不過他們將教皇國獨立於三族聯盟外的野心並沒有立即表現出來，反而是一直到了近300年後，也就是公元1059年，教皇尼古拉二世為進一步確保教會首牧的選舉不受世俗力量的影響，規定維度“樞機主教”有權選舉教宗，而其他等級的樞機和羅馬教區的聖職班須接納被選出的教皇人選——至於羅馬皇帝，則隻禮貌上獲通知選舉教皇的結果。但是這樣的通知對皇帝而言必然是不禮貌的，也就從這個時期開始，羅馬皇帝和教皇之間的關係變得愈發僵硬。而對於這樣的情況，三族聯盟卻不好開口進行斡旋：一則還是那句“挑不出刺來”，尼古拉二世這種將各教區的頂尖人才聚攏到羅馬附近的做法並沒有問題，這反而是一個嚴謹的教徒應該有的想法；二則是教會力量的極大提升，使得三族聯盟的利益得到了全麵的保障，也讓他們搜集掠奪能力的難度有所下降，這是幾千年來他們從來的都不敢想象的事情。
也就是這時，那些人從內部分裂教皇和教會的手腕暴露了出來：公元1095年，教皇烏爾班二世號召西方誌願軍前往拜占庭帝國抵抗賽爾柱人從安納托利亞而來的入侵。這件事情在三族聯合會議上也有進行討論，當時烏爾班二世的理由是回應拜占庭皇帝阿曆克賽一世的求援。對此，聯合會議認為，這時教皇強化其對世俗控製力的絕好機會，就應允了烏爾班二世的行動。但是隨著這些佩戴有十字標誌的士兵和騎士的東征，以及教皇本人經常在臨戰的時候為士兵們祝福和祈禱，導致東征中的口號逐漸從“為了上帝”，演變成“為了教皇”。即使三組聯合會議高層都不是迂腐之人，但多少還是會對烏爾班二世有所不滿——這不是一個傀儡該有的榮耀。
不過，為了保證第一次十字軍東征的勝利，三族聯合會議“很聰明的”沒有插手幹預，結果這群激動萬分卻沒有任何建製和規矩的騎士們一舉攻下了耶路撒冷。
在這段時間中，教廷收獲了大量的財富，且搜集了足夠的掠奪能力者（沒有派到戰場上去，反而偷梁換柱的放到了梵蒂岡），使得教皇本人有著極大的權力和實力，也最終有能力和三組聯合會議正麵交戰——手中握著主要教區、教皇衛隊和掠奪能力部隊的烏爾班二世一出手就占據上風，將三族聯盟打得落花流水。