公元404、405兩年，是南方政治版圖大洗牌的時段，除了大楚王朝的旋起旋滅，劉寄奴的異軍突起外，在嶺南和巴蜀兩個外圍區域也發生了天翻地覆的變化。因為這兩個地方的變亂，後來都與劉裕產生了聯係，也有必要提一下。
引爆嶺南變局的是劉裕的老相識五鬥米道大當家盧循。自從盧大當家讓劉裕從浙江趕到福建，又從福建趕著下了海以後，他帶著那幫道友們在今天福建、廣東一帶沿海遊蕩了近一年。因為沒有了劉裕的打擊，盧循的處境大為好轉，再次顯示出他在拉幫結夥方麵的過人才幹，原本看上去已奄奄一息的部隊，又像失去監管的傳銷組織一樣，再次膨脹起來。
大約在元興三年（公元404年）的六七月份，重新恢複了元氣的盧循，乘晉朝建康政府與江陵政府激戰正酣，無力顧及周邊的機會，揮師攻入廣州（約相當於今天廣東、廣西兩省的大部分地盤），直逼番禺（廣州治所，屬南海郡，今廣州）。
別看兩晉時代的廣州比今天的廣州市麵積大出近百倍，但那時的嶺南基本上還是未經開發的蠻荒之地，遠不能與今天的廣東相提並論。比如人口數量方麵，偌大的廣州還沒有今天廣州市一個區的人口多，人口密度還比不上今天的西藏。在當時也算人煙稀少之地，因此也是晉朝統治力量比較薄弱的地方。
當時廣州刺史吳隱之雖然是晉朝一個難得的好官，但畢竟不懂軍事，而且手下兵微將寡，麵對盧循軍隊突如其來的進攻，他召集軍民，固守待援。盧循雖然不是劉裕的對手，可也算身經百戰，非尋常將領可比，手下將官多是百戰餘生，一經交手，便處上風。廣州爭奪戰打了一百多天，吳隱之的長子吳曠之戰死，但因吳隱之深得人心，軍民願為其效力，番禺一時仍然沒有失守。十月九日深夜，盧循發動突襲，助以火攻，大火漫延三千多家，有近萬人被燒死，番禺終被攻陷。吳隱之突圍未成，被盧循軍俘虜。
打下廣州後，盧循自稱平南將軍，主持廣州事務，又命徐道覆進攻始興（今廣東韶關東南），生擒太守阮腆之，堵塞了北方軍隊南下五嶺的入口。嶺南之地完全落入盧循之手。
為了證明自己進攻廣州乃正義之舉，盧循派人向老對頭劉裕控製下的建康政府進貢，同時上書：堅決擁護朝廷鏟除桓氏的正義之舉！因此盧循也積極投身到打擊桓氏集團的鬥爭中來，對桓氏死黨偽廣州刺史吳隱之（因為吳隱之的廣州刺史之職是桓玄任命的）進行了沉重的打擊。如今，嶺南的桓氏殘黨已被我肅清，吳隱之已經就擒，請求將其明正典刑！
第二年四月，盧循才接到建康朝廷的回複。由於此時桓家剛剛被平定，大亂之後，百廢待興，蜀地又發生變亂，朝廷也不打算立即對盧循用兵，便順水推舟，任命盧循為廣州刺史，徐道覆為始興相，承認他們對嶺南的占有。同時拒絕盧循懲辦吳隱之的請求，要他將吳隱之和當年被桓玄流放到廣州的王誕放還建康。盧循果然照辦，雙方開始假惺惺地“友好往來”。時近五月，盧循特意用糯米加中藥益智仁做成粽子，名曰“益智粽”，贈送給劉裕。劉裕也不客氣，回贈盧循“續命湯”（另一說為“續命縷”，按京口的風俗，在端午節時，用彩絲係臂，以避災延壽，相當於一種護身符），鉤心鬥角，心照不宣。和解是暫時的，攤牌是肯定的，為了秋後算賬，就讓你多活一段時間吧！劉裕肯給盧循“續命”的重要原因是益州出了比嶺南更大的麻煩。
再說益州刺史毛璩攻下漢中，殺了梁州刺史桓希之後，聽說桓振重據荊州，決定全力出擊，調動三萬大軍，進攻桓振。
從紙麵上看，毛璩的計劃很好，三萬軍隊兵分兩路：第一路由兩個弟弟，西夷校尉毛謹和蜀郡太守毛瑗率領，沿外水進發，即從成都府河出發，經岷江，入長江，這部分主要是益州老部隊，是比較可靠的；第二路由參軍譙縱、侯暉指揮，沿內水前進，即沿涪江、嘉陵江，入長江，這一路摻雜不少剛剛降服的梁州部隊，以及氐人組成的少數民族雇傭軍。