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次日淩晨五點五十五分，早就來到NERV的美裏，此刻正坐在網絡線路的狹小隔間裏用鍵盤敲打著什麼。在昨晚接到NERV的命令後，美裏帶著麗和明日香一起來到了NERV，並同時被命令從此刻開始，NERV總部設施開始嚴禁出行。似乎是聞到了真相的氣息，美裏並沒有在自己的房間等待，而是拿著加持給她的芯片，來到了網絡傳輸線路室，將芯片插入了電腦中，開始調查第二次衝擊的真相。經過了一晚的忙碌，終於，在這個時間的時候，美裏將所有的真相盡收眼底，也明白了自己該怎麼做，更是連同真嗣計劃的後續操作，也一同知曉。
是的，真嗣的死的確意外，但是他在之前留給自己的信息，以及加持留給自己的情報告訴她，此時此刻，來到這裏是正確的選擇。
“原來是這樣啊。第二次衝擊的真相。”寒冷的線路室，美裏黛眉緊蹙。眼前屏幕上出現的信息讓美裏的思緒徹底明朗了起來。第二次衝擊的真相，以及第三次衝擊的預測，還有NERV，SEELE，以及真嗣的計劃，都瞬間擺在了美裏的眼前。
滴滴滴！！！！
“被發現了！”一陣急促的警報聲響起。剛剛還滿是信息的電腦，此刻已經變成了滿屏幕的警告標示，驚得美裏蹭地站了起來，手裏的手槍也上膛完畢。隨時迎接敵人的到來。但是久久，房間裏沒有任何回應，而後美裏才反應過來。並不是被發現了，而是，開始了！
滴！滴！！滴！！！
巨大的警報聲與早上六點正瞬時響爆了整個NERV總部。
“第六網域無法通訊，強羅防衛線直通線路無法接通，外部通訊無法接通。”工作人員緊張的報告著。
“左側切換到藍色的緊急通訊模式，就算打開衛星也無所謂，沒錯就這樣下令，右邊的情況呢？”司令台上，冬月看著狀況不停地指揮著。
“鏈接外界的整個網絡數據線路都已經被單方麵截斷。”
“目標。。。是MAGI麼。”冬月麵色凝重。
“所有的外部終端機都有數據入侵。目標直指MAGI。”
“果然嗎？入侵者是鬆代的MAGI二號機麼。”冬月一臉果然如此的表情，可惜，答案並不是他想的那樣。
“不，隻要有五組MAGI型機組。可以確定的有來自德、美、中、三國的入侵。”
“SEELE看來是全力出擊了啊。一比五的實力差距，形勢極其惡劣啊。”
“第四防火牆被突破。主數據庫封閉。。。不行，無法阻擋入侵。”
“與此同時，外殼部也被入侵，備用回路無法阻止。”
“棘手了啊。。占領了MAGI就相當於占領了總部。要怎麼做。。。老碇。”
“。。。叫她來。”隻是簡單的一句話，碇源渡就給了這次的的命令。
很快的，傳令兵就帶著文件向著NERV的囚禁室走去。而另一邊，從線路室逃出的美裏也來到了指揮台。
“狀況呢？”
“早安，前不久第二東京已下達A-801號命令，既廢除特務機關NERVj基於特權所獲得的法律保障，以及將指揮權移交給日本政府。就在剛剛，已下達了最後通牒。MAGI也開始遭到入侵。我們的處境十分惡劣。”日向彙報著當前的情況。
“MAGI的防禦工作呢。美裏詢問道。