然則情形尚不如是簡單，HerbetFranzSchurmann的研究，華北在元世祖忽必烈掌握之前，並無有效的中央政府，而是全民被分為很多的“封祿”，元時稱為“投下”，隸於蒙古貴族之下，中央政府成立這後，才逐漸的將財政稅收集中。可是內中有很多特殊的戶專對某某貴族履行種種不同的義務，迄未革除。例如朝代中期，還有貴族領有“采珠戶”３萬戶的例子，看樣子也不是真有這麼多的戶口采辦珍珠，而是他們有集體供奉珠寶的義務。又如很多漏於登記的戶口，查出後編為“淘金戶”，也不是實際上強迫他們去當礦工，而是課以一種高稅率的財政義務。
華南的稅收則是計畝抽稅，宋朝的底賬在臨安接收之後，都已送到北方。可是在宋朝時其數目字即已模糊。元朝除在長江三角洲一帶征實物外，一般按底賬納鈔。忽必烈在幾年之內驟得江南，又要籠絡人心，所以一般折換率都對納稅人有利。其受實惠者則為地主而非貧民，而南方人所納賦稅較北方人為低，也迭經有正義感的官員提出。
在元世祖忽必烈的領導之下，有一批色目人，一再提倡“核算錢穀”。有如回紇人阿合馬替世祖理財２０年，他增加新稅收，核實發現隱匿，為皇帝信用，做到中書平章政事，也一手掌握宰相的實權，有派遣手下官僚到各處勘察的權力，為正規的廷臣年不滿，直到他為人謀殺之後忽必烈還將凶手明正典刑。又等到阿合馬及其手下人貪汙枉法的情事為眾口一辭的揭舉，皇帝才命令發墓戮屍。又有漢人世榮和西番人桑哥也企圖替忽必烈加強財政的管製，也遇到類似的命運。桑哥得意之日，各處替他立“德政碑”，後來他為眾人攻擊，一個近臣尚且向忽必烈進言：“今日百姓失業盜賊峰起，召亂在旦夕，非亟誅之，恐為陛下憂。”元世祖才先後判兩人死刑，他們的手下親信也被懲處，連以前作桑哥政碑的翰林也被波及。所以趙翼指斥“嗜利”的實為世祖本人，因為他“在位三十餘年，幾與此三人者相為始終”。《元史》的編者則把三人列入“奸臣傳”內。我讀中國曆史尤其留心財政史幾十年的經驗，則覺得元朝財政稅收亟應整理，同時其國家的收入也大可增加。隻是在當日專製皇權之下，由二三悻臣主持，必無好結局。而這時候“天下騷然江淮尤甚”，以至“民有附郭美田，輒取為己有，內通貨賄，外示威刑”，也不能說全是誣陷之辭，沒有事實上的根據。不過歸根結柢，這種種情形還是由於當日無法產生一個確切核實的會計製度，所以“寬仁”則一切馬虎，“務實”則下端的殘虐無法遏止，很難說得是個人的錯誤，隻是忽必烈是一個手段靈活的大政治家，他又亟於要在各方討好，才不惜歸罪於少數的臣下以保全自己的名譽。
這件事情也終忽必烈之世尚沒有著落。１２９１年禦史台奏言：“鉤考錢穀自中統初至今餘三十年（應作三十餘年）更阿合馬桑哥當國，設法已拯，而其餘黨公取賄賂，民不堪命不如罷之。”皇帝的旨意則是“議擬以聞”，可是以後也沒有確切的下文。
所以忽必烈遺留的一套財政機構，既不副實，也很紊亂。耗費於王公貴族之私囊的既多，國庫的收入就受影響。所以除了上述３個“奸臣”以遊擊戰的方式增加財源以外，還要靠以戰時姿態於法外征集人員與物資。中統正元間他發的鈔票還不算過多，繼位的皇帝就不能再保持這種紀錄，終演成元末的惡性通貨膨脹。這種情形也解釋了元朝不能成為一個有主體性的朝代之原因，同時也留下了朱元璋必須以鐵腕開創他的係統之背景。
忽必烈的宗教政策，也經後人議論，現在看來，他不相信任何宗教掌握著絕對的真理。各種宗教都可以當作行政的工具。如果僧侶方丈修道士之流任為官吏，與他們同信條的人民就容易治理。所以他早年求“聞學才識”的讀書人，也遣人在各處尋訪“醫、儒、僧、道”。劉秉忠已出家為僧，他又叫他還俗，給他複姓賜名，參加樞密院（一個軍事機構）的會議。他在１２６５年接見馬可波羅的父親和伯父的時候，還央請他們轉告教皇，派一百個天主教的長老僧侶，幫助他管理一個日形壯大的帝國。南宋覆亡時在臨安降元的是幼帝趙□，當時５歲不到，以後定居大都，也承忽必烈照顧。當時趙□１７歲，世祖命他到土番學佛，可惜的是我們也不知道此人的下落。