徐長卿悔極隱退，任長老常浩為掌門；南宮父子被常浩趕出蜀山；司徒鍾因政見不同、回護南宮父子，被逐出蜀山派（其後數年，在獨孤宇雲力柬下，司徒鍾重回蜀山修煉）。
宋哲宗元祐元年丙寅（1086）
一魔尊危害人間，仙劍派二十四代掌門常浩欲以36天罡劍陣對付魔尊。由於魔族掌旗使孔麟奸計，師弟薑清入鎖妖塔。常浩大怒，命數十精銳弟子入鎖妖塔追殺薑清與月柔霞。司徒鍾阻止未果，結果精銳部隊全滅，司徒鍾黯然下山。司徒鍾的離去導致餘下弟子良莠不齊，更無法湊齊人數，所以用35劍陣欲將魔尊封印。而魔尊將其力量灌注在三魔器中，送出五華山，35人亦因魔尊之反撲全部喪生。常浩引咎辭職。新掌門立下蜀山弟子不得入鎖妖塔門規。
宋約元祐七年壬申（1092）
獨孤宇雲以二十六代身份掌門蜀山。
宋徽宗年間
宋徽宗崇寧四年甲申（1104）趙靈兒因兩族糾紛被黑苗石長老強行帶走。隨後石遭遇白苗蓋羅嬌，雙方血戰，死傷殆盡。趙靈兒被劍聖獨孤宇雲誤會為主凶，帶上蜀山，投入鎖妖塔。李逍遙、林月如二人在司徒鍾協助下上蜀山。與獨孤談判失敗後，李、林遂殺入塔底，救靈兒，滅鎮獄明王，毀鎖妖塔。
宋徽宗政和二年壬辰（1112）
蜀山掌門李逍遙被吸入幻畫卷軸，後被王小虎一行所救。
編輯本段蜀山組織結構
掌門
蜀山最高權利者。由上一代掌門指定繼任。原本無其他限製，因第七代掌門因情而出走隱居，造成蜀山群龍無首而大亂，此後便有了隻有出家弟子才能擔任掌門的門規。
曆代掌門繼任之時，可通過“天視地聽”和已經成仙的初代掌門溝通，了解蜀山隻有曆代掌門才能了解的秘密。
長老
掌門接任後，比掌門輩分高和同輩分的弟子都有擔任長老的資格，一般掌門會分封十數個或數十個長老，有些是尊稱，有些領有實權，輔佐掌門處理門派事務。
領有實權的長老包括以下幾個職位：
真武長老：掌管武術類修煉體係中的功夫傳授、整理、創製。弟子降妖伏魔事務管理，鎖妖塔相關防衛工作。
玄氣長老：負責練氣類功法傳授，蜀山曆史文獻整理等工作。
元神長老：負責養神類功法傳授，搜集打探仙、妖、人界情報工作。
律德長老：負責蜀山弟子品行、功過評定，對賞罰提出建議，以及蜀山日常行政事務管理。
長老：沒有具體的職位和負責事項，有些並不居住在蜀山，而是雲遊在外。
弟子
蜀山弟子：新入門的弟子對外統稱“蜀山弟子”，此時的任務就是修煉，一般不參與蜀山政事，也很少承擔降妖職責，原則上沒有師父的陪伴或特許，不能單獨下山行動，無論俗家還是出家弟子都是如此。此時的蜀山弟子，隻能選擇習武、煉氣、養神三項當中的一項進行修煉。
入門弟子：當一個蜀山弟子修煉到一定程度並取得師父和掌門認可後，成為入門弟子。此時會被分配到各個長老轄下，承擔一定的工作。同時，師徒的關係開始鬆散，弟子可向任一長老求教學習任何蜀山修煉方式。升級到入門弟子，在蜀山內部通常也稱“出師”。
入室弟子：由每個長老在入門弟子中自行遴選產生，一般每個長老隻選擇1～2名，作為重點培養，將自身絕學傾饢相授。被視做該長老的接班人。
蜀山收徒一看緣法，二看慧根，三看人品，收徒比較嚴謹，有時會經過重重考察。
蜀山收弟子可以隨時要求出家為道，但一旦為道的弟子要還俗，必須離開蜀山，對外不可再自稱蜀山弟子，但原有修為如果不被濫用，一般也不會被剝奪。
觸犯門規的弟子會被逐出蜀山，視情節輕重會有剝奪修為的懲罰。
附遊戲三代中蜀山門人輩分：清→常→守→寧，獨孤宇雲和司徒鍾屬於寧字輩。
編輯本段曆代蜀山掌門
此為遊戲中出現或提及的蜀山掌門之簡介
第一代掌門：曾進入過地脈、接受天帝指引，蜀山第一個成為仙身的人、曆代掌門繼任之時，可通過“天視地聽”和已經成仙的初代掌門溝通，了解蜀山隻有曆代掌門才能了解的秘密。
第三代掌門：紀錄鎮妖劍的來曆，並在西晉末年，薑國故宮被發掘，魔劍重見天日，以鬼力擾亂人間，被其蜀山掌門俘獲……
第五代掌門：相傳煉製蜀山密藏丹藥─赤雪流珠丹，傳世僅有三顆。
第七代掌門：因情而出走隱居，造成蜀山群龍無首而大亂，此後便有了隻有出家弟子才能擔任掌門的門規。但此後的掌門徐長卿、李逍遙並非出家弟子。
第十二代掌門：聯合當時的十長老製作降妖譜，並將一部分被證實為外道的修練方法列為禁術。
第二十二代掌門：清微
代理掌門：蒼古*
第二十三代掌門：徐長卿
第二十四代掌門：常浩
第二十六代掌門：獨孤宇雲
第二十七代掌門：李逍遙
注：*清微逝後徐長卿上任前，掌門之位暫缺，掌門之職由蒼古代理。
編輯本段蜀山修煉係統
習武
[禦劍]
最基本和最常見的蜀山仙術，是通過氣而操縱劍淩空飛行，具有強大殺傷力，是每個弟子都必須掌握的仙術。
[咒術]
應用咒語祈請神明、詛咒鬼蜮的一種方術。可以感通天帝，役使鬼神，達到除邪消災、逢凶化吉的目的。
[符籙]
符和籙的合稱。符指書寫於黃色紙、帛上的筆畫屈曲、似字非字、似圖非圖的符號、圖形；籙指記錄於諸符間的天神名諱秘文，一般也書寫於黃色紙、帛上。符籙是天神的文字，是傳達天神意旨的符信，用它可以召神劾鬼，降妖鎮魔。
[禁術]
又稱“禁法”。“禁”有禁止、禁錮、遏製之意。可遏製鬼物、毒蟲猛獸和驅治疾疫。
煉氣
[存思]
一名“存想”。閉合雙眼或微閉雙眼，存想內觀某一物體或神真的形貌、活動狀態等，以期達到集中思想，去除雜念，進入氣功能境界。
[守一]
其主旨為守持人之精、氣、神，使之不內耗，不外逸，長期充盈體內，與形體相抱而為一。以為修習此術，可以延年益壽，乃至長生久視。
[行氣]
亦稱煉氣、食氣、服氣。道教早期修煉方術之一。是指一種以呼吸吐納為主，而往往輔以導引、按摩的養生內修方法。一般又分外息法和內息法兩大類。其重點在以我之心，使我之氣，養我之體，攻我之疾，從而延年益壽。
[導引]
是修煉者以自力引動肢體所作的俯仰屈伸運動（常和行氣、按摩等相配合），以鍛煉形體的一種養生術，屬氣功中之動功。
養神
[內視]
又稱“內觀”。是一種淨心止念的方術。“內視遠聽四方，令我耳目注萬裏之外。久行之，亦自見萬裏之外事。”
[存神]
亦名“思神”，意謂存思人體之中、天地之間各種“神靈”。
[辟穀]
又稱“卻穀“、“斷穀”、“絕穀”、“休糧”、“絕粒”，即不食五穀雜糧。人食五穀雜糧，要在腸中積結成糞，產生穢氣，阻礙成仙的道路。同時，人體中有三蟲，專靠得此穀氣而生存，有了它的存在，使人產生邪欲而無法成仙。