眼見全麵掃蕩計劃無法繼續實行，蘇軍又製定了作戰方案，改全麵掃蕩為重點圍剿。他們確定了作戰方案：在固守主要城市和交通要道的同時，集中兵力對遊擊根據地進行重點圍剿。此外，蘇軍還改變了戰術，他們根據遊擊戰的特點製定了先封鎖、次轟炸、再合擊、配機降的戰術。此次圍剿的重點區域有潘傑希爾穀地、庫納爾哈、霍斯特、坎大哈等。
作戰方案製定後，蘇軍便展開了重點圍剿行動，對重點區域進行猛烈進攻。1982年4月，蘇軍調集2萬多人，出動飛機、坦克、大炮，向根據地發動進攻。其中蘇軍進攻潘傑希爾遊擊隊根據地的次數就高達8次。蘇軍憑借武器優勢，曾經一度突破遊擊隊的防線，攻占潘傑希爾。不過，在遊擊隊的分進合擊下，潘傑希爾又回到遊擊隊手中。
總體而言，蘇軍的重點圍剿計劃是失敗的。雖然蘇軍在付出高昂的代價後占領了一些遊擊隊根據地，但是卻未能消滅遊擊隊的主力，幾乎每次圍剿之後，遊擊隊便重新回到根據地繼續遊擊戰。
為了清剿遊擊隊，蘇軍開始從國內增調部隊，將在阿富汗的蘇軍部隊人數增加到14萬，將喀布爾政府軍增加到7萬。可是，遊擊隊發展得更快，到1985年，阿富汗遊擊隊人數高達10萬人。
這裏麵有兩方麵原因：一是由於蘇聯攻打阿富汗是侵略行為，因此引發了阿富汗民眾的同仇敵愾，阿富汗民眾紛紛加入遊擊隊；二是蘇軍的侵略行徑遭到了國際社會的譴責，許多國家如埃及、巴基斯坦等開始紛紛支持阿富汗遊擊隊，他們不僅給遊擊隊提供武器彈藥，有些國家還組織了誌願軍前來支援阿富汗遊擊隊，比如沙特大富豪本·拉登就組織了誌願軍入阿抗蘇。
當然，在此期間，國際社會也對蘇聯施加了壓力，要求它與遊擊隊代表進行談判。1982年6月，蘇聯與阿富汗遊擊隊代表在日內瓦開始會談。這一談就是3年，然而雙方最終沒有達成任何協議。
為此，阿富汗遊擊隊更加堅定地抗擊到底。他們手拿AK-47，埋地雷、破壞鐵路、襲擊蘇軍，攪得蘇軍寢食難安，蘇軍開始吃不消了。原本打算速戰速決的戰爭卻變成了曠日持久的消耗戰。在這幾年的戰爭中，蘇聯陣亡人數急劇上升，幾乎過萬，傷殘更多，經濟損失更為慘重。
1985年，蘇共總書記戈爾巴喬夫決定從阿富汗撤兵。他一方麵下令蘇聯停止大規模清剿活動，將戰爭規模控製在低水平上，另一方麵將清剿任務交給喀布爾政府軍，而讓蘇軍鎮守城市和交通線，以減少蘇軍傷亡。
眼見蘇軍收縮戰線，控製戰爭規模，阿富汗遊擊隊便認為反攻時刻到來了。於是，潛伏於阿富汗的數十支遊擊隊紛紛進攻蘇軍駐守的城市和交通線，他們對喀布爾、昆都士、坎大哈、賈拉拉巴德、赫拉特等重要城市發動進攻。其中進攻喀布爾的兵力高達5萬人，然而由於遊擊隊內部不和，意見不統一，加上遊擊隊不擅長陣地戰，因此進攻屢屢受挫。
1986年，阿富汗出現了這樣的局勢：蘇軍和阿富汗政府軍控製了城市和交通要道，企圖以城市包圍農村，而遊擊隊則控製了阿富汗的農村，企圖以農村包圍城市。但是雙方卻因為兵力問題、戰鬥力問題出現了誰也贏不了的局麵。
這一年，戈爾巴喬夫決定用政治談判解決問題。在聯合國秘書長德奎利亞爾的主持下，蘇聯、美國、阿富汗、巴基斯坦在日內瓦簽署了政治解決阿富汗問題的協議。協議中規定，蘇軍從1988年5月開始撤軍，9月內全部撤出阿富汗。1989年2月15日，蘇軍將軍隊全部撤回國內。
而阿富汗國內也進行了重新選舉。1985年，阿富汗革命委員會主席團委員納吉布拉擔任人民民主黨總書記，1987年擔任阿富汗共和國總統。1991年，阿富汗建立多黨政府。至此，阿富汗戰爭暫告一段落。