很明顯，林彪此時完全讚同了毛澤東的部署，而且認為打錦州也是“完全有把握”了。林彪能有如此變化是很不容易的，是毛澤東和中央軍委反複耐心做工作的積極成果。在這段時間，毛澤東給林彪的電報，有的資料說是“70多封”，有的資料說是“83封”；林彪給毛澤東的電報，大體相當。
林彪對東北野戰軍的主力部隊做了決戰初期的部署：三縱、四縱、七縱、八縱、九縱、十一縱、二縱五師、炮縱、冀察熱遼軍區的幾個獨立師和騎兵師，共同向北寧線的錦州至唐山段出擊，斬斷東北和華北敵人之間的聯係；一縱、十縱、二縱主力在沈陽西邊的彰武、新立屯地區布防，準備打擊沈陽可能出來援救錦州方向的敵人；五縱、六縱布置在沈陽和長春之間，阻止沈陽之敵出援長春，同時準備阻止長春之敵可能的突圍。十二縱和5個獨立師在第一兵團司令員蕭勁光和政委蕭華的指揮下繼續圍困長春。
11948年9月12日，東北野戰軍的二縱、三縱、六縱、炮縱等部隊在四平、梅河口等車站秘密登車，向西南開去。他們是東北野戰軍從北邊南下的第一批大部隊。9天之內，連續有64次全部由加鎖的棚車組成的軍列秘密開出，將我軍10萬主力部隊送到阜新等地。由於我軍的精心組織，保密工作相當出色，連沿途的鐵路員工都不知道車中裝的是什麼，國民黨的情報機構當然未能察覺。當我軍突然有大量主力出現在北寧線戰場上時，敵人竟然一無所知。
六、蔣介石在兩難之中
毛澤東和林彪在反複爭論東北該怎麼打，最後統一了意見，形成了方案，戰役即將打響。
蔣介石和衛立煌也在反複爭論，不過他們爭論與上述的爭論不同，他們爭論的是東北該怎麼守。最後是爭論無法統一，永遠處於兩難之中。
我東北野戰軍的力量日益強大，必將對在東北的國民黨軍隊發起更為強大的進攻，這一點在國民黨的軍政人員中，是誰也不會懷疑的。在這一問題上，蔣介石集團沒有分歧。但是，如何對付目前的局麵，他們的分歧很大，一些人主張守，一些人主張撤。主張守的，當然是在以“為黨國效忠”之類的言辭來為可能打敗的後果作掩護，這類言論很容易聽到。主張撤的，則因可能受到膽小怕死之類的指責，所以很少有人敢於公開說出來。不過也有人敢說，但不是國民黨的大員，而是比國民黨的大員更有權威的美軍駐華顧問團團長巴大維，他在1948年3月正式向蔣介石提出建議，應當放棄東北，主力部隊從東北撤出來。他說：
“深信繼續固守被孤立的滿洲城市是徒勞無益的。沈陽和長春兩座孤城不能永無止境地由空運供給。”
對於這種意見，蔣介石當然是經過了認真考慮的，他也明白這種意見的充分合理性。不過對蔣介石來說，這個在軍事家眼中完全正確的意見，在政治策略上卻是難以接受的。因為在當時有幾種政治因素在強烈地影響著蔣介石的決策：
（一）蔣介石正在忙於召開“國民大會”，忙於“行憲”，他要實現他的“中華民國總統”夢。無論是在中國人麵前，還是在他看來更為重要的美國人麵前，他都要保持一個有權威、有能力、有把握、有信心的形象。這時美國已經出現了中國“需要有感召力的領袖，而這似乎是蔣委員長所不能做到的”的議論。在這種情況下，他要想繼續在中國保持獨裁者的地位，要能順利當上總統，就一定不能放棄東北。