因晉安帝一時半會兒還回不了建康（也許永遠都回不了），為了讓己方的行動顯得更名正言順，劉裕突然宣稱接到了晉安帝的密詔：為了國家大計，在自己回鑾之前，可由晉元帝司馬睿的孫子，也就是朕的堂叔武陵王司馬遵代行皇帝執權（準確地說，是負責在劉裕及其同黨擬好的文件上蓋章）。於是給司馬遵加侍中、大將軍之職，除了桓氏一門外，大赦天下。司馬德宗總能根據桓玄或劉裕的需要，迅速提升智商，不知道他的主治醫師是誰？如此超越時代的偉大醫學家竟未能在史書中留一筆，真令人遺憾。
還有一件大事也是不能不辦的，那就是改年號。“永始”是偽楚年號，當然不能再用。之前的“大亨”也是由桓玄這位“大亨”製定的，屬於“邪惡年號”，也不能用。最後決定恢複當初由司馬元顯製定的“元興”年號，這一年（公元404年）變成了元興三年。有細心的讀者查一下正統的《中國曆史紀年表》，就會發現這幾年都是“元興”，“大亨”和“永始”好像從來沒存在過，而在實際上，真正不存在的是“元興二年”。這也是曆史上因政治需要而篡改史實的一個小例子。
劉裕此次在建康停留的時間並不長，政治稍上軌道後，他便和劉穆之一道返回了京口，把中央的行政權力實實在在地交給王謐。這樣做一來固然是為了報恩，二來劉裕畢竟出身低微，向來為士族豪門所不屑，而他們此時在朝中仍然擁有相當大的影響力，對於這些人的反對，劉裕不能視而不見。再說，劉裕此次雖立下大功，但作為一個政治暴發戶，資望還不足以完全壓製朝野。不但在世家大族中，就是一同起義的同誌中，也有很多人並不真心服他，如果他強行執政，極易成為眾矢之的。
劉裕懂得，此時以退為進，不失為明智的選擇，桓玄在這方麵顯然差遠了，還沒建下蓋世聲望，就急匆匆篡位稱帝，弄得人心不服，終致失敗。而且王謐原先就是劉裕的好友，又出身琅琊王氏這樣的頂級豪門，非常符合當時官場習慣的三公條件。且王謐為人溫和，此次更是感劉裕大恩，讓他執政一方麵絕不可能做對不起劉裕的事，和自己的代理人差不多，另一方麵也能讓劉裕在時機尚不成熟時免做出頭鳥，一舉兩得。
當然，讓王謐掌管朝政也不是沒有阻力。王謐和刁逵都算得上是桓玄大楚朝的佐命元勳，而且王謐的官位還比刁逵高得多，曾親奪安帝玉璽獻給桓玄，如果以“附逆”論，王謐的罪顯然比刁逵更大！可現在的結果是王謐高升三公，刁逵抄家滅門！這怎麼看也不像是秉公執法吧？朝野輿論對此憤憤不平，認為王謐罪大惡極，也應誅殺！如果隻是一般人這麼私下說說，倒還不妨事，劉裕幾次出麵為王謐說話，也就大事化小，小事化無了。可樹欲靜而風不止，在持此論調的人中，有一個不容忽視的重要人物，便是反桓義兵的二把手劉毅。
劉毅和王謐過不去主要原因倒不是他正義感太強，而是出於人類一個最自然的情感反應——嫉妒，不是嫉妒王謐，而是嫉妒自己的戰友劉裕。
劉毅為人心高氣傲，隻因形勢所迫，反桓需要推劉裕為首，才可能成功，一旦大業將成，究其本心，是不願意久居劉寄奴之下的。但要怎麼做才能鹹魚翻身，跳到劉裕上頭去？戰功？那就別想了，他現在無法與劉裕相比，將來恐怕也希望不大！好在劉希樂雖然出身也不怎麼高，卻是位知識分子，詩賦清談都很拿手，與多數士族豪門的交情遠勝過大老粗劉寄奴，在朝中人脈很盛。隻可惜當今這位宰相王謐偏偏是劉裕的人，和自己交情不厚。如果能把王謐搞掉，劉裕在士族中就沒有了代言人，就能把和自己關係良好的其他士族扶上台，比如謝琰的兒子謝混，這樣劉毅在中央的勢力就能和劉寄奴分庭抗禮了！