腸道菌群與其宿主相互作用影響的統一體稱為腸道微生態。它們和人體有著密不可分的互利共生關係，直接影響著每個人的健康。腸道菌群對促進營養食物消化吸收、產生有益營養物質、抵禦外來致病菌的侵入以及調節免疫機製等方麵有著重要作用。在長壽之鄉廣西壯族自治區巴馬地區、日本楓原地區，長壽老人的腸道菌群報告結果一致發現腸道雙歧杆菌的比例明顯增高，說明健康長壽與腸道菌群之間存在著密切關係。
1腸道微生態係統
1.1消化道中的正常菌群
消化道中的正常菌群的種類和數量，在不同部位是不同的。胃酸的酸度很高(pH2～3)，因而胃內基本無活菌。空腸和回腸上部的菌群很少。結腸和直腸則有大量細菌，主要是類杆菌(Bacteroides)、雙歧杆菌(Bifidobacterium)、大腸埃希菌、乳杆菌、銅綠假單胞菌、變形杆菌(Proteus)、梭菌(Clostridium)等。1g幹糞含菌總數在4千億個左右，約占糞重的40%，其中99%以上是厭氧菌。腸道菌群受飲食、年齡等因素影響很大。多食蛋白質的人，大腸埃希菌生長旺盛;以吃澱粉為主的人，乳杆菌較多。哺乳期嬰兒的腸道菌群主要是雙歧杆菌，占總菌數的90%左右;隨著成長，雙歧杆菌下降，類杆菌、乳杆菌、梭菌等逐漸增多。結腸菌群指存在於人體大腸內的菌群，既包括對健康有益的細菌，也包括對機體有害的一些致病菌。在母體內時胎兒腸道是無菌的，在出生過程中來自母親**和肛門的細菌進入胎兒體內並在結腸內定植，其中主要是厭氧菌，如腸杆菌，鏈球菌等。出生後2天以後雙歧杆菌才開始出現，在4～5天時成為腸道內的優勢菌。母乳喂養嬰兒糞便菌群中雙歧杆菌數(47.6%)為配方奶喂養嬰兒(15%)的3倍。斷乳之後，雙歧杆菌數量逐漸減少，並開始逐漸建立類似於成人的菌群模式。菌群構成與飲食方式的改變(如斷乳)、年齡以及飲食結構密切相關。對於飲食結構穩定的個體來說，其結腸菌群構成也相對穩定，但是在不同個體之間差異較大。隨著年齡增大，大腸杆菌、鏈球菌以及芽孢杆菌的數量逐漸增多而雙歧杆菌數量減少。
1.2益生菌
1989年Fuller提出了益生菌(probiotics)的概念，指食物中能改善腸道菌叢平衡，從而對宿主健康發揮有益作用的活微生物，主要包括一組乳酸菌(如雙歧杆菌、乳酸杆菌、鏈球菌)以及其他如腸球菌、擬杆菌中的某些菌株。益生菌應符合以下幾個條件：(1)對宿主健康發揮有益作用;(2)非致病菌且沒有毒性作用;(3)在生物學上應當具有活性，即包含大量活菌;(4)可以在宿主腸道內定植及代謝;(5)在儲存和使用過程中保持活性;(6)必須來自於宿主。
1.3腸道菌群與健康
腸道菌群與人體相互依存，構成腸道的微生態係統，該微生態係統對促進食物的消化，產生維生素B1、B2、B6、B12、維生素K、泛酸、生物素、煙酸、葉酸等營養物質，抵禦外來致病菌的侵入以及刺激免疫係統等方麵有著重要作用。
2腸道菌群與食物消化吸收及食物過敏
中國人乳糖不耐受發生率遠遠高於歐洲、北美和澳大利亞等。乳糖酶缺乏是乳糖不耐受發生的基本原因，但不是其唯一原因。研究顯示，絕大多數乳糖不耐受的受試者糞便樣本中雙歧杆菌數量相當低，認為結腸益生菌減少是乳糖不耐受發生的重要原因。雙歧杆菌發酵乳糖產生乙酸、丙酸、丁酸、乳酸等短鏈脂肪酸，而不產生H2等腸道氣體，因此在發酵進入結腸的乳糖時不會因產氣過多而引起腹脹等不適症狀[1]。食物過敏發病率近年來呈逐漸上升的趨勢。益生菌在防治兒童食物過敏中的研究進展，認為腸道菌群的構成與食物過敏的發生有關，生命早期腸道菌群的形成通過調節機體免疫功能而誘導免疫耐受的產生。食物過敏患兒腸道內的有益菌如雙歧杆菌、乳酸杆菌和梭狀芽孢杆菌的數量低，而需氧菌如大腸杆菌和鏈球菌數量占多數，益生菌所特有的免疫調節作用可能對防治包括食物過敏在內的一些過敏性疾病具有一定作用，為食物過敏的防治提供新的思路和信息[2]。