卻說司馬光病歿以後，呂公著獨秉政權，一切黜陟，仍如光意，進呂大防為中書侍郎，劉摯為尚書右丞，蘇軾為翰林學士。軾奉召入都，僅閱十月，三遷清要，尋兼侍讀；每入值經筵，必反複講解，期沃君心。一夕值宿禁中，由中旨召見便殿，太皇太後問軾道：“卿前年為何官？”軾對道：“常州團練副使。”太皇太後複道：“今為何官？”軾對道：“待罪翰林學士。”太皇太後道：“為何驟升此缺？”軾對道：“遭遇太皇太後，及皇帝陛下。”太皇太後道：“並不為此。”軾又道：“莫非由大臣論薦麼？”太皇太後又複搖首。軾驚愕道：“臣雖無狀，不敢由他途希進。”太皇太後道：“這乃是先帝遺意，先帝每讀卿文章，必稱作奇才奇才，但未及進用卿哩。”軾聽了此言，不禁感激涕零，哭至失聲。士伸知己，應得一哭。太皇太後亦為泣下。哲宗見之對哭，也忍不住嗚咽起來。十餘歲童子，當作此狀。還有左右內侍，都不禁下淚。大家統是哭著，反覺得大廷岑寂，良夜淒清。太皇太後見了此狀，似覺不雅，即停淚語軾道：“這不是臨朝時候，君臣不拘禮節，卿且在旁坐下，我當詢問一切。”言畢，即命內侍移過錦墩，令軾旁坐，軾謝恩坐下。太皇太後問語片時，無非是國家政要。軾隨問隨答，頗合慈意，特賜茶給飲。軾謝飲畢，太皇太後複顧內侍道：“可撤禦前金蓮燭，送學士歸院。”一麵說，一麵偕哲宗入內。軾向虛座前申謝，拜跪畢儀，當由兩內侍捧燭導送，由殿至院，真個是曠代恩榮，一時無兩。確是難得。
軾感知遇恩，嚐借言語文章，規諷時政。衛尉丞畢仲遊貽書誡軾道：“君官非諫官，職非禦史，乃好論人長短，危身觸諱，恐抱石救溺，非徒無益，且反致損呢。”軾不能從。時程頤侍講經筵，毅然自重，嚐謂：“天下治亂係宰相，君德成就責經筵。”因此入殿進講，色端貌莊。軾說他不近人情，屢加抗侮。當司馬光病歿時，適百官有慶賀禮，事畢欲往吊，獨程頤不可，且引《魯論》為解。謂：“子於是日哭則不歌。”或謂：“哭乃不歌，未嚐雲歌即不哭。”軾在旁冷笑道：“這大約是枉死市的叔孫通，新作是禮呢。”諧語解頤，但未免傷忠厚。頤聞言，很是介意。是不及乃兄處。軾發策試館職問題有雲：“今朝廷欲師仁宗之忠厚，懼百官有司，不稱其職，而或至於偷。欲法仁宗之勵精，恐監司守令，不識其意，而流入於刻。”右司諫賈易，右正言朱光庭，係程頤門人，遂借題生釁，劾軾謗訕先帝。軾因乞外調。侍禦史呂陶上言：“台諫當秉至公，不應假借事權，圖報私隙。”左司諫王覿亦奏言：“軾所擬題，不過略失輕重，關係尚小，若必吹毛求疵，釀成門戶，恐黨派一分，朝天寧日，這乃是國家大患，不可不防。”範純仁複言軾無罪。太皇太後乃臨朝宣諭道：“詳覽蘇軾文意，是指今日的百官有司，監司守令，並非譏諷祖宗，不得為罪。”於是軾任事如故。
會哲宗病瘡疹，不能視朝，頤入問呂公著道：“上不禦殿，太皇太後不當獨坐。且主子有疾，宰輔難道不知麼？”越日，公著入朝，即問帝疾。太皇太後答言無妨。為此一事，廷臣遂嫉頤多言。禦史中丞胡宗愈，給事中顧臨，連章劾頤，不應令直經筵。諫議大夫孔文仲，且劾頤汙下囗巧，素無鄉行，經筵陳說，僭橫忘分，遍謁貴臣，勾通台諫，睚眥報怨，沽直營私，應放還田裏，以示典刑。誣謗太甚，孔裔中胡出此人？乃罷頤出管勾西京國子監。自是朝右各分黨幟，互尋仇隙，程頤以下，有賈易、朱光庭等，號為洛黨；蘇軾以下，有呂陶等，號為蜀黨。還有劉摯、梁燾、王岩叟、劉安世等，與洛、蜀黨又不相同，別號朔黨，交結尤眾。三黨均非奸邪，隻因意氣不孚，遂成嫌怨。哪知熙豐舊臣，非竄即貶，除著名諸奸人外，連出入王、呂間的張璪、李清臣，亦均退黜。若輩恨入骨髓，陰伺間隙，這三黨尚自相傾軋，自相擠排，這豈非螳螂捕蟬，不顧身後麼？插入數語，隱伏下文。
文彥博屢乞致仕，詔命他十日一赴都堂，會議重事。呂公著亦因老乞休，乃拜為司空，同平章軍國事。授呂大防、範純仁為左右仆射，兼中書門下侍郎，孫固、劉摯為門下中書侍郎，王存、胡宗愈為尚書左右丞，趙瞻簽書樞密院事。大防樸直無黨，範純仁務從寬大，亦不願立黨。二人協力佐治，仍號清明。右司諫賈易，因程頤外謫，心甚不平，複劾呂陶黨軾，語侵文彥博、範純仁。太皇太後欲懲易妄言，還是呂公著替他緩頰，隻出知懷州。胡宗愈嚐進君子無黨論，右司諫王覿偏上言宗愈不應執政。前說不應有黨，此時複因宗愈進無黨論，上言劾論，自相矛盾，殊不可解。太皇太後又勃然怒道：“文彥博、呂公著亦言王覿不合。”範純仁獨辯論道：“朝臣本無黨，不過善惡邪正，各以類分。彥博公著，皆累朝舊人，豈可雷同罔上？從前先臣仲淹，與韓琦、富弼，同執政柄，各舉所知，當時蜚語指為朋黨，因三人相繼外調，遂有一網打盡的傳言。本王拱辰語。此事未遠，幸陛下鑒察！”隨複錄歐陽修朋黨論，呈將進去。太皇太後意未盡解，竟出覿知潤州。門下侍郎韓維，亦被人讒訴，出知鄧州。太皇太後初欲召用範鎮，遣使往征。鎮年已八十，不欲再起，從孫祖禹，亦從旁勸止，乃固辭不拜。詔授銀紫光祿大夫，封蜀郡公。元祐三年，病歿家中。鎮字景仁，成都人，與司馬光齊名，卒年八十一，追贈金紫光祿大夫，諡忠文。