一、微生物汙染
微生物汙染是指由細菌與細菌毒素、黴菌與黴菌毒素和病毒造成的食品生物性汙染。
微生物可以直接或間接地通過各種途徑汙染食品，並不斷地利用食品中的豐富營養進行侵入、生長繁殖，最後導致食品腐敗變質，甚至引發食物中毒。因此，了解微生物汙染食品的途徑、生長繁殖的條件，對防止食品腐敗變質與中毒事件發生具有非常重要的意義。
二、微生物汙染食品的途徑
微生物汙染食品的途徑可分為兩大類：內源性汙染和外源性汙染。
（一）內源性汙染
凡是作為食品原料的動植物體，由於本身帶有的微生物而造成的食品汙染稱為內源性汙染，也稱第一次汙染。如畜禽在飼養期間，其消化道、上呼吸道和體表總是存在一定類群和數量的微生物；受到沙門菌、炭疽杆菌等病原微生物感染的畜禽的某些器官和組織內會有病原微生物存在。
（二）外源性汙染
食品在生產加工、運輸、貯藏、銷售、食用過程中，通過水、空氣、人、動物、機械設備及用具等發生的微生物汙染稱為外源性汙染，也稱第二次汙染。
1.水汙染
水既是食品的原料或配料成分，也是清洗、冷卻、冰凍等食品生產加工過程中不可缺少的物質，設備、環境及工具的清洗也需要大量用水。各種天然水源（地表水和地下水）不僅是微生物的汙染源，也是微生物汙染食品的主要介質。自來水是天然水淨化消毒後供飲用的，正常情況下含菌較少，但若自來水管出現漏洞、管道中壓力不足或暫時變成負壓時，則會引起管道周圍環境中的微生物滲漏進入管道，使水中的微生物數量增加。生產所用的水如果被生活汙水、醫院汙水等汙染，就會使微生物數量驟增，水中不僅含有細菌、病毒、真菌、鉤端螺旋體，還可能含有寄生蟲，用這種水進行食品生產會造成嚴重的微生物汙染，甚至可能導致其他有毒物質汙染。所以水的衛生質量與食品的衛生質量密切相關，食品生產用水必須符合飲用水標準。
2.空氣汙染
空氣中的微生物可能來自土壤、水、人及動植物的脫落物和呼吸道、消化道的排泄物。人體的痰沫、鼻涕與唾液的小水滴中含有的微生物包括病原微生物，它們可隨著灰塵、水滴的飛揚、沉降而汙染食品，人在講話或打噴嚏時，距人體1.5m的範圍內是直接汙染區，因此不應使食品直接暴露在空氣中。
3.人及動物接觸汙染
從事食品生產的人員，如果不經常清洗身體、衣帽，會有大量的微生物附在其上，通過皮膚、毛發、衣帽與食品接觸而造成汙染。食品在加工、運輸、貯藏及銷售過程中，如果被鼠、蠅、蟑螂等直接或間接接觸，同樣會造成微生物汙染。研究發現，每隻蒼蠅帶有數百萬個細菌，80%的蒼蠅腸道中有痢疾杆菌，鼠類糞便中有沙門菌、鉤端螺旋體等病原微生物。
4.加工設備及包裝材料汙染
食品生產加工、運輸、貯藏過程中所用的各種機械設備及包裝材料，在未經消毒或滅菌前，會帶有不同數量的微生物而汙染食品，使用未經消毒滅菌的設備越多，造成微生物汙染的機會也越大。已經消毒滅菌的食品，如果使用的包裝材料未經滅菌處理，則會造成食品的二次汙染。
三、食品的腐敗變質
（一）食品腐敗變質的定義
食品腐敗變質是指食品受到各種內外因素的影響，其原有化學性質或物理性質發生變化，降低或失去其營養價值和商品價值的過程，如魚肉的腐臭、油脂的酸敗、水果蔬菜的腐爛和糧食的黴變等。
食品腐敗變質的原因較多，有物理因素、化學因素和生物性因素，如動、植物食品組織內酶的作用，昆蟲、寄生蟲以及微生物的汙染等。其中由微生物汙染所引起的食品腐敗變質最重要和普遍，食用已腐敗變質的食品極易發生食物中毒。據中國衛生部通報，微生物性食物中毒事件多年來居全國食物中毒事件首位。在此僅討論由微生物的汙染而引起的食品腐敗變質問題。