不過，郭嘉亦認為劉備有萬人敵關羽、張飛跟隨，而劉備得人心，不會為人之下。所以向曹操上諫：“古人有說：‘一日放縱敵人，便成數世的禍患。’宜早些建立恰當的位置。”意思就是要軟禁劉備，但曹操卻不接納軟禁劉備的計謀，為了使他心服於自己，反而對劉備更親近。
同年九月，曹操出兵攻打虎踞徐州的呂布。曹軍先破彭城，再敗呂布，最後圍困下邳。呂布堅守不出。戰役持續了大半年，曹操見士兵疲憊，準備放棄。這時，郭嘉卻看出了勝機。他以項羽為例勸諫曹操，提出“有勇無謀者若氣衰力竭之時，便不久於敗亡”的觀點，勸曹操急攻。曹操依郭嘉計策而行，一麵攻城，一麵決堤水掩下邳，果然於同年月攻克下邳，擒殺呂布。
公元199年（建安四年），劉備借趁袁術北投袁紹之機，主動向曹操請求前去截擊。這時，恰好郭嘉不在身邊，曹操就同意了劉備的請求。待郭嘉於程昱回來，得知此事後一起勸阻曹操：“放走劉備，會生變量了！”但當時劉備已走，而且奪取下邳，舉兵對抗曹操，曹操悔恨不聽郭嘉之言。
公元200年（建安五年），曹操為了免於將來同袁紹作戰時前後受敵，決定先消滅在徐州立足未穩的劉備。當時諸將皆怕袁紹乘機來攻許都，到時候前進無法作戰、撤退失去了據點。曹操也感到疑慮，於是詢問郭嘉的建議，郭嘉分析道：“袁紹向來優柔寡斷，不會迅速作出反應。劉備人心未歸，立足未穩，迅速進攻，他必敗無疑。然後再回師對付袁紹，這是改變腹背受敵的最好機會，決不能失去。”於是，曹操舉師東征，大破劉備，俘虜了劉備的妻子，擒了關羽，進而又擊破了和劉備聯合的東海賊寇。情況正如郭嘉所料，袁紹果然還沒有作出反應，劉備就已被擊敗。
也就在曹操與袁紹相持官渡之時，又一個令人不安的消息傳到曹營：江東豪傑孫策，準備發兵偷襲曹操位於許都的根據地。與袁紹相持中已經處於劣勢的曹操，根本不可能再抽出兵力保衛許都。而一旦許都失守，曹操陣營將立刻分崩離析。這是曹營中人心最為動亂的時期，不少人開始暗中向袁紹獻媚，準備為自己留條後路。
當時，曹軍中與袁紹私下有書信往來者很多，官渡之戰後，在袁營中就搜出了不少通敵竹簡。在此緊急關頭，郭嘉預測說：“孫策剛剛吞並了江東，所誅殺的都是些英雄豪傑，他是能讓人效死力之人。但是孫策這個人輕率而不善於防備，雖然他擁有百萬之眾，卻和他一個人來到中原沒什麼兩樣。如果有刺客伏擊，那他就不過是一人之敵罷了。在我看來，孫策必定要死死於刺客之手。”孫策到了江邊，尚未渡江，果然被仇敵許貢的門客所殺。這或許是巧合，但確實為郭嘉的神機妙算添上了一筆。
公元202年（建安七年），官渡之戰大敗而歸的袁紹病逝，曹操進攻他的兩個兒子，連戰連捷。曹軍諸將都想乘勝攻破二袁，可就在此時，先前力主北進的郭嘉卻力排眾議，獨進奇策，建議退兵。他為曹操分析了袁氏兩兄弟之間的矛盾，說：“袁譚、袁尚素來互不相服，又有郭圖，逢記這樣的謀臣在當中攙和，必然要反目。不如先南征劉表，靜待其變，變成而後擊之，一舉可定也。”
郭嘉建議曹操裝作向南攻擊劉表之勢，“以待其變”。果然，曹軍剛回到許昌，袁軍生變的消息就已傳來。曹操乘機回軍北上，將袁譚、袁尚各個擊破，二袁一死一逃。因為郭嘉的妙計，這一仗贏得既輕鬆又順利。
公元204年（建安九年），郭嘉被封為洧陽亭侯。
公元205年（建安十年），郭嘉建議曹操多多招募重用青、冀、幽、並四州名士，收附民心，徹底鞏固控製抵禦。曹操采納了他的意見，甚至重用了曾經詆毀過自己的陳琳，果然有千金市骨之效。
郭嘉於公元207年（建安十二年）建曹操攻打胡人，卻因為水土不服，氣候惡劣，再加上日夜急行又操勞過度，郭嘉患疾病去世。