周樹人從東京弘文學院畢業以後，按規定應學采礦和冶金，但他決定學醫學。同校方協商後，被仙台醫學專門學校接受免費學習。他到仙台學醫的動機有四：首先，他在父親患病期間出入於當鋪和藥店，恨透了那些標榜名醫而耽誤了父親的病的庸醫，從典當所得的少許金錢都用於尋求那些不能治病的怪藥，最終換得的卻是父親不能救治。學好了醫學，就可以救治像父親那樣病人，使他們擺脫疾苦。其次，他認識到日本明治維新以後，日本醫學大半是來自西醫，可以促進中國的維新。再有，就是要解救中國女子的小腳。他認為要想解放中國女子那所謂“三寸金蓮”而恢複其天足，也需要醫學。後來，在仙台醫專學習了人體解剖，悟到已斷的腳的筋骨沒有辦法解決，終於對解救中國女子小腳斷念絕望。他由絕望而憤怒，痛恨趙宋以後曆代摧殘女子者的無心肝。第四，他小時候牙痛，牙齦出血，那時想不到天下有西醫，中醫仿佛束手無策，說什麼“牙損”難治得很。一位長輩還斥責他，說：不自愛，所以會生這病的，醫生能有什麼法？似乎生這病是一件恥辱，他從此不再跟別人提起牙齒的事。直到他到了日本長崎，牙醫給他刮去了牙後麵的所謂“齒沂”，牙齒才不再出血了，隻花去一小時、兩元錢。要學醫學，在日本的千葉和金澤地方都設立有醫學專門學校，但是，周樹人卻挑選了遠在日本東北部的仙台醫學專門學校，這也是有理由的，因為他在東京看厭了那些“富士山”，不願意和他們為伍，隻有仙台醫學專門學校比千葉和金澤由於路遠天冷，還沒有中國留學生。
清光緒三十年八月（1904年9月），周樹人前往仙台進入仙台醫學專門學校。仙台是位於日本東北部海濱的一個偏僻閉塞的小市鎮。大概是物以稀為貴吧。當時，這個小城市還沒有中國學生，周樹人是這個小城市的第一位外國留學生，當地報紙為此特別發了消息，在這個小城市裏引起了一陣轟動。他來到仙台醫學專門學校頗受到優待，學校不但為他免費提供學習條件，幾名職員還為他的食宿操心，學校沒有住宿宿舍，便專門為他安排了一家管食宿的客棧。隻是這裏的蚊子太多，睡覺時要用被蓋住全身，用衣服包住頭臉，隻留兩個鼻孔出氣。蚊子無從插嘴，他便睡安穩了。後來，因為這家客棧在監獄旁邊，一位先生說這客棧還包辦囚人的飯食，讓周樹人住不適宜，於是又搬到了另外一家客棧，雖然每天總要喝難以下咽的芋梗湯，但總算順利地安頓下來了。
開學了。周樹人看見許多陌生的先生，聽到許多聞所未聞的課程，什麼骨學、組織學、生理學、解剖學，都十分的新鮮有趣。從此，他便以極大的熱情投入了學習。
上課了。這是一堂解剖學課，一位黑瘦的先生走進教室，他留著八字胡，戴著眼鏡，腋下挾著一疊大大小小的書。他將書放在講台上之後，便用緩慢而有頓挫的聲調自我介紹說：
“我就是叫做藤野嚴九郎的……”
後麵有幾個人笑起來了。藤野先生掃視了一眼，開始講述解剖學在日本的曆史。原來那些大大小小的書就是講關於解剖學從最初到現在的發展的。其中，還有翻印中國譯本的，看來日本對新醫學的翻譯研究並不比中國早。
藤野嚴九郎是日本福井縣人，畢業於愛知縣立醫學專門學校，畢業後留在本校任教，後來來到仙台醫學專門學校任教授。他對教學工作十分認真，對學生要求十分嚴格。一些學生就因為他教的解剖學不及格而留了級。在課堂上坐在後麵發笑的，就是上學年不及格的留級生。這個學生課後給新生講每個教授的曆史。他說：“你別看藤野先生對我們要求挺嚴格，其實，他對自己一點兒也不嚴格，連穿衣服都不講究，有時竟然忘記帶領結；冬天總是穿一件舊外套，寒顫顫的，有一回上火車，乘務員疑心他是扒手，叫車裏的乘客小心些。”
一個星期後，這一天是星期六，藤野先生讓他的助手把周樹人叫到他的研究室。周樹人走進研究室，藤野先生坐在那些人骨旁邊正在研究著頭骨。
“我的講義，你能抄下來麼？”藤野先生問。
“可以抄一點。”
“拿來我看看！”
周樹人將自己抄的講義交上去。藤野先生收下了，說以後每一星期都要將抄的講義給他看。過了兩天，當周樹人把自己抄的講義拿回來看時，不禁大吃一驚，這手抄的講義從頭到尾都被紅筆添改過了，不但增加了許多脫漏的地方，而且將語法錯誤都一一給做了訂正。藤野先生這樣，一直繼續到教完了所擔任的骨學、解剖學、血管學、神經學課程。藤野先生的關心和愛護，使周樹人既不安又感激，使遠離家鄉親人的周樹人感到特別的溫暖，更加倍地努力學習。