明眼人都知道萬貴妃容不下這個孩子。於是，憲宗的生母周太後說：“你還是把孩子交給我照看吧”。從此，朱祐樘就一直生活在祖母的仁壽宮中。有一天，萬貴妃說讓太子過去吃東西。周太後就對孫兒說：“孫兒你到那裏不要吃東西。”朱祐樘到了萬貴妃那裏，萬貴妃給他食物，朱祐樘就說：“吃飽了”。萬貴妃就說：“那喝點湯吧”。朱祐樘說：“怕有毒。”萬貴妃非常生氣，說：“這小孩子才幾歲，長大了還不吃了我？”一氣竟生起病來。此後萬氏屢進讒言，憲宗擬廢朱祐樘太子之職，司禮監占印太監懷恩苦諫，遭貶到鳳陽守陵。幸好，泰山連續地震。欽天監的人說應在了東宮太子身上。憲宗認為祐樘是天命的合法繼承人，打消了廢儲的念頭。
孝宗較早的合法取得了太子的地位，6歲立為太子，9歲出閣講學。憲宗選聘學識淵博的程華、劉健、程敏政等人為師，皇太子一旦出閣講學，除了大風雨雪以及酷熱與嚴寒，每天必須講讀。講讀的內容是四書即《論語》、、《大學》、《中庸》和《孟子》以及經、史。一般的形式是上午先讀，下午再講。除了讀書還需練字。由專門的侍書來輔導，春、夏、秋三季，每天寫100字，冬天每日寫50字。集天下之英才對皇太子進行教育。孝宗從9歲出閣至18歲即位，接受了9年的正規教育。除了大臣對他的教育外，宮中的太監覃吉對他的影響也很深，老年的覃吉每天給太子口授朱熹的《四書章句》。有一天年幼的朱祐樘從太監那裏得到一本《佛經》正在讀著，覃吉剛好來了。小太子嚇的連聲呼叫著：“老伴來矣”拿起《詩經》裝樣子讀。覃吉跪下問：“太子在讀佛經嗎？”朱祐樘說：“詩經。”覃吉說：“那就對了，佛經荒誕，不可讀，太子通正體，繼統後方能治理天下，造福於民。”小太子對於師傅們頗為尊敬，讀書也十分認真。《明史》記載說：“弘治之世，政治醇美，君德清明，端本正始，吉有力焉。”
正是在宮中、外廷雙重的教育下，年輕的朱祐樘才不至於像後來的明帝王那樣淫佚放縱。據說，喪母時朱祐樘隻有6歲，卻會“哀慕如成人”。幼年喪母對於孝宗影響深遠，孝宗的善良、溫和、寬容，除了儒家的教育之外，還源於少年時弱者的心態。雖宮中傳說母親紀氏是萬貴妃害死的，他繼位後，一位官員上疏要求懲辦已死的萬貴妃及其族人，孝宗則認為這樣做是違背先帝的意願，不願接受。充分體現了他的寬容與豁達。
按照儒家的教育，尤其是明代重視理學的氣氛，皇帝所具備的學識應當集中於對倫理的把握和對曆史的領悟，而不是詩文、書畫、琴瑟之類的小技。從曆史上看，我們卻看到了孝宗酷愛藝術的一麵，《明史－藝文誌》記載，孝宗有《詩集》5卷，隻可惜早已失傳。明末清初一位學者錢謙益編寫的《列朝詩集》明代部分收集了孝宗的一首詩，《靜中吟》
習靜調元養此身，此身無恙即天真。
周家八百延光祚，社稷安危在得人。
詩寫得並不好，語淡且平常，前兩句尚有道家養身術的氣韻，後兩句最合儒家學者“文以載道”的口味。詩是從弘治朝大臣李東陽的《麓堂集》裏抄來的，並連帶著李東陽的讚詞，其中幾句說：“大哉王言，眾理兼有，惟德與功，為三不朽。”三不朽是指立德、立功、立言。孝宗詩中提到“周家八百延光祚”，指周朝八百年統治，所以使錢謙益還想到另外的比附。它想，孝宗不單可以比作漢文帝、宋仁宗還是周成王；“孝宗皇帝，本朝之周成王，漢孝文也”。
孝宗喜於詩歌，對於繪畫、彈琴也很喜愛，清代薑紹書說：孝宗“萬幾之暇，間亦好琴。”但在士大夫們看來，皇帝喜歡樂曲，恐怕將來會陷入貪圖享受的深淵中。因此，一些專門負責督察朝政的官員們紛紛上疏，勸說孝宗不要耽於樂聲，要把更多的精力放在修養身心。孝宗總是表麵上接受，私下裏卻對太監們說：“彈琴何損於政事？勞此輩言之。”他對言官不以為然，但也不以為忤，這正表現了他寬容得一麵。他還盡可能的來避免來自大臣們的批評。他擅長繪畫，有一次，他賜給畫師吳偉幾匹彩緞，害怕大臣們知道沒完的議論，對吳偉說：“你趕快拿走，不要讓那些酸腐的書生們知道。”孝宗之所以受到儒家士大夫們的稱頌，主要是他始終在表麵上給士大夫們充足的情麵。
大凡中國古代的成年皇帝，沒有不淫蕩的，大都三宮六院，嬪妃成群，明代皇帝尤其如此。明末思想家黃宗羲曾載文曰：“離散天下之子女，以奉我一人之淫樂。”以批評專製君主的腐敗、奢靡。
但在明代，孝宗可能是中國皇帝中唯一實行一夫一妻製的帝王。他一生中隻有一個皇後，而且沒有別的嬪妃。皇後張氏河北滄州市北人，按照明代中期以後的製度，皇後一般都出身於平民之家。張氏的父親張巒，原隻是一個秀才，以鄉貢的名義進入國子監，也就是說從地方學校保送到最高學府讀書。張氏自小受過良好的家教。成化二十三年，張氏與身為太子的朱祐樘結婚。同年的九月被正式立為皇後。四年後生下長子朱厚照。孩子一生下來，麵貌非常清秀，“粹質比冰玉，神采煥發”，舉止非常。孝宗對於這個兒子非常疼愛，對於張氏更是寵愛倍至。“時張後愛最篤，同上起居，如民間伉儷然”。皇帝皇後像民間夫婦一樣，每天一同起居，這在封建皇帝的私人生活中是很少見的。