一年之後，在大學士朱珪的推薦下，洪亮吉又回到了京城，參與編修《高宗實錄》。這份編書工作看來也頗為不妥。第一卷完工之後，洪亮吉便有了告歸之意。洪亮吉有一顆單純的心，可他的追求，卻不是這樣自私而又單一。讀書是為了什麼？“謝公終一起，相與濟蒼生。”讀書入仕，哪怕坐到了東晉名相謝安那樣的高位，也要為國思危，為民請命。那年的八月二十日，洪亮吉本已向翰林院提交辭呈，回家無非是個時間早晚的問題。論理，他該去整整行裝，辭辭親朋。可他卻做了一件令人意想不到的事——關在家中埋頭碼字，寫好後“一稿多投”，將這篇奏折分別投向成親王永瑆、吏部尚書朱珪、左都禦史劉權之三名朝廷大員的公文交換箱（洪亮吉的品級尚無資格向皇帝直接進諫）。在歸隱之前，他要做最後一搏，他要了卻一樁不吐不快的心願。至於這麼做的最壞結果，他或者已經預料到了。知無不言、無愧於心比什麼都重要。
在聖旨的“關照”下，洪亮吉被投入了刑部大獄。審問不過走個形式而已，當然是“按款指實，逐條登答”，每一條犯罪事實都得落到實處，審問的強度可想而知。對於這個勇批逆鱗的冒失鬼，刑部以“大不敬”罪名判處“斬立決”。洪亮吉真是條好漢，在這個時候還能口占一絕：“丈夫自信頭顱好，須為朝廷吃一刀。”
判決書旋即送呈嘉慶。現在，隻消他輕輕點個頭，洪亮吉很快就會從這個世界上消失。他感到了一絲快意嗎？或許是有的。然而，他卻撤銷了洪亮吉的死刑。“洪亮吉著從寬免死，發往伊犁，交與將軍保寧嚴加管束。”促使嘉慶皇帝這麼做的原因，倒不是因為他對洪亮吉忽然有了種重新審視的憐憫，而是他不想讓此事成為自己的盛德之累。言官死諫，這在朝野肯定會成為爆炸性的頭條新聞，不明是非者會對他大有看法，沒準還會讓洪亮吉撿個英名。然而，就這樣放過了洪亮吉，嘉慶又覺得窩心。在宣判洪亮吉發配伊犁的同時，嘉慶一本正經地聲稱自己絕無“視朝稍晏”的行為，他將這句評語歸結為洪亮吉的“狂謬”，且氣勢洶洶地對洪亮吉進行人身攻擊道：“洪亮吉平日耽酒放縱，放蕩禮法之外，儒風士品掃地無門。”
八月二十七日，洪亮吉開始了他的流放之旅。經過一百六十一天的長途跋涉，在嘉慶五年的二月十日，終於到達戍所。在伊犁，洪亮吉寫了不少詩文，其中，《伊犁日記》與《天山客話》尤為後人稱道。也許隻有在寫詩屬文之際才能忘卻對故鄉親人的入骨思念與深深歉意吧。“故鄉何處是，忘了除非醉！”最怕是醒後的絕望、醒後的悵惘。君恩刻薄，生還故鄉微乎其微。從理論上來說，他的流放之旅是無期徒刑。
然而，人生是由一個又一個意外構成的。既有痛苦的意外，也有驚喜的意外。是上天在暗中相助嗎？嘉慶皇帝開始反思當年對於洪亮吉的處置，重讀洪亮吉言辭激烈的奏折，他不再感到憤怒，而是感到某種難以言說的心虛與悲涼。終於，嘉慶皇帝對洪亮吉的奏折重新評卷說：“朕詳加披閱，實無違礙之句，仍有愛君之誠。唯言視朝稍晏及小人熒惑等句，未免過激。經王大臣訊問，定以重辟，施恩改發伊犁。然自此以後，言事者日漸其少……豈非因洪亮吉獲咎，鉗口結舌，不敢複言，以致朕不聞下過，仍壅為害甚钜。洪亮吉所論，實足啟沃朕心，故置諸座右，時常觀覽。”這是個態度上的大轉彎，嘉慶皇帝宣布了對洪亮吉的恩旨：“洪亮吉釋放回籍……留心查看，不準出境。”