新馬合並又分離：李光耀之所以選擇新加坡與馬來亞合並，是從國家的前途命運著想的。新加坡地小人少，夾在馬來亞和印度尼西亞兩個大國之間，一有風吹草動，處境極其危險。但是，反政府勢力卻顛倒黑白，認為“馬來西亞”是新殖民主義的陰謀。他們打著反殖民主義的旗號，企圖從根本上擊敗李光耀的內閣。
度過了艱難的1961年，李光耀及其內閣終於迎來了1962年元旦。李光耀在元旦的新年獻詞中，呼籲右翼民族主義者和左翼民族主義者團結起來，同反政府勢力作鬥爭。他高興地說：“盡管人民行動黨在1961年中連連失利，但總的說來還不算壞，政局穩定，經濟發展，這是值得紀念的。特別重要的是，廣大民眾在反政府勢力與民族主義者之間劃清了界限。”李光耀滿懷信心地說：“不管反政府勢力試圖幹什麼，馬來西亞總會獲勝。但是，我們必須準備他們回來再戰另一回合。我們民族主義者，不論左翼或是右翼，必須研究反政府勢力策略的來龍去脈。例如，他們怎樣在原則上支持馬來西亞的團結，而在實踐中卻竭力反對它。因為，正是在實踐中，他們希望分裂民族主義者把我們一口一口地吞下去。”“因此，為了我們自己的生存，讓我們團結起來，不僅是這一次，而且永遠如此。願1962年給馬來西亞帶來更大的團結，因為團結會帶來更大的力量和安全，以保證我們在一個混亂的世界上生存和繁榮。”
新的一年一開始，反政府勢力就想出了新的對策，他們通過國際間的滲透，妄圖利用外國力量，對李光耀施加壓力。當時，新加坡在外交上還未獨立，內閣僅行使內部政府的職責，無法通過外交途徑與外國溝通。然而，倘若國際社會對新加坡的誤會不解除，聽任反政府勢力利用，那將對新加坡的前景造成傷害，新加坡的對外形象也將嚴重受損。
元旦過後，為加速經濟發展，解決失業者的工作安排，李光耀決定另辟工業化新路。他和杜進才帶著一批專家到裕廊工業區現場辦公。聽了專家們的彙報，李光耀決定不搞大而全、樣樣都做的模式，要在加工工業上做文章。李光耀指出：“要做到這一點，首先我們政府要做好服務工作，給投資者以優惠，讓他們賺錢，讓他們感到在新加坡辦廠辦事一切都很方便。”
談著談著，李光耀似乎突然想起一件事，把杜進才拉到一邊說：“家裏的事，你多操點心。我打算到國外去走一走，人家正用國際力量來壓我們哩。”
“是呀，亞非團結組織書記處也對我們說長論短。”
“南斯拉夫一直在批評我們呢。”
“說我們是新殖民主義的代理人。”
“還說馬來西亞合並，不過是英國殖民主義的私生子！”
“把我們說成是傀儡政府。”
兩人越說越氣憤。李光耀似乎是總結性地說道：“林清祥他們這一手很厲害。他們利用外國勢力有兩個動機：一是對我們的合並計劃潑冷水，希望阻止或妨礙它的實現；二是即使他們反對不了，馬來西亞成立了，他們就希望在國際上孤立我們，以取得在開羅、貝爾格萊德或卡薩布蘭卡的國際組織的支持。我感到有必要到國外去做點解釋工作，至少讓人家不要誤解我們。”
“好，你放心去吧，多跑幾個國家，家裏的事，亂不到哪兒，不過是多開幾次會，多磨幾層嘴皮罷了。”杜進才高興地拍了拍李光耀的肩膀。
於是，4～5月，李光耀以快節奏在亞、非、歐一些國家進行了訪問，親自向各國元首解釋了新加坡計劃同馬來亞合並的意義，駁斥了“馬來西亞是新殖民主義”的論調，消除了人們的誤解。
5月1日，李光耀乘一架銀灰色的飛機來到一直批評新加坡的南斯拉夫。南斯拉夫外交部部長特帕瓦茨代表鐵托總統和比耶迪奇總理在貝爾格萊德國際機場迎接。5月2日，鐵托總統同意以半個小時的時間會見李光耀。會見時，李光耀詳細地講清了新馬合並的過程，獲得了鐵托總統的理解。
李光耀的出訪，取得了豐碩的成果。6月3日，李光耀參加國慶慶祝活動，並發表了演講。他強調了華人對新加坡和馬來亞已經做出的貢獻，並且必將對馬來西亞做出貢獻。他也沒有忘記提到印度人。他提醒馬來人，他們必須作為馬來西亞人融合在新的社會中，不要再想把他們自己作為分離的特殊的集團。
7月3日，人民行動黨的一名女議員突然宣布退黨，使人民行動黨政府成為以25個議席對26個議席的少數黨政府。麵對此情，李光耀宣布了政府的意圖：“要執行新馬合並，並使新加坡在馬來西亞的命運得到保證。”
7月26日，被李光耀成功的外事活動逼急了的社陣主席李紹祖勸說17名議員在紐約向聯合國關於殖民主義特別委員會提出他們的控告。李光耀親自出席聯合國會議，為新加坡政府辯解，詳盡地答複了李紹祖的控告。
李光耀以雄辯的事實和論據把李紹祖的控告批駁得體無完膚。李紹祖控告敗訴，聯合國關於殖民主義特別委員會沒有派遣觀察員到新加坡。
從紐約回到新加坡，李光耀立即著手舉行圍繞新馬組成馬來西亞紛爭的公民投票表決，李光耀認為，由人民做出決定，是最有權威的法律。
內政部部長王邦文告訴李光耀說：“最近，反政府勢力活動頻繁，妄圖搞亂7月6日午夜會議上決定了的公民投票法案，並與文萊的阿紮哈裏勾結，伺機發動武裝叛亂。”
聽到這裏，李光耀不禁一驚。他隨即鎮定下來，堅決地說道：“我們要做好準備，萬一發生這一情況，要立即采取果斷措施。這就是人民的意誌，也是法律的尊嚴。”
1962年8月，一位前人民行動黨議員改變政治主張，重新參加人民行動黨，政府再次獲得26個議席。但在月底前，勞工與律政部部長貝恩逝世，使議會議席減少至50個，致使政府與反對派的投票權相等。
1962年9月1日較晚的時候，公民投票的結果出來了，全部投票數的71%以上要求按人民行動黨建議的路線合並，25%投了棄權票。
看到這一投票結果，人民行動黨全體成員懸著的一顆心終於放了下來，李光耀總理則激動得流下了眼淚。3天後，李光耀在新加坡廣播電台上宣告：“關於合並的戰鬥，從一切實際意義上看，已經過去了。人民的意誌，做出了最高的法律決定。現在留待要做的事，是使馬來西亞憲法最後定下來，並簽署正式條約。”
公民投票的勝利，給反政府勢力以沉重的打擊。盡管他們不公開活動了，但人民行動黨的情報顯示，林清祥等人與文萊人民黨頭目謝赫？阿紮哈裏一起，正在密謀策劃武裝叛亂，他們希望馬來西亞計劃在他們的軍事行動和社會混亂中“流產”。
12月8日，文萊人民黨在當地發動叛亂，但這一叛亂很快就被早有準備的政府控製了。李光耀政府以社陣領導人參與文萊叛亂為理由，於1963年2月將林清祥、方水雙等人逮捕起來。
李光耀這一果敢行動給反政府勢力以滅頂打擊。後來，林清祥、方水雙等人都為李光耀的魄力所折服。林清祥、方水雙等人被監禁6年，於1969年7月獲釋。獲釋後，兩人都不再言政。林清祥於1969年7月21日曾分別致函李光耀及當時的社陣主席李紹祖。在給李光耀的信中，林稱：“我已達致最後結論，永遠放棄政治。”在致李紹祖的信中，林稱：“由於不同意黨（指社陣）的政策與路線，我決定從今天起辭掉在黨內的一切職位，並宣布放棄政治。”信中還說，“對國際共產主義運動，我已完全失去信心。”“共產黨所主張的暴力革命在我國是行不通的。”為此，社會主義陣線於1969年7月24日發表聲明，說林清祥“已背叛他過去的政治立場和信仰，背棄了黨、人民及反帝鬥爭的基本利益”，宣布把林清祥開除出黨（社會主義陣線）。也就在同時，林清祥請求會見李光耀，同李光耀會談後，李光耀即送他到英國學習和療養。林清祥旅居英國10年，1980年重返新加坡。據新加坡報紙1986年透露，林清祥已成為當地一名產業經紀人，而方水雙則成了柔佛新山一家機械公司的董事和經理。
1963年元旦，李光耀再度滿麵紅光地發表了新年獻詞，他信心百倍地說：“我們雖然取得了舉世矚目的成就，可是，真正的時代才開始。我們看到祖國的土地上，在民族、經濟、曆史、地理相同的情況下，而政治卻分割為兩方。一條柔佛海峽，把馬來亞隔成了新加坡自治邦和馬來亞聯合邦，而阻礙了建立一個統一、繁榮、進步、民主的馬來亞國，這有待於我們去把這種障礙清除。在未來的一年，在勝利的禮炮中，我們將迎來馬來西亞的誕生，迎來一個嶄新的時代。”
1963年5月24日，李光耀在新加坡全國記者協會發表講話，他高瞻遠矚地說：“馬來西亞必然會成立，然而，作為一個經濟和政治單位，沒有一個人能說，馬來西亞必然會成功。這有賴於我們——馬來西亞的人民和領導人，在實現成功的基本先決條件中如何去做。”李光耀在講話中詳細地列出了要獲得成功必須具備的4個基本條件：
1構成馬來西亞各族的民族團結，完全效忠於選出來的馬來西亞的中央政府。
（2）一個能向馬來西亞全境發布命令的有效而忠實的行政機構。
（3）能使人們樹立信心，在國內實現積累資本的投資，並能吸引國外不附帶政治條件的、用於工業發展的貸款和投資的穩定的政治領導。
（4）維護民主政府的代表製度，在這個製度下，領導應使所有種族及經濟集團的利益十分均衡。
到1963年中，馬來西亞的成立原則上已經達成協議，大多數細節問題也已解決。但是，在財政問題上卻互不相讓，大家相互間討價還價，相互指責，連馬來亞財政部部長陳修信本人也卷了進去。最後，常識和現實主義占了優勢。在李光耀的周旋下，拉赫曼親王同意在倫敦討論這個問題，他們約定在倫敦同英國政府會談，把馬來西亞問題定下來，最後終於達成協議。1963年7月8日，馬來西亞總理拉赫曼和李光耀以及沙巴及沙撈越的代表在馬來西亞的協定上簽了字，文萊沒有參加。
簽字儀式上，李光耀扼要地發表了自己的觀點，他說：“國家依靠的不是法律文件，而是人民的智慧和意誌以及領導的質量。”“我們把信心寄托在這個即將草簽的文件上，生死相連，安危與共。”
7月30日，李光耀總理在新加坡議會上正式提議合並和成立馬來西亞。李光耀在辯論這一問題時發表長篇演說，指出：“這次辯論將結束從1945年開始的一個時代，那時，英國軍隊回到馬來亞，根據英國政府片麵的法令，新加坡從大陸上被劃分出去。”
李光耀的演講打動了全體議員，議員們以異常熱烈的掌聲向李光耀總理表示敬意，並通過了他的提議。
然而，反政府勢力想方設法地破壞馬來西亞的成立。這次，他們又巧妙地變換手法，利用日本人的血債問題，煽動民眾反對現政府。
關於日本人的血債爭論是與中華總商會有聯係的善意的華人發起的，反政府勢力巧妙地利用了這一局勢。
當時，新加坡政府剛與日本政府達成由日本協助新加坡進行工業化改造的協議，這時提出血債問題，很可能影響協議的執行；而如果李光耀對這一問題不管不問，反政府勢力就會借題發揮，觸發民眾的怒火，稍有不慎，新加坡政府很可能被反政府勢力推翻，新、馬合並將成為泡影。
反政府勢力出的這道難題並沒有難住李光耀，經過反複思考，他決定把爭論日本血債問題的指揮權從反政府勢力那裏奪過來。他首先通知討還血債委員會，表示政府決定大力支持這一運動，並責令日本人做出賠償。同時，他決定到廣場上去做群眾的工作，向民眾表達政府的意誌。