的淡水水域中。它們能在酷熱幹旱的季節鑽進汙泥內靠肺呼吸而生存，鰓就暫時不起作用了；遇水時，則遊泳自如，頗有“兩棲”的特點。
如果將上述三地所產的肺魚外形與化石肺魚進行比較，則澳洲肺魚更接近於化石類型，它的體型比較粗壯，鱗片亦較大，被視為古代肺魚的後裔。
化石肺魚最早出現於早泥盆世，並在二疊紀時繁榮起來，到三疊紀時，種類與數量大減，今天殘留下來的就當做活化石了。
最著名的化石肺魚當推雙翼魚，其主要特征在於偶鰭基部的內骨骼具羽狀排列，它的牙齒呈齒板狀，產於蘇格蘭的中泥盆世地層中。我國的肺魚化石最早發現於20世紀50年代，在南京龍潭晚泥盆世的“五通組”上部地層中，化石僅見若幹鱗片，與前述的中華魚伴生在一起。
中生代的肺魚化石往往僅見其齒板化石，稱為角齒魚化石，如在四川廣元晚侏羅世地層中找到過的肺魚齒板。後來，又在四川威遠晚三疊世地層內發現同樣的化石，均命名為四川角齒魚。另在陝北的中生代地層內，亦見到過角齒魚化石。
總鰭魚目，現存的總鰭魚類隻有屬於空棘魚的拉蒂邁魚（矛尾魚），僅產於東非科摩羅群島的深水中。1938年發現後，曾轟動一時。這時，人們才知道原來以為早已滅絕了的拉蒂邁魚，並未完全退出生命的大舞台，有少數殘存下來，成了活化石。迄今已先後捕獲200條左右的拉蒂邁魚，非常珍貴。
化石總鰭魚目分為兩大類，除空棘魚外，就是更古老的，產於中泥盆世的骨鱗魚了。此外，被人們認為與兩棲動物進化有關的真掌鰭魚（或稱新翼魚）也屬於骨鱗魚類。
我國的總鰭魚類化石最先於20世紀50年代，由北京地質博物館潘江教授在南京龍潭晚泥盆世“五通組”上部地層中，與肺魚鱗片同時發現的，標本也是幾片鱗片，與中華魚共存在一起。
20世紀80年代初，張彌曼教授等在雲南曲靖早泥盆世地層中，發現了肉鰭魚類的楊氏魚和奇異魚，在國際上引起了一場四足動物起源問題的爭論，即兩棲類是從肺魚演化而來，還是從總鰭魚演化而來？眾學者各執一詞，相持不下。