劉隗和刁協抓住把柄，勸司馬睿誅殺王導和王家的所有成員。王導趕緊帶上王邃、王彬、王侃等在朝廷任職的王氏宗族二十多人每天跪到宮門外候罪。司馬睿意識到，離開王家支持，自己坐不穩龍椅，司馬睿和王家的命運是一榮俱榮、一損俱損的，赦免王導等人是最現實的選擇。於是，等王導等人在宮門外跪地痛哭了幾天後，司馬睿被“感動”了，光著腳走出來扶起王導，拍拍他的手寬慰一番。事情就這麼過去了？是的，本應株連九族的造反大罪就這麼被赦免了。
王家的危機解決了，不想王敦的軍隊攻占了建康。王敦把持朝政，官員進退操於其手。他逼著司馬睿下詔大赦，赦免叛亂諸人的罪過，並封自己為大將軍。王家表麵上實權在握，實際上被王敦推到了風口浪尖之上！
好在王敦擅長破壞，不長於建設，抓住了皇帝卻還沒有自己做皇帝的想法。王導也阻止王敦稱帝，始終暗中支持司馬睿。不久，王敦就退兵長江中遊，司馬睿隨後鬱悶而死，局勢降溫。王導等人擁立太子司馬紹即位。司馬紹是個強硬分子，一心要鏟除王敦，局勢驟然緊張起來。王敦身體也不爭氣，越來越差，在周邊宵小的蠱惑下，第二次發兵進攻建康。他想在自己死前，徹底解決王家的威脅，擺出了傾覆朝廷的架勢。王導再次堅決站在皇帝一邊，主動掛帥，提兵與王敦叛軍作戰。一場惡戰，王敦隨即病死，兄長王含、繼子王應被殺，叛亂徹底消除。王導對策得當，讓琅琊王家非但沒有受牽連，還因討伐王敦有功得到加官晉爵。王導從司徒進位太保，兄弟分任刺史、尚書。王家跨過這道坎，保持了天下第一望族的地位。
司馬紹當了三年皇帝，也死了。王導等人又擁戴五歲的皇太子司馬衍即位。已經是“三朝元老”的王導遭遇了第三道坎：外戚爭權。
司馬紹考慮到繼承人年幼，留下遺詔，由王導和小舅子、中書令庾亮一同輔政。司馬衍即位，司馬紹的皇後庾氏以皇太後身份臨朝稱製。庾亮仗著庾太後的勢力，很快就把實權集中到了庾家手中。盡管王導榮光依舊，連皇帝對他下詔書都是用敬語，但王導離實權越來越遠了。見慣榮辱浮沉的王導淡然處之。有人曾經向王導進讒，說庾亮可能舉兵擅權，對王導不利，勸王導多加防備。王導說：“他若逼我，我就一身布衣服，回家養老去，有什麼可怕呢？”庾亮倒沒想要鏟除王導，可他是個雄心勃勃又擁有很多想法的年輕人，屢屢指點江山，東晉政壇上出現了多次政治變動。王導秉承“清靜為政”的理念，以不變應萬變。朝廷一有動靜，政治一有裂縫，他就上前和稀泥。
大臣們給晚年王導起了一個綽號：糊塗宰相。原因是王導每年考察官員的時候，都流於形式，考察的結果是你好他好大家好。有人有意見，王導就說，害國之魚我們都能容忍，何必每年糾纏於那些小魚小蝦呢？的確，王導的一生連對威脅王朝利益的大問題都采取拖延、打太極的對策，讓時間去消化它們，根本就沒必要在每年的官員考核上較真。他晚年常說：“現在說我糊塗，隻怕將來有人還要懷念我的糊塗呢！”
公元339年，王導病逝，終年六十四歲。王導是琅琊王氏繁衍昌盛的奠基人。在後半生的三十年間，王導經曆了無數明爭暗鬥甚至血雨腥風，能在混亂中為家族留下一份家業，殊為不易。同時，他見慣了權力場的爭鬥和殘酷，多少也將所見所聞、所思所想，作為遺產留給了族人。