至於人類，則分為兩大派互相攻戰。一派名為GDI，占據著全部的藍區，擁有強大的軍事力量，是藍區的守護者。另一派名為NOD兄弟會，占據著全部黃區，他們利用黃區的混亂隱藏軍隊，招募成員。GDI希望將地球恢複原貌，而NOD卻想將泰伯利亞擴散到全世界，用以完成所謂的‘人類的下一階段進化’。為此，雙方經常發生戰爭。
Leon伊文，男，二十六歲。現任GDI鋼爪部隊指揮官一職，駐守在日本藍區，對於他而言，日本是個充滿回憶的地方……
“為什麼？為什麼會變成這樣？到底發生了什麼？誰能告訴我……誰能告訴我啊？！！！”
“大家，為什麼不見了？回來！都回來啊！我不想……我不想隻剩我一個人啊！”
“啊……”
在一處山坡上，一個金發青年被噩夢驚醒，這個人就是Leon。他看了看遠處的一個巨大的圓形凹陷區，又看了看手中的一張已經泛黃的照片，長歎了一口氣自語道：“看來我還是忘不掉呢？或許，你也會笑我吧？對嗎？”他看著照片中那個有著紅色瞳孔和淡藍色頭發的少女，笑了，眼中還有一絲潤……
不知過了多久，幾架火鷹戰機從他的上空呼嘯而過，遠處還有爆炸的火光。“切，動手了嗎？那麼……戰吧！”Leon將照片放回口袋裏然後向一旁的鬥犬偵察車走去。
“這裏是第四裝甲巡邏隊……（幹擾）……我們遭到襲擊，到處都是聖徒……我們……（爆炸聲）”
“這裏是第十六野戰排，敵人數量很多，我們……（不明原因失去聯絡）”
“這裏是第十三飛行中隊，我們正在……（爆炸聲和航空機炮聲）媽的！黑手雜種有空軍！媽的！媽的！啊！！！！！！！(爆炸聲）”
Leon邊開車向基地駛去，邊收聽鋼爪各部隊之間的聯絡。看起來情況很不妙，從不具備空軍的黑手部隊竟然有了空軍，這對於缺少防空設施的第一道防線是很不利的。如果沒有猜錯，第一道防線可能已經被突破了。
很快，Leon回到了基地。他看了看戰報，倒吸了一口冷氣。黑手這次進攻的部隊數很多，僅目前看到的就有三百多隊升級了荷電粒子和黑暗門徒的聖徒。升級了淨化之炎的一百隊黑手裝甲兵和近百輛火焰坦克，以及五十多架毒液戰機。這是因為這樣第二道防線上部署的地堡群根本不起作用，一部分敵人已經突破了第二道防線，現在正向第三道防線進攻。
刹那間，基地的雷達全都失去了信號。Leon知道這是NOD的幹擾飛彈搗得鬼，現在他已經被便成了瞎子，聾子，使得本來就很糟的戰局變得更糟。
但是Leon也不是沒有對策，他立即派出數支斥候部隊收集情報，偵察敵情。同時調集了升級過軌道炮的一百輛猛獁坦克和兩百輛泰坦機甲，去支援前線。另一方麵派出兩百輛升級了穿甲彈的狼獾動力機甲去清除那些滲透進來的黑手部隊。
這是斥候部隊傳回了一個消息，滲透進來的黑手部隊集結在了那片凹陷區，並且在凹陷區的中心地帶建立了一個前進基地，而且更多的黑手部隊這向那裏集結。
“什麼？那裏不是……不行！絕不能讓他們占領那裏！”
曾經的過去，美好的回憶……絕不能被破壞掉！
想到這裏Leon立即跑到軍火庫，找到了一件升級了複合裝甲的步槍兵軍服和一把升級了穿甲彈的步槍。然後又悄悄的坐上一輛升級了軌道炮的泰坦機甲離開了基地。他要一個人去毀滅黑手的前哨站，雖然看上去像是去送死，但Leon毫不畏懼。因為他是鋼爪部隊最優秀的指揮官，他是——Leon伊文！
很快他來到那片凹陷區。在哪裏有二十多輛升級了淨化之炎的火焰坦克和五十多隊升級了荷電粒子及黑暗門徒的聖徒。前哨站的防禦也不錯，十幾座光明石碑圍著前哨站布防，看這架勢實在是很難突破。
但這難不倒Leon，他細細的觀察黑手的前哨站，以期能找到一絲破綻，終於他發現了。在前哨站的右下角油料區，防禦那裏的也隻有一座光明石碑，隻要自己擊爆其中的一個油桶，就會引起連鎖反應。到那時巨大的爆炸將化身為火龍並徹底吞噬這座前哨站。
可問題是自己前進到前哨站右上角的上方後需要俯衝而下，在這個過程中泰坦機甲將受損百分之三十到百分之二十之間。緊接在衝向油料區時還要麵對光明石碑的攻擊，一千五百米的距離雖然可以靠翻滾前進躲避。但在射擊時仍會挨上一至二發激光束，運氣不好的話，自己可能就要永化灰灰了。