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董福祥的部隊在1月2日收複了和闐。於是清廷依靠湘軍完全收複了南疆西四城。
湘軍俘虜了已故帕夏阿古柏的妻子與女兒，還抓獲了他的兒子引上胡裏和邁底胡裏，加上兩個小兒子和三個孫子，都按律做了處置。
湘軍將於小虎、馬元和麻木裏及金相印父子公開處以磔刑，另將他們的得力部屬一千一百六十人處死。
到此為止，新疆平定。
清廷下詔說，自從同治三年布魯特叛亂，金相印所部攻占喀什噶爾，蠶食南八城，而吐魯番和烏魯木齊等城相繼淪陷，至今已有十多年。朝廷特命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。該大臣剿撫兼籌，議定先規北路，首先收複烏魯木齊，以扼其總要。隨後攻克瑪納斯，幾路並進，規複吐魯番等城，力爭南路要隘。然後整旅西行，勢如破竹。現在南八城一律收複。
該領兵大臣櫛風沐雨，籌兵籌餉，備嚐艱苦，才能謀出萬全，膚功迅奏，著由一等伯晉升為二等侯。三品京堂劉錦棠智勇深沉，出奇製勝，才能功宣絕域，著由騎都尉世職晉為二等男。
清廷對於其他將領，都給予了不同程度的獎賞。
這時湘軍聲威遠震，僑居南八城的外國人都翕然聽命。湘軍查獲的外國人如下：一名英國商業官員，以及隨從他的九名商人；兩名乳目洋操教練和三名乳目商人；三名阿拉伯人；三十多名巴達克山人；一千多名巴爾替人；一百五十多名科拉普人；二百五十多名哈普隆人。
劉錦棠認為這些外國人自稱經商，殺之不武，決定全部寬宥。其中的英國人和乳目人，簽發證明遣返回國。布魯特十四部落，願意隸屬中國者，可以收留。
這年夏天，幫辦新疆甘肅善後事務劉典在蘭州病故。左宗棠正在開展軍屯，建設大西北。百廢待興之時，失去一名得力助手，必須有人頂替。左宗棠想起了上年已經罷官的楊昌濬，決定給他一次改過自新的機會，於是向清廷舉薦，讓他出任甘肅布政使。
張曜所部在哈密的兵屯，不到兩年時間，取得了顯著的效果。哈密一帶墾複的土地超過三萬五千畝，成了新疆的一個大糧倉。張曜所部還創造性地總結出一些經驗，如在地底下鋪上油毛氈，在平原上修引水渠，擴大開墾麵積，水渠用三合土粉刷，防止滲漏，普遍修建坎兒井，防止地下水蒸發。
張曜所部不僅為左宗棠的軍墾創造了奇跡，而且為後世的新疆軍屯樹立了榜樣。
楊昌濬於10月份離家動身前往新疆。左宗棠說，北方天寒地凍，要他第二年春天再動身，結果楊昌濬還是在大冷天裏趕到了蘭州，兩位老友在酒泉大營“晝夕晤對，談興甚豪”。
楊昌濬此來，出任甘肅布政使，為左宗棠分擔了許多憂慮。
四川巴族人於春天從雷波東渡金沙江，襲擊雲南邊界。昭通鎮總兵李明惠率部將巴族部隊擊敗，活捉一百九十人，巴族首領悔罪投降。劉長佑下令，將巴族首領馬曲哈留下，作為人質，其餘全部放還。
迤西道熊昭鏡和騰越、楚雄、昭通各路文武官員，緝捕許雙貴等在逃人員幾十人，將他們與部屬一道，全部處死。
騰越境外的土民首領耿榮高等部為了爭地而發生械鬥，聯合其他民族的武裝共三千人，向東南方推進，攻戰耿馬。劉長佑派參將周慶安率部前往攻擊，耿榮高投降。
在昆明以南的納樓茶甸，彝族土司普保極於8月份因爭奪地盤而開戰，阿迷、蒙自和開化的綠林軍響應。首領楊阿幅率部占據田心，謀劃襲擊阿迷城。於是廣南、彌勒和邱北都受到影響。劉長佑派道員許繼衡率部前往鎮壓。
許繼衡所部於10月份逼近田心，攻破楊阿幅的幾十座壁壘，斬殺楊阿幅，他的部眾奔向開化，又在馬塘被許繼衡部擊敗。幾千名難民得以脫身，其中包括各族百姓。
與蒙自人楊阿幅一同起事的首領還有阿迷人普雲和沈開科。他們在廣南的部隊也被清軍兵練擊敗，彌勒和邱北的綠林軍全部逃走，普雲和沈開科都被殺死。沈開科本來已接受官府安撫，但時而順從時而反叛，這次送了性命。
綠林軍的三個首領全部被殺，部隊也就全部瓦解了。