戰爭爆發時，解放陣線僅有7000人，擁有的武器多數是"二戰"時期的毛瑟槍。而葡萄牙政府軍則擁有一支規模龐大的軍隊，人數大約23000人，並有一支近千人的特種部隊。該部隊擁有先進的武器，步槍如HKG3與FNFAL，重機槍如HK21，重武器如60毫米、81毫米和120毫米擲彈筒、榴彈炮與各種輕裝甲車。此外，葡萄牙還在莫桑比克配備了空軍和海軍，為地麵部隊提供強大的火力支援。
有了蘇聯和其他社會主義國家的支持，莫桑比克解放陣線實力大增。解放陣線軍事領導人菲利普·薩繆爾·馬蓋亞說，感謝蘇聯等國的幫助，他的部隊受益匪淺。的確，該遊擊隊從蘇聯、古巴等國獲得了大量武器，步槍有莫辛-納甘步槍、SKS、AK-47及蘇製PPSh-41衝鋒槍。常見的機槍有DP機槍、DShK和SG-43。此外，遊擊隊還擁有迫擊炮、無後坐力炮、火箭筒、高射炮及SA-7式便攜防空導彈。除了武器之外，遊擊隊還得到了蘇聯軍事專家的訓練，學會了越南遊擊戰術。
戰爭是政治的延伸。一開始，解放陣線最高領導人愛德華·孟德蘭采取和平獨立解放運動，希望葡萄牙能夠讓莫桑比克獨立，然而葡萄牙堅決不答應。雙方於1964年談判破裂。於是，孟德蘭隻好下令組織在莫桑比克境內開展遊擊戰。
解放陣線采取了遊擊戰術。他們在葡萄牙軍隊巡邏的路上設置埋伏，破壞鐵路和通信設施，襲擾敵人。他們通常以10-15人的小隊為作戰單位發起進攻，此外，遊擊隊還充分利用雨季優勢襲擊敵人。葡萄牙雖然裝備精良，部隊數量多，但是卻無所適從，他們隻能追著遊擊隊跑，可是又跟不上遊擊隊。
遊擊隊一完成任務立即消失在叢林裏，而葡萄牙軍隊卻往往因為戰線太長，補給困難而難以圍殲遊擊隊。
經過多年的作戰，1967年，遊擊隊控製了莫桑比克五分之一的土地和七分之一的人口，取得了重大勝利。此刻遊擊隊實力規模擴大，它擁有8000名士兵，擁有口徑機槍，防空步槍，75毫米無後坐力炮與122毫米火箭炮等多種武器。
眼見解放陣線實力增強，葡萄牙政府便改變政策，開始重視莫桑比克現代化建設，其中包括修建大壩、鐵路、公路、學校、醫院等，希望能夠爭取民心。然而，現代化建設並沒有讓葡萄牙獲得民心，相反，葡萄牙惹怒了當地居民。比如，葡萄牙修建加赫拉·巴薩大壩，這原本是一項惠民工程，但是葡萄牙為了修建工程，強迫居民搬遷，引發了民怨。大壩建好之後，由於它攔住了水源，致使下遊民眾不能夠享受水澇帶來的恩惠，因此他們也對葡萄牙政府不滿。
惠民工程不得民心，葡萄牙政府便派人行刺解放陣線領導人，企圖瓦解遊擊隊。1969年2月3日，愛德華·孟德蘭在坦桑尼亞的辦公室被炸彈炸死。解放陣線最高領導人被炸死的消息一經傳出，解放陣線就軍心大亂，並開始展開了一輪清洗運動。不過，解放陣線很快就團結一致，堅決對外。他們使用地雷陣，殺傷葡萄牙軍隊。據調查顯示，傷亡的葡萄牙士兵中有三分之二是因為踩了遊擊隊的地雷而喪命。遊擊隊的地雷陣一時間聞名於世。的確，地雷陣不僅大力損傷了葡萄牙部隊，還嚴重打擊了葡萄牙軍隊的士氣。
收攏民心不可行，暗殺也沒有效果，葡萄牙政府隻好動用特種部隊"弗雷查斯"和轟炸機。在當地，"弗雷查斯"非常有名，它是葡萄牙設立的特種部隊，其成員絕大多數是叛變的解放陣線成員。在經過一階段的特種訓練之後，他們具備了極強的作戰能力。
一開始，葡萄牙派出轟炸機輪番轟炸遊擊隊根據地，然後出動特種部隊圍剿。一開始，這一策略很有成效，葡萄牙軍隊摧毀了一百多個遊擊隊基地，繳獲了大量武器。但是隨著戰爭的發展，葡萄牙軍隊開始吃不消了，他們遭到了來自四麵八方的遊擊隊的攻擊，傷亡人數遠遠超過了遊擊隊的傷亡人數。很顯然，這種作戰方式依舊沒有取得應有的戰果。