三天後，世鐸上折舉薦陳卓為新建陸軍學校總辦，軍機處孫毓汶、剛毅早就存了靜觀其變的想法，另外幾位大臣也是無可無不可，惟太後聖裁，沒有表示異議。報經慈禧首肯後，光緒十七年三月十五日，朝廷正式下文，委任陳卓為新建陸軍學校總辦，並出乎意料的沒有授陳卓文官的頭銜，而是授副將銜。
這自然是世鐸說動了慈禧後，特意下的一份恩旨，不過是以此籠絡陳卓而已。
其實吳紹基勸說世鐸出麵說動慈禧的理由，隻有一句話：皇上中意的人，未必就是皇上的人。這看似平常的一句話，裏麵卻大有學問，由誰去向慈禧說，又怎麼說，都很有講究。而放眼整個朝廷，最有資格也最能夠說動慈禧的，也隻有世鐸本人。
吳紹基果真說動了世鐸向朝廷舉薦陳卓，而且還把事情辦成了。這樣的才具和本事，讓原本並沒有報多少希望的光緒震驚之餘，也是不由得另眼相看，雖然心中多少還是有些把握不住吳紹基竭力幫助自己的用意，但是這樣一個能辦事的人，看著確實是喜歡不已，暗暗的也有了把吳紹基收在自己夾帶中的念頭。隻是眼下，他還沒有精力和時間去從容展布。
萬事俱備，所缺的隻有教官和學員了。由陳卓牽頭，吳紹基和杜懷川為輔，並由陳卓擬定人員名單，朝廷下發明旨，調北洋武備學堂的相關人員入京協助，主要是原北洋武備學堂的洋人教員，德國人博郎、艾德、拜耳等，籌建陸軍學校的事情開始有條不紊的展開。
陸軍學校的編製在北洋武備學堂的基礎上，經過陳卓和吳紹基等人的仔細磋商，也終於拿出了一個具體的章程，報到光緒手裏。
新建陸軍學校全體學員共計650人，計劃編為5個大隊，仿北洋武備學堂編製，每隊3大排，每大排3小排。每大隊126人，每大排42人，每小排14人。每大隊設置大隊長1人、副大隊長1人，學生630人，共編為步、馬、炮、工、輜5科，其中步兵科230人，其餘科目每科100人，餘20人學習戰地醫療及修械。
北洋武備學堂的學員和教官，也在朝廷的嚴旨下，陸續分為三批入京。吳紹基將先期入京的學員安置在西郊的舊營房內，由早前進京的洋教員負責管理。
考慮到北洋武備學堂原有的學員多為在營弁勇，文化素質較低，年齡也普遍較大，接受新式軍事思想和技術較為困難。陳卓準備在北洋武備學堂的基礎上，經過選拔考核後，隻保留400餘人，所缺的200餘名學員，由朝廷下旨，選擇文武舉貢員、文監生、文武候補候選員，及官紳世家子弟中文理明通身體強健者，經考試合格後入學。
而原本鬧的沸沸揚揚的旗人，這會兒反倒有些銷聲匿跡，前些日子的事情讓朝廷中的大員都閉口不提此事，鬧得那麼不像話也沒法開口。旗人們則是被先前的一頓板子打的有些懵了，再看見連先期入京北洋的學員都要負重30公斤跑10裏路，合格後才入學，不合格的遣散回家，頓時沒有了興致。
“姥姥，爺是正經旗人出身，娘胎裏就帶出的富貴，受這份苦？”看著那些滿頭大汗的北洋學員們，旗人們都是一陣哄笑。提著鳥籠，拿著蟋蟀罐，一臉不屑的搖頭離去。
也還是有些個旗人在新建陸軍學校招生處報了名，眼神遊移不定的望著已經初具規模的校舍，內中幾個臉色陰沉的人，都是長的甚為彪悍，顯然是特意為著考試過來的。