回國後的申淩，選擇了深圳這一個開放性、並具有創新活力的城市。正如他所言：“深圳這座城市具備了科技創新的開放性與包容性。”事實上，正是如此，在申淩回國創業的關鍵性階段之中，深圳市政府對於這一個回國創業的留學生博士提供了巨大的幫助，而2005年，深圳將高科技產業界以及文化創意產業列為深圳重點發展的支柱產業，更使申淩找到了發展契機。在結合自己在音樂聲紋識別專業特長，經過近兩年的市場摸索和項目試水之後，2006年，申淩正式成立了深圳市牧笛科技有限公司，並確定了企業發展重點和方向：以音樂聲紋識別和音樂搜索引擎自主產權的核心算法軟件為基礎，進入互聯網、移動互聯網和嵌入式係統等多個朝陽應用領域，為用戶提供數字音樂娛樂技術和數字音樂服務產品；成長為中國主要的數字音樂及媒體技術的提供商，為包括網絡音樂內容提供商、服務商、平台商的夥伴提供創新的數字音樂娛樂技術及服務。
而在近兩年的發展曆程之中，在申淩的銳意帶動之下，牧笛科技走上了一條頗具特色的以高技術產業為支柱、以高文化、高謀略為策劃的創新發展模式。在專注於音紋技術應用與數字音樂市場，推出了其第一個基於聲紋識別的在線音樂盜版監控係統的核心產品，成為中國國內乃至世界上第一個試水於“在線音樂盜版監控”的IT企業，成為推動在線音樂盜版監控服務產業化的創造者，為在線音樂反盜版、保護中國數字音樂的發展提供了可行的創新之路，同時也更為實現其企業的使命：全麵提升網絡音樂消費者從網絡獲取音樂資源的價值和滿足奠定了更高的基礎。
作為在線音樂盜版監控的“第一個吃螃蟹者”，申淩以及牧笛科技的聲紋在線音樂盜版監控係統其社會價值與市場價值何在呢？這也許是許多人廣為關注的問題。也許就發生在我們身邊事例能給人更多的啟示：
深圳原創歌手鳳凰傳奇及其風靡一時的流行歌曲《月亮之上》深為人們所熟識，但是由於受網絡侵權傳播和非法下載影響，其版權所有人遭受著巨大的損失卻鮮為人知：僅《月亮之上》一首歌在互聯網就被非法下載數百萬次，嚴重打擊著深圳和國內原創音樂的發展。
在數字代時代，網絡的自由流通，讓音樂脫離了光盤磁帶等傳統載體而變成隨時隨地可傳送的數據，但也給音樂版權保護帶來極大的衝擊。近年來，無線音樂巨大的市場潛力，使網絡音樂侵權行為更趨嚴重，而一些音樂搜索引擎，提供了大量盜版音樂鏈接，對網絡盜版起了推波助瀾的作用，使中國數字音樂市成長速度相對緩慢，甚至癱瘓。由於立法上的落後以及反盜版社會成本以及企業成本高的特點，長期以來，如何更為效地進行音樂版權的保護，促進與數字音樂產業的健康發展，成了數字音樂產業研究的首要課題。
正如《21世紀羅曼司》所言：“在人類日超擁擠的生存空間裏，唯一可以使人擺脫擁擠感覺的，不是別的什麼，而是創新之路。嚐試解決新問題的追求，從人群中的局部人、少數人，擴大到人群中的絕大多數人，並使之成為日常生活中有機構成的一部分，這種趨勢在二十世紀末已初露端倪……”
申淩與牧笛科技結合其音紋核心技術創新正是促使中國數字音樂市場走出困境、為國內原創音樂產業反盜版提供“防火牆”，促進反盜版行動和觀念成為中國互聯網用戶日常意識和行為的一項全新的科技創新。
牧笛科技的音樂聲紋技術，是從聲音文件中提取的特征信息信號處理技術，正如同人的指紋是一個人所獨有的特征一樣，聲紋也是一首歌曲所獨有的特征。通過比較聲紋的相似程度，可以判斷哪一些歌曲是通過轉換格式而得到的數字音樂，從而發現隱藏在互聯網各個角落的盜版音樂。牧笛在線音樂盜版監控係統的特點有：一、獨特的聲紋提取算法。從mp3、wma文件中其他音樂信號特征，在沒有文字信息的情況下直接判斷歌曲是否來源於同一張CD；