樣品分為大樣、中樣、小樣三種。大樣指一整批；中樣是從樣品各部分取的混合樣，一般為200g；小樣又稱為檢樣，一般以25g用於檢驗。樣品的采集在食品的檢驗中是極為重要的一步，樣品的種類不同，采樣的數量及方法也不一樣。但所采集的一切樣品必須具有代表性，即所取的樣品能夠代表食物的所有成分。否則即使一係列檢驗工作非常精密、準確，其結果也毫無價值，甚至會出現錯誤的結論。那麼這就要求檢驗人員掌握正確的采樣方法，了解食品加工的批號、原料的來源、加工方法、保藏條件、運輸和銷售中的各個環節。
一、食品微生物檢驗的取樣方案
目的不同，取樣方案也不同。檢驗目的可以是用微生物檢驗去判定一批食品合格與否，也可以是查找食物中毒病原微生物，還可以是鑒定畜禽產品中是否含有人獸共患病原體等，檢驗目的決定取樣方案。
(一)取樣方案
目前國內外使用的取樣方案多種多樣，如一批產品采若幹個樣後混合在一起檢驗，按百分比抽樣；按食品的危害程度不同抽樣；按數理統計的方法決定抽樣個數等。不管采取何種方案，對抽樣代表性的要求是一致的。最好是對整批產品的單位包裝進行編號，實行隨機抽樣。
(二)食物中毒微生物檢驗的取樣
當懷疑食物中毒時，應及時收集可疑中毒源食品或餐具等，同時收集病人的嘔吐物、糞便或血液等。
(三)人畜共患病病原微生物檢驗的取樣
當懷疑某一動物產品可能帶有人畜共患病病原體時，應結合畜禽傳染病學的基礎知識，采取病原體最集中、最易檢出的組織或體液送檢驗室檢驗。
二、食品微生物檢驗采樣方法
按照上述采樣方案，能采取最小包裝的食品就采取完整包裝，必須拆包裝取樣的應按無菌操作進行。不同類型的食品應采用不同的工具和方法。
(一)液體食品
充分混勻，用無菌操作開啟包裝，用100mL無菌注射器抽取，注入無菌盛樣容器。
(二)半固體食品
用無菌操作拆開包裝，用無菌勺子從幾個部位挖取樣品，放入無菌盛樣容器。
(三)固體樣品
大塊整體食品應用無菌刀具和鑷子從不同部位割取，割取時應兼顧表麵與深部，注意樣品的代表性，小塊大包裝食品應從不同部位的小塊上切取樣品，放入無菌盛樣容器。
（四)冷凍食品
大包裝小塊冷凍食品按小塊個體采取；大塊冷凍食品可以用無菌刀從不同部位削取樣品或用無菌小手鋸從凍塊上鋸取樣品，也可以用無菌鑽頭鑽取碎屑狀樣品，放入盛樣容器。
固體樣品和冷凍食品取樣還應注意檢驗目的，若需檢驗食品汙染情況，可取表層樣品；若需檢驗其品質情況，應取深部樣品。
(五)生產工序監測采樣
1.車間用水
自來水樣從車間各水龍頭上采取冷卻水，湯料等從車間容器不同部位用100mL無菌注射器抽取。
2.車間台麵、用具及生產人員手的衛生監測
用5cm2無菌采樣板及5支無菌棉簽擦拭25cm2麵積。若所采表麵幹燥，則用無菌稀釋液濕潤棉簽後擦拭，若表麵有水，則用幹棉簽擦拭，擦拭後立即將棉鑒頭用無菌剪刀剪入盛樣容器。
3.車間空氣采樣
直接沉降法：將5個直徑90mm的普通營養瓊脂平板分別置於車間的四角和中部，打開平皿蓋5min，然後蓋上平皿蓋送檢。