內地第三個由皇家出資修建的重要的喇嘛教中心是五台山。五台山是內蒙古各部的宗教中心 ，宮廷資助出版蒙古文的到此山的朝聖指南。在康熙朝 ，五台山有 10座信奉漢地佛教的寺院改而信奉藏傳佛教。在雍正朝 ，藏傳佛教的寺院增加到 26座，乾隆皇帝又增加了6座。
乾隆皇帝擔心滿族的信仰狀況。乾隆時期 ，在北京、承德、皇家園林和皇陵為滿族僧人專門修建了至少 6座寺廟 ，並從旗人中招人入寺。皇家還在新並入大清帝國的邊疆地區資助修建寺廟。有時候 ，這些寺廟是作為轉世者的居所而修建的 ，另外一些則是當地的佛教中心。北京以北多倫諾爾的大寺廟是康熙朝修建的，被指定為漠南蒙古的佛教中心。宮廷資助了土默特蒙古領地上的歸化 (青城 )的寺廟 ，還在安多修建或修繕了一些寺廟。安多的寺廟規模極其宏大。在清代 ，安多最著名的一些寺廟 (每座廟可容納 1000多名喇嘛 )，與西藏中部和西部格魯派的一些寺廟一樣大。有位學者估計 ，在1958年的青海 (涵蓋了安多的大部分土地 )，共有 869座藏傳佛教寺廟 ，有約 6萬名喇嘛。
清朝皇帝還主持了大規模編纂和翻譯佛經的工作 ，從而使北京成為藏傳佛教的一個重要中心。有清一代 ，在滿族和蒙古王公的主持下 ，共有 230部藏傳佛教經典被翻譯成蒙古文。在康熙朝 ，林丹汗時期編纂的蒙古文《甘珠爾》由從各旗招來的學者組成的委員會於 1717—1720年進行了修訂。1718年夏 ，“精通蒙古文 ”的書法家被召至多倫諾爾 ，1720年出版了供皇帝閱覽的 108卷紅字經典。藏文 “三藏 ”在乾隆朝被譯成蒙古文和滿文 ，其中的許多經卷由北京嵩祝寺後麵的作坊印刷出來 ，廣泛流傳到蒙古各部。也有一些漢文經典被譯成藏文 ，例如，《楞嚴經》就由乾隆皇帝諭命若必多吉翻譯成了藏文。也許是因為這個結果讓乾隆 “龍顏大悅 ”，他降旨把藏文和蒙古文經卷各 100部分別贈予京城、承德、盛京和蒙古八旗的寺廟。
清朝對藏傳佛教的管理
清朝的政策促進了藏傳佛教在蒙古人中的流傳。最終大約有 30%到60%的漠南蒙古男性和 30%多的漠北蒙古男性成了生活在寺院裏的喇嘛。乾隆朝初期 ，在蒙古地區約有 2000座寺廟 ，在漠南蒙古地區有 800座，在喀爾喀地區有 136座，在安多、甘肅、四川、新疆和陝西還有 500~600座。這些寺廟修建於原來信奉蒙古薩滿教的地方 ，傳統的神祇被融進了新宗教中。藏傳佛教寺廟變成了權力分散的遊牧社會中 “事實上的集權國家機器 ”。
清廷通過按比例定額發放度牒證書的辦法限製僧人的規模。喇嘛教事務由理藩院的下屬機構掌管。這些機構創建了一套行政管理體係 ，它與源於 “藏—蒙”的一套相似的管理體係並存。原本是指佛教學校管理者的藏族稱呼 (如堪布 )被移植到內外蒙古的寺廟 ；新的稱呼 (如劄薩克達喇嘛和劄薩克喇嘛 )也被清朝引介進來。與堪布不同 ，劄薩克達喇嘛和劄薩克喇嘛集宗教權力和世俗權力於一身。最有實力的寺廟中的 7個寺廟被確定為旗級單位，與世俗八旗區別開來 ，由寺廟住持劄薩克達喇嘛行使司法權和行政權。如果某處一位 “活佛 ”控製的人口超過 800名，隸屬於他的一位旗 (劄薩克 )喇嘛將承擔世俗管理責任。宗教和世俗統治的這種結合有許多先例可循。例如 ，元朝和明朝就曾委任僧人管理西寧地區。
17世紀末 ，清朝統治者開始主張他們對於轉世高僧 (蒙古語稱為呼畢勒罕 )的承認權。在 1691年以後建立的新的宗教管理體係中 ，每一個頭銜都必須由皇帝親自授予。最終在北京有 14位呼畢勒罕 ，在漠北蒙古有 19位，在漠南蒙古有 157位，在庫庫諾爾地區有 35位，總共有 243位 (譯者注 ：此句前 4組數字總和為 225，與243不符 ，但原文如此)。清朝竭力避免承認實力強大的蒙古人的轉世者身份 (例如 ，宮廷不承認蒙古人的三世哲布尊丹巴)，但是 ，蒙古貴族的兒子一直被安排在高級僧侶之列。確認轉世身份程序的製度化努力在 1792年達到高潮 ，當時乾隆皇帝降旨說 ，格魯派高僧的轉世者身份可通過金瓶掣簽來決定。一共製作了兩隻金瓶 ，一隻送往拉薩 ，一隻留在北京的雍和宮。
西藏著名高僧與清朝統治者的關係可以說是宗藩關係 ，也被納入理藩院掌管的朝貢體係之中。就乾隆皇帝而言 ，他試圖以這些高僧自己的語言與他們溝通。他曾這樣寫道 ：
乾隆八年始習蒙古語 ；二十五年平回部 ，遂習回語 ；四十一年平兩金川 ，略習番語 ；四十五年因班禪來謁 ，兼習唐古拉語。是以每歲年班蒙古、回部、番部到京接見 ，即以其語慰問 ，不藉舌人傳譯 ……燕笑聯情 ，用示柔遠之意。
我們已經描述了滿族人是如何向五世達賴喇嘛頒發承認他的稱號的文書和玉印的。他們也籠絡格魯派的 “第二高僧 ”班禪仁波切。被五世 (譯者按 ：應為四世 )達賴喇嘛確認為阿彌陀佛的轉世者的第一個班禪喇嘛是羅桑確吉堅讚 (1569—1662)，他由此提升了格魯派的聲望。他的稱號 ———班禪博克多 (大學者)是早些時候（1645年)由顧實汗授予的 ，他的駐宮是紮什倫布寺。1703年，康熙皇帝授予他 “班禪額爾德尼 ”稱號。一些學者指出 ，雍正皇帝曾把西藏西部地區和紮什倫布寺控製的後藏地區賞賜給班禪 ，意在分割達賴喇嘛的權利 ，但是班禪 “很謹慎 ，隻接受了一部分賞賜 ”。