這時，假大喇嘛也趕來了，一看刺客被殺，假作不知，裝出一副咬牙切齒，痛恨賊人的樣子。費揚古二話沒說，上去就是一刀，把假大喇嘛突米契列兒也給砍了。康熙不知就裏，見費揚古擅自殺死大喇嘛，可動了肝火，怒氣衝衝地說：“費揚古，你的膽子也太大了，竟敢公然違抗朕的旨意，殺死住持，該當何罪？”費揚古趕快跪下，把事情原委講了一遍，又找證人小喇嘛，康熙仍不相信，問道：“既是真大喇嘛被殺，遺體現在何處？”小喇嘛忙說：“現在金佛像座龕下麵。”“領朕看來。”小喇嘛引康熙到正殿，費揚古奮起神力，抬起佛龕，裏麵果然現出大喇嘛的遺體來。這時，眾喇嘛也都聞訊趕來，個個痛哭流涕，感謝大清皇帝為寺院除了一害。康熙這才轉怒為喜，表彰了費揚古的功績，當即決定，將計就計，擊鼓為令，縱火為號，引誘噶爾丹之軍入清兵包圍圈中，一舉而殲之。費揚古領旨傳令，三軍依計而行。
這天夜裏，噶爾丹見天山寺內火起，以為康熙已被刺，發兵而來。果然中了埋伏，幾乎全軍覆沒，噶爾丹看著身旁都是士兵的屍體，派出去求和的使人回來告訴他，康熙皇帝已經不相信他的鬼花樣了。他揮手將使人逐出，馬上像被人抽了筋骨一般癱軟在地，再也不能動彈。過了半晌，方始能夠蠕動，卻又猛地跳了起來，亂蹦狂笑不止，如同一個瘋人。這時噶爾丹已是衰弱不堪，哪裏經得起如此析騰，不久又跌倒。等他再抬起頭時，那一雙鼓起的金魚眼睛卻直瞪瞪盯著康熙所在的東南方向，冒出愈來愈恐懼的光，他雙手在肮髒玻爛的羊裘裏亂摸一陣，終於摸出一包羊皮包裹的烏黑藥末，抖抖索索倒進一隻銀碗裏麵，端到嘴邊，衝著東南方向哀鳴道：“我……死後也一定要索你……魂靈……”說罷，一狠心將那碗中黑藥倒進口中，此時這個禍國擾民、萬人唾罵的曆史小醜，便叫他那大得駭人的勃勃野心斷送了自家性命。最可笑的是至死仍不覺悟。第三次北征噶爾丹，就這樣勝利地結束了。
5 一波三折——康熙平藏之亂
康熙平藏時已近晚年，他雖不能禦駕親征，但任命皇十四子允禵為撫遠大將軍，統帥西北諸軍平叛，西藏重新控製在清軍手中。
康熙晚年對西藏問題也傾注了許多心血。清兵入關以前，蒙古勢力就已進入西藏。明朝崇禎年間，西藏內部黃、白兩派喇嘛教鬥爭激烈。黃教領袖五世達賴和四世班禪派人去青海，請求在那裏遊牧的蒙古和碩特部顧實汗支援。顧實汗率領兵騎進入西藏，肅清了白教勢力，從此便留在拉薩。這樣，蒙古和碩特部和達賴喇嘛、班禪喇嘛便一直共同掌管著西藏的政教大權，清朝政府統一全國以後，很注意團結達賴和班禪兩位黃教活佛。順治九年，福臨邀請五世達賴喇嘛來到京城，盛情款待，冊封五世達賴為“天下所有釋教首領達賴喇嘛”。從此，曆世達賴喇嘛都必須經過中央政府冊封，並成為一項製度。康熙五十二年，康熙皇帝康熙又冊封五世班禪喇嘛為“班禪額爾德尼”，也規定以後曆世斑禪都必須經過中央政府冊封。
達賴和班禪喇嘛並不親自處理西藏政事，在達賴喇嘛之下設有第巴一職，總理全藏政務，西藏百姓稱第巴作藏王。康熙年間，第巴桑結是一位很有野心，也很有能力的藏人。他修建拉薩布達拉宮，整理藏醫、藏曆，對西藏文化建設有過一定貢獻。桑結不滿意蒙古和碩特部長期占領西藏，幹涉西藏事務。當時和碩特部首領已經是顧實汗的孫子拉藏汗了。拉藏汗效忠清朝，同清朝中央政府保持頻繁的聯係。桑結便轉而采取反清立場。在準噶爾叛亂期間，桑結勾結噶爾丹，反對清朝政府，陰謀自立。康熙廿一年，五世達賴羅桑嘉措在拉薩布達拉宮圓寂，桑結為了控製局勢，秘不發喪。時隔十四年以後，康熙三十五年，康熙親征噶爾丹時，才從俘虜的西藏人口中知道此事。康熙異常震怒，致書桑結，嚴詞責問。桑結迫不得已，才承認此事，並向清朝政府請罪。
康熙三十六年九月，第巴桑結為五世達賴羅桑嘉措治喪，並且宣布五世達賴的轉世靈童已經找到。按照西藏製度，尚未即位的達賴或班禪，都要認請對方擔任教師。新的達賴已在劄什倫布寺接受五世班禪羅桑益喜的教育。桑結請求清朝政府承認和冊封六世達賴。康熙考慮當時清朝對西藏的統治還很薄弱，便同意了桑結的請求。這年藏曆的燃燈節（十月），六世達賴倉央嘉措被迎到了布達拉宮，正式坐床（登位）。六世達賴倉央嘉措實際上是桑結手中的一個傀儡，和碩特部拉藏汗不願承認，雙方的矛盾日益尖銳。