農民起義與英國的海上騷擾
1796年，嘉慶帝宣告即位，湖北枝江和宜都等地隨即就爆發了白蓮教徒所發動的農民起義。
乾隆帝在退位前曾對白蓮教徒進行過嚴厲的鎮壓，但此後白蓮教繼續以其他的名義在民間秘密傳播。1788年，劉鬆與弟子劉之協以三陽教的名義進行傳教，次年與收元教的首領宋之清聯合，仍然稱為三陽教。後宋之清與劉之協不合，另立西天大乘教在川、楚、陝、豫等地廣泛傳播。後西天大乘教和收元教都被清軍所破，劉鬆等人均被捕，劉之協逃脫。
1795年，三陽教首領劉之協與各路教首約定日子同時進行起義，並派出傳教師到各地進行組織籌劃。次年，即嘉慶帝登基為帝之際，起義軍在湖南境內發動起義，並迅速發展壯大到數萬人。此後，四川的白蓮教領導人也響應湖北，迅速發動了起義。四川的起義軍之間都有所聯係，並和湖北起義軍相互聲援。此後，陝西的白蓮教徒也發動了起義。
在起義爆發之後，嘉慶帝馬上詔令湖廣總督畢沅和西安將軍恒瑞鎮壓湖北起義軍，陝甘總督宜綿鎮壓陝西起義軍，而四川地區的起義軍則先後由總督福寧和英善所鎮壓。此後又陸續調遣八旗兵及各省綠旗兵增援，集中兵力對三省起義進行鎮壓。農民起義軍與清軍戰鬥的三年之中，已經發展成為二十萬人的大軍。農民起義軍在一些戰役中遭到清兵的鎮壓而陷於失敗，但清政府卻依然難以遏製農民起義的繼續發展壯大。
1799年，乾隆帝病死，嘉慶帝隨即采取了幾項重大措施，希望能通過這一係列的舉措來消滅起義，其中首先就是誅殺和珅。
在乾隆帝死後第五日，嘉慶帝就下令將和珅革職拿問，隨後又下令命臣下舉報和珅的種種罪狀。後嘉慶帝援引康熙帝誅殺鼇拜的例子，令和珅自盡。和珅死後，成親王永瑆奉旨查抄和珅家產，其龐大的財富數目震驚朝野。雖然和珅是清政府中貪官汙吏們的總首領，但朝廷之中的貪汙風氣早已上行下效，彌漫全國。嘉慶帝希望把種種罪狀歸咎於和珅一人，以鏟除和珅來緩和人民的反抗，顯然是行不通的。和珅被誅滅，但不代表大小官員們能夠隨即消除弊端，擺正風氣，人民的反抗浪潮自然也不會因此而平息。
在乾隆帝時期，滿洲八旗兵已經日益腐朽，戰鬥力也日漸衰弱。原本戰鬥力優於八旗兵的綠營兵也在乾隆帝末期日益腐化。以至到嘉慶帝時期，麵對白蓮教農民起義的時候，基本上朝廷已經沒有強大的軍隊可以用來鎮壓農民起義了。於是，嘉慶帝開始逐漸倚用漢人地主武裝來配合官軍共同鎮壓起義。1798年，四川招募武裝力量達三十七萬人，湖北也達到了三十六萬六千餘人。次年，嘉慶帝令各州縣居民進行團練，與官軍配合作戰，抗擊起義軍取得了卓越成效。自1800年以來，農民起義軍麵臨清軍的重兵圍剿，日益陷入困境之中，並逐漸走向失敗。
清政府為抗擊白蓮教起義而倚用團練鄉勇，但戰後清軍由於糧餉有限，不得不對所招募的軍隊進行裁汰。1803年，清政府先後遣散各營隨征鄉勇，這些被遣散的人為清政府廝殺數年，結果戰後卻無家可歸，全都憤憤不平，後一部分投靠了起義軍的殘餘勢力，轉而抗擊清朝，使得起義軍的隊伍再次得以壯大，直至1804年，起義軍才徹底敗滅。
此次白蓮教起義波及川、楚、陝、甘、豫五省，從1796年發動一直到1804年敗亡，前後延續了九年，給予了清政府沉重的打擊，同時也鼓舞了各地被壓迫的農民。在此次起義失敗之後不久，其他地區的農民起義卻又隨之而興起。
在白蓮教起義期間，英國的船艦開始在中國海域進行侵擾。
在乾隆帝時期，英國就已經開始了海外殖民，企圖向東方擴展其勢力。後在嘉慶帝即位之後，1799年，有三艘英國軍艦從印度駛來，闖入了中國境內。1808年，英國又以防備法國侵占澳門為由占據了澳門炮台三處。後在清政府威脅下退出。後1814年，英國兵船在老萬山群島附近搶劫了一艘美國商船，清廷向英屬東印度公司提出了強烈抗議，並決意停止與英國商人之間的貿易活動。次年，英王派出以阿美士德為首的使團來中國進行交涉。但最終清政府和阿美士德使團因為禮儀上的糾紛而未能進行此次商談。清王朝斥退阿美士德使團，同時也失去了與英國商談正常貿易的機會。
早在明朝時候，荷蘭和葡萄牙商人就曾把少量的鴉片作為藥材販運到中國。鴉片是從罌粟中提煉出來的一種麻醉性毒品，抽吸後不容易戒絕。清朝初年，英國與清朝的貿易中出現嚴重的貿易逆差，每年需要支付大量白銀。於是到雍正時期，英國開始經營鴉片交易，從中牟取暴利。到嘉慶帝即位之際，英國東印度公司每年向中國輸入的鴉片已經多達四千箱左右。雖然清政府一再下令禁止鴉片輸入，但卻始終沒有什麼成效。鴉片的大量輸入使得朝廷白銀大量外流，正常的商業發展受到重大影響，而官吏將士以至滿洲貴族們則因為吸食鴉片而更加混亂腐敗，軍隊的戰鬥力也因此大幅削弱。清王朝的社會經濟政治都麵臨著嚴重的威脅。