阿珂統管著明教的所有事宜，有著在鹿鼎記世界中，她以公主身份從政的一些經驗，也發布了一係列正確的命令。
一方麵是讓周芷若協大勝之威派遣手下將領接管劉福通，郭子興等人手下戰敗的軍隊。
另一方麵，她也在明教當中進行了一係列改革。
明教這個江湖勢力，在如今已經占據了一大片領土成為了一個軍閥領主級勢力的情況下，那些粗糙的架構已經不能完全處理政務。
她便在明教中設立了類似於朝堂的三省六部製的明確官署。
吏部主管由楊逍擔任，主管明教內的各種任命調度，各個部門的升遷都由這位楊左使帶領人員管理。
農部主管由黛綺絲擔任，負責明教的後勤物資籌備，以及統治區域內的稅務收取工作。
兵部主管由殷天正擔任，主要負責整理明教統管轄的各支部隊的軍功核實，按照軍功提拔軍官等各種軍事任命。
刑部主管由謝遜擔任，主要負責違背教規之人的處罰，以及改編明教教規，形成全新法典條文類的明確文案。
禮部主管由五散人當中的鐵冠道人張中擔任，他主要負責明教教義等的宣傳工作，也負責整理改編教義中的一些不合理之處。
同時還為明教反抗元廷暴政提出了正確的口號，以確保每次戰爭都是師出有名，宣傳政治正確。
工部主事主要負責明教中各類器械的製造，大到戰爭器械工程利器的製造，小到治下民眾的農用器械打造。
目前還未有明確的人員指任，阿珂也隻能在治下的省份中選拔合適的官員任命，已經有投誠過來的一些有能力官員在接受考核。
這個部門目前來說是權利最小的，但是在有了明確的任命以後，阿珂也會將前些世界中帶來的一些現今科技傳下，例如土法煉鋼，水力鍛錘等先進技術，總體來說進步空間也不小。
另外韋一笑負責的斥候堂也升格為監察院，除了原本的刺探情報，斥候工作以外，還對明教內部的其他部門有監管作用，是類似於原本明朝中類似錦衣衛的存在。
在一係列的改革以後，明教的辦公效率，處理各類大小事務的速度也是大大提高。
同時阿珂還在明教中成立了全新的教育部，傳下拚音法，簡化一些常用字的書寫，為明教儲備更多的基層辦事官員。
一座座學校在治下的城市中建立，這也為如今的占領區域帶來了不一樣的生機。
同時她還設立了軍機處，將一些在戰爭中獲勝的將領都集中起來，參讚軍務，也發掘出了許多不存在原著中和曆史上的人才。
一切準備妥當後，明教這個原本的江湖教派，一下子成了一個馬力全開的戰爭機器。
厲兵秣馬的同時，元廷調集的軍隊也都一部部的到達，大戰一觸即發。
至正十二年六月，大戰一觸即發，周芷若率領的精銳大軍，一戰擊潰了王保保整合下元廷的十五萬大軍。
獲取勝利的同時，阿珂並沒有乘勝追擊，向北方元廷主力所在繼續攻伐，而是迅速占領了河南等地，恢複當地生產的同時，向南邊進發，剿滅湖北等地元廷的殘存勢力。