李自成在山海關慘敗後，立刻就退回了北京城，李自成在一片石的慘敗，所帶出的十萬大軍僅僅隻剩下了三萬，由此他十分痛恨背叛自己的吳三桂，而吳三桂已經投降了清軍，於是李自成就把所有的憤怒都發在了吳三桂的家屬上，吳三桂的父親吳襄和家屬共三十四口都被李自成殺害了。四月二十九日，李自成慌忙的稱了帝，在明朝的宮殿武英殿中登了基，以李繼遷為太祖。（這個李繼遷是西夏的太祖，不過當時沒有稱帝，是孫子李元昊追認的，由此可見，原來李自成是西夏黨項族的後代。）就著手要退出北京城。離開這個地方，原因很簡單，李自成是陝西的農民，在北京城裏是人生地不熟，估計還不如吳三桂知道的多呢。於是他打算撤回自己的故鄉，陝西，山西一線去防守，所以不得不急。
而李自成在離開北京前還燒了明朝皇帝處理政事的宮殿，現在的故宮三大殿之一的太和殿,現在故宮裏的那座是清朝時候重建的，由於時間十分緊急，李自成並沒有來的及把所有的宮殿都燒光，這也就給我們留下了許多景觀。絕不是像朝鮮的史書《李朝實錄》所說的隻有武英殿幸存））在攻陷北京僅僅四十多天後，就逃離了北京。而離開北京後，就等同於放棄了北京的天然屏障。
第二天，李自成就離開了北京，逃往西安。而他還命令在河南，山西的部隊一起跑到西安。而多爾袞吳三桂的軍隊也趕到了北京。但是多爾袞有自己的打算，他派吳三桂繼續追擊大順軍，而不是一起進駐北京城，因為吳三桂是明軍的大將，如果他回到北京，將是順治帝在北京登基的障礙，盡管大順軍在望都時打了一場勝仗，士氣卻仍舊十分低沉。定州清水河一戰，李自成又一次戰敗，大將穀可成陣亡（這穀可成何許人也，我也沒有查到。）左光先負傷（這左光先原來是明將，後來在潼關之戰被李自成打敗而投降，那一戰，孫傳庭陣亡，第一章說到過）多爾袞進入北京後，派自己的哥哥阿濟格和吳三桂，（還有尚可喜，他是明將，後來投降了後金，是清初三大藩王之一，也是後來的削三藩時的平南王）一路，弟弟多鐸一路南下。（這路還有孔有德和耿仲明，他們兩位是在祖大壽被圍時投降的，接著上回說這孔有德殺了回來，孫元化抵擋不住，加上耿仲明和孔有德是一夥的，很快就被打敗了，於是他們就投降了清朝。這耿仲明也是另一個藩王。)阿濟格吳三桂的任務是追擊李自成而多鐸的任務是滅南明。（這時候，福王朱由崧已經在軍閥，豪強以及地主的擁護下，在南京登基做了皇帝，年號弘光，也就是第一個南明朝的皇帝。)而多爾袞的這種做法顯然是和攻入山海關時的口號是明顯違背的。（多爾袞當時得口號是為了複興明朝。)
而李自成為扭轉大順在山西、河南的頹勢，從十月十二日開始反攻河南懷慶，一口氣就打下了濟源、孟縣，在柏香鎮大敗清軍，陣斬清提督金玉和與副將常鼎、參將陳國才等，乘勝進攻沁陽，清衛輝總兵祖可法率部增援。多爾袞聞報，急令豫親王多鐸轉兵西向，先解懷慶之圍，然後由河南渡黃河，與英親王阿濟格形成南北夾攻之勢，進攻大順。李自成親率大將劉宗敏、劉芳亮等精銳部隊北上，準備與阿濟格部清軍決戰於陝北。十二月十五日，多鐸趕到了戰場，大順軍大敗，清軍的兵鋒直指潼關。由於南明弘光帝朝廷的建立和大順軍的節節敗退，很多投降大順的原明朝將領複投南明或清朝，李自成於是疑心日盛，再加上牛金星挑撥離間，終於殺死李岩等人，致使人心離散。