清初，西北方居住的蒙古族分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內部又分為紮薩克圖、土謝圖、車臣等三部。漠西厄魯特蒙古內部又分為準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關之前，漠南蒙古就已歸附清朝，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關係密切。
厄魯特蒙古的準噶爾部，從17世紀中葉以後逐漸強盛起來。特別到噶爾丹為汗時期，勢力更加強大。他不僅統治了厄魯特四部，而且占領了天山南路各回城，勢力達到青海、西藏地區。為了實現割據一方的野心，噶爾丹與正在對外擴張的沙俄勾結起來，於1688年春，對喀爾喀蒙古發動了突然進攻。在清政府的幫助下，噶爾丹暫時退兵。
1690年，噶爾丹在沙俄的支持下，率二萬多騎兵，向內蒙古大舉進攻。康熙帝曾先後於1690年，1696年和1697年三次親征，耗費糧餉無數才打敗了叛軍。最後，噶爾丹染病死去。
噶爾丹叛亂被粉碎以後，喀爾喀蒙古各部又回到了原來的居住地。清政府設置將軍和參讚大臣率兵駐守科布多和烏蘇雅台等重鎮，加強了對喀爾喀蒙古地區的管理和統治。
此後，滿清政府又先後平息了噶爾丹的侄子阿拉布坦的叛亂，青海和碩特部羅卜藏丹津的叛亂和準部貴族阿睦爾撒納在伊犁發動的叛亂。並改西寧衛為西寧府，設立青海辦事大臣，分蒙古族為二十九旗，加強了對青海的管理；在新疆設立伊犁將軍、參讚大臣、劣謨大臣、都統等，率兵分駐伊犁、塔城等地，鞏固了對天山北路的統治。