就在這時，卻見肉球竟然嗖的一聲飛在半空中不停地旋轉，看的少典煞是驚奇，接著隻聽波的一聲，那肉球竟然破裂開來，頓時閃出一道土黃色光芒，然後就見有一赤光著上身的孩兒奔出，少典見這孩子生的眉清目秀，神態怡然，清朗謙和，開口就道，"參見父親大人。"，少典甚是喜歡，雙手一伸將嬰兒抱入懷中，這時那層肉球胞衣卻化成一件衣服穿在了嬰兒身上，這孩子一穿上著衣服，頓時就長成了四五歲的光景。
少典喜得貴子很是歡喜，嘴中道，"既然上天安排你出生在軒轅丘，而且我們的部落又名為軒轅，那就叫你軒轅吧，這樣？小軒轅。"他便是雄才大略，將來成為華夏的一統君主的黃帝軒轅，更是要成就人皇之位的軒轅。軒轅思維敏捷，敦厚能幹，聰明堅毅，而且時而顯得異常的神靈，十五歲時已經無所不通了，被群民擁戴當上軒轅部落的首領，屆時蚩尤暴虐無道，兼並諸侯，而自伏羲一支沿襲下來的炎帝部落此時也逐漸走向沒落，放眼天下，也隻有軒轅族有能力和蚩尤一戰，軒轅也就順應民意，征召各路諸侯兵馬討伐蚩尤，這一戰打了一十五旬，也未能打敗蚩尤，軒轅無奈隻好退兵。
蚩尤率領兄弟八十一人，聲稱是上古巫族後裔，因不服人族當興巫族幻滅，特來殲滅人族，掃蕩群雄，這八十一人全都是獸身人麵，銅頭鐵額，不吃五穀，軒轅為此憂心仲仲，日夜盼望能得賢哲輔佐，終於讓他招攬了一幫能人異士，有應龍、倉頡、風後、伶倫、力牧、常先、大鴻 、神皇、 女魃等，其中以風後善謀，以力牧驍勇，於是軒轅以風後為相，力牧為將，又開始了征討蚩尤的大戰。
在涿鹿郊野，兩軍擺開陣勢大戰，蚩尤八十一個兄弟合力布下百裏大霧，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向，又命風伯雨師作法，招來罡風寒雨，將軒轅的軍隊圍困起來，軒轅之軍不得出，一時間死傷無數，正當軒轅一籌莫展之時，天神界受老子之命想助軒轅，但是天神界實在沒有人可派，能派的又大都不給玉帝麵子，西王母無法，隻好派自己的女兒九天玄女下界，九天玄女把一張符交給黃帝說，"太一在前，天一在後。"這張符寬三寸，長一尺，青光晶瑩象玉一樣，用丹血寫的字，軒轅把符佩帶完以後，九天玄女又把三宮五意陰陽之略、太一遁甲六壬步鬥之術、陰符之機以及靈寶五符五勝之文，全都傳給了他，軒轅頓有所悟，便造出了指南車，此後又將陣法傳與風後，風後據之又演化出遁甲之法。
軒轅重整軍威，再來複戰，在涿鹿兩軍又重新開戰，這次蚩尤又找到魑魅魍魍助戰，依然命風伯雨師縱風下雨，軒轅命女魃於東荒止雨，自己駕著指南車率領軍隊衝破重重迷霧，直搗黃龍，接著又用陣法將蚩尤大軍圍困，以其人之道反治其人之身，最後，生擒蚩尤，應天下之召，軒轅斬殺蚩尤，但蚩尤身為巫族後裔，依然擁有強悍的軀體，擁有不死之身，所以軒轅下令將他分屍葬於四處，使之不得完屍，縱然青蓮想袒護蚩尤，但是都怪他太衝動，逆天而行，還草菅人命，無奈也隻好用蚩尤的精血在荒山蠻夷之地為他留下後人。
後來，又有榆岡作亂，軒轅用周鳥鶚、鷹顫為旗幟，以熊黑虎豹為前驅，與榆岡戰於版泉之野，曆經三戰，打敗了榆岡，自此徹底的奠定了他的地位，在他三十七歲時，終於令天下始歸一統，軒轅稱帝，人稱黃帝。他推算曆法，教導百姓播種五穀，興文字，作幹支，製樂器，創醫學。隸首作數，定度量衡之製；風後衍握奇圖，始製陣法；伶倫取幽穀之竹以作簫管，定五音十二律；元妃嫘祖始養蠶以絲製衣服；與岐伯討論病理，作《黃帝內經》；倉頡始製文字，具六書之法；在荊山鑄鼎，分華夏為九州 還有舟車、弓矢、房屋等之發明。
黃帝劃野分疆，八家為一井，三井為一鄰，三鄰為一朋，三朋為一裏，五裏為一邑，十邑為都，十都為一師，十師為州，全國共分九州；設官司職，置左右大監，監於萬國，設三公、三少、四輔、四史、六相、九德共一百二十個官位管理國家。對各級官員提出"六禁重"，即"聲禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重"，要求官員節簡樸素，反對奢靡，提出以德治國，"修德振兵"，以"德"施天下，一道修德，惟仁是行，修德立義，尤其是設立"九德之臣"，教養百姓九行，即擔任法官、後土擔任獄官，對犯罪重者判處流失，罪大罪極者判處斬首等。