乾隆四十九年（1784）四月，甘肅新教在田五的領導下再次揭竿而起，義軍以通渭縣的石峰堡為據點，積儲大量的糧食、武器。田五犧牲後，義軍在張文慶的率領下，於五月渡過黃河，攻陷通渭。乾隆遂令阿桂、福康安、海蘭察等即刻前往甘肅，直撲石峰堡。石峰堡位於萬山之中，地勢險要，易守難攻，阿桂令軍士斷其水道，對撤入石峰堡的義軍進行圍困，於七月初才攻陷石峰堡，徹底平定這次起義。
阿桂曾四次因功“圖形紫光閣”。阿桂第一次享此殊榮是在第二次平定金川告捷之後；第二次是在平定甘肅回民起義之後，此次阿桂位列功臣之首；第三次是在平定台灣林爽文起義之後。而且是再次位居功臣之首（乾隆五十三年）；第四次是在擊退廓爾喀人侵西藏之後。
在於敏中去世以後，“性頗敏捷”、“心可幹城”的阿桂被升為軍機處首席大臣，而在乾隆四十五年李侍堯勒索屬下案發，則使得內閣首輔也落到阿桂的頭上，這一年阿桂已經六十四歲。在經曆宦海的四十五年沉浮後，阿桂便成為名副其實的真宰相。
雖然阿桂隻比乾隆小六歲算不上年輕、他的文采也不是那麼出眾，但在滿人中他的確是非常出色的，論運籌帷握、決勝千裏不亞於傅恒；論治河，他的經驗、能力正好彌補高晉逝後所造成的空缺；論操守他也可與劉統勳相媲美。
乾隆四十三年夏秋之交，暴雨成災，黃河接連在祥符（今開封）、儀封一帶決堤，“廬舍禾田被淹”，就連安徽的鳳陽、宿州、懷州、蒙城、靈璧等地俱被水浸。兩江總督兼內閣首輔的高晉立即奔赴儀封、祥符主持築堤。孰料剛剛築好的堤壩在該年十二月再次被洶湧的洪水所衝塌，高晉因此受到“下部嚴議”的處分，翌年正月初十高晉在治河工地病逝。皇帝遂令阿桂前往治河工地，“查勘河工”。阿桂在抵達河工後，立即組織開郭家莊引河，又在王家莊築壩蓄水，把肆意流竄的河水引人新開的引河，以減輕儀封一帶所築堤壩的壓力。在經曆一年零八個月的風餐露宿之後，儀封一帶堤壩終於合龍。
乾隆四十五年十二月皇帝再次派遣阿桂去浙江檢查海塘工程。次年二月阿桂在視察海塘之後本應回京，正要啟程又接到“順道勘清江、陶莊河道、高堰石工”的諭令。
至於阿桂的老成持重，辦事認真，更是宰輔不可缺少的。阿桂對皇帝從來都是畢恭畢敬。而其對下屬嚴中有寬，兼之他又能嚴於律己，在同僚中享有崇高的威望。
同劉統勳相比，阿桂缺少鋒芒，以息事寧人為上策。乾隆四十七年，他奉命去浙江追查抽換王亶望入官家產一事，當陳輝祖以受王亶望之托恐金子太多礙眼而自辯時，阿桂竟以此供上奏，希圖了結此案，直到受到皇帝的批駁，才將陳輝祖以銀易金，抽換古玩字畫查清。乾隆五十一年竇光鼐疏劾浙江錢糧虧空時，就曾涉及浙江布政使盛柱〔兼任杭州織造）饋贈皇十五子永琰財物等情節。雖然立永琰為儲並未公開，但朝中一些大臣是可以猜出一二的。負責清查浙江省錢糧的大學士阿桂對此就非常敏感，在疏奏中特別強調盛柱進京所帶三萬九千兩白銀，係賣人參所得，已上交廣儲司，並未送與十五阿哥物件。阿桂不想因此而觸動國本，隻能大事化小，小事化了。
阿桂並不是乾隆有意培養的宰輔，而且他在擔任宰相時期，正值和坤在政壇崛起並扶搖直上之時，雖然和坤有取代阿桂之意，卻無取代的能力；而乾隆對阿桂解決具體事務的能力、不在臣僚中結黨以及他的平和、中庸性格的欣賞，都使得並不年輕的阿桂在宰相的位子上一幹就是十八年。
阿桂把對和坤的抑製，寄希望於嘉慶的親政上，但由於乾隆對權力的留戀，當了太上皇帝的乾隆依舊大權在握，受乾隆寵愛的和坤也依然有恃無恐。對此阿桂憂心忡忡，他曾無限感慨地對家人說道：“我年逾八十，可死；位居將相，恩遇無比，可死；子孫皆以佐部務，無所不足，可死。今忍死以待者，實欲俠皇上親政，犬馬之意得以上達。如是死，乃不恨然。”
阿桂並未能等到嘉慶親政的這一天，在嘉慶二年八月二十一日病故，終年八十一歲。、阿桂被追溢“文成”，入祀賢良祠。
六 清水教反清始末
1 無奇不有——教主王倫擺出“陰門陣”
王倫為什麼組織教徒反清？原來當時有個慧悟和尚一直在王倫的旁邊搖旗呐喊。他稱王倫才在督撫之上，對他預言說“十年當為君姓上加白字”（即“皇”），勸他“毋自棄也”。王倫於是做起皇帝夢來，自稱紫微星下凡，準備造反當皇帝。王倫是怎樣與清政府為敵的？