七月中旬，黎元洪下令懲治帝製禍首楊度、孫毓筠、顧鼇、梁士詒、夏壽田、朱啟鈐、周自齊、薛大可等八人，其餘皆從寬處理。西南軍務院所提的條件，也是其他各方的想法，大致也已經實現了。所以，唐繼堯、岑春煊、梁啟超、劉顯世、陸榮廷、陳炳焜、呂公望、蔡鍔、李烈鈞、戴戡、劉存厚、羅佩金、李鼎新等撤銷了聯合通電，聲明國家一切政務，靜聽元首、政府和國會主持。
恢複《臨時約法》、重開國會、懲辦帝製禍首，三把大火，燒毀了袁世凱的政治基礎，使“護國”的任務基本完成，國內矛盾緩和，南北統一在表麵上得以實現。
洪憲垮台，袁世凱去世，梁啟超和蔡鍔師生二人便成為當時人望。黎元洪自從做了總統之後，沒有實權，他很希望拉攏護國軍方麵的力量作為後盾。於是身邊的人建議他禮聘梁啟超為總統府秘書長，如果他能北上，以梁啟超的人望和西南護國軍的實力，足以牽製段祺瑞，則政事可圖。黎元洪認為這不失為一個好主意，就致電梁啟超，電雲：
“屢承來訓，慮遠思深，謀國之心，家居彌篤。泰山北鬥，景仰為勞。亦每知讀禮之時，不敢以閣員相浼，然萬端待理，棼如亂絲，辱以庸才，丁茲危局，設使舊鼎覆餗，淪胥以滅，既負人民望治之心，亦違先生救時之願，竊不自揣，欲以本府秘書長相屈，既無嫌乎奪情，且可資乎論道。先生模楷人倫，萬流仰鏡，倘肯垂念邦國，當不忍金玉爾音。敢布寸心，擁彗俟命。”
梁啟超知道黎元洪並沒有實權，戊戌變法的失敗很大程度上也是因為當時的皇帝沒有實權。梁啟超不願重蹈覆轍，所以婉辭複謝。黎元洪隨後數次致書遣人邀梁入京，讚襄一切，並命公府收支處自7月份起月贈津貼2000元，其致梁函略雲：
“自違麈教，裘葛載更。嶺樹江雲，迢迢千裏，雖鱗鴻多便，郵電常通，而仰企之懷，未足罄其萬一也。徐君佛蘇到京，詢悉素履安和，旅祺清適，欣慰不可言喻。國家多故，禍變相尋，賴執事奔走提倡之功，與夫調護斡旋之力，幸得由剝而複，轉危為安。元洪不才，亦獲隨諸君子後，共荷钜艱，凡百措施，均資指導，嘉猷偉略，薄海同欽，此固民國無疆之休，非僅私幸已也！現在國會將開，人心粗定，而茫茫前途，來日大難，一切建設問題，非得宏才卓識如執事者，從容坐論，隨事諮商，長夜冥行，其何能淑？前曾奉上一電，敬迓高軒，適執事儼然在憂服之中，哀毀已甚，未便固請，然引佇足音，寸陰若歲，自夏徂秋，虛席以待者，亦既三閱月矣！屈指讀禮之期，行滿百日，為國奪情，萬民所望，睹此危局，寧忍恝然。伏乞台從北來，克日命駕，慰我饑渴，示我周行，九頓以請，幸毋遐棄，鑒此微忱。”
黎元洪言辭懇切，梁啟超也為之感動，但是前思後想還是辭謝了。黎元洪又一個希望破滅了，而段祺瑞又獨斷專行，矛盾日益尖銳。
在權限上，以黎元洪為首的總統府和以段祺瑞為首的國務院出現了分歧。這並不僅僅是人事安排和政務處理上的簡單問題，本質上是“法”與“權”的鬥爭。“法”是黎元洪維護自己弱勢地位的矛，“權”是段祺瑞擴大實力的盾，矛盾相爭，使府、院政潮激蕩。
第一次黎、段交鋒是由國務院秘書的任命開始的。徐樹錚是段祺瑞的智多星，段祺瑞很多軍事、政治上的計劃，都是來自他的策劃，人稱“小扇子軍師”。他的父親與段祺瑞是舊交，所以他深得段祺瑞的寵信，恃才傲物，十分自負。
1916年7月，段祺瑞要提拔徐樹錚擔任國務院秘書長，讓張國淦幫忙向黎元洪提出這件事。但是黎元洪一聽到這件事馬上就否決了，堅決地說：“徐樹錚這人傲慢無禮，簡直不可理喻。我不能與他共事，也不願意見到他，不要再和我說這件事了。”於是他甩手離開了大廳。
這主要是因為黎元洪在之前的交往中，跟徐樹錚打過幾次交道，也領略過徐樹錚的專橫跋扈。在他的心裏，除了欣賞徐樹錚的聰明才智外，其他的蕩然無存。
之後在徐世昌的調和下，黎元洪終於同意。段祺瑞也答應了黎元洪一個要求：凡重大事項，要報總統。
本來段祺瑞瞧不起黎元洪，從不以“下級”、也就是總理身份去總統府。現在徐樹錚任國務院秘書長，就把所有往來事務都交給了徐樹錚去辦。徐樹錚有時拿文件給黎元洪蓋章，黎元洪就文件事項問幾句，徐樹錚就不耐煩地說：“叫你蓋章，你蓋就是，問那麼多幹什麼？我忙得很，哪有那麼多時間！”氣得黎元洪半死。
接下來，徐樹錚和內務總長、國民黨人孫洪伊大幹一場。在國務會議上，孫洪伊指責徐樹錚的手伸得太長，什麼都管；徐樹錚卻說難道你孫總長做的事別人就不能問嗎？孫洪伊按捺不住，挖苦道：“閣下的大才，我很佩服。隻可惜總理沒有提拔你當國務員。這是國務會議，閣下隻有當上國務員才有資格發言呢！”
兩人各找後台老板泄憤。段祺瑞說：“孫總長也太不像話了。”黎元洪則說：“徐秘書長未免欺人太甚。”
10月18日，徐樹錚拿著將孫洪伊免職的文件去見黎元洪，要求黎元洪蓋章。黎元洪吃驚不小，一口拒絕；徐樹錚連去四次，黎元洪連拒絕四次。最後一次，徐樹錚粗魯地說：“總統不蓋印，就隻能不準伯蘭(孫洪伊的字)出席國務會議啦！”黎元洪忍不住大怒：“你說的這是什麼話？”徐樹錚傲慢地說：“這是總理說的話！”